Το αρχείο διαρθρώνεται σε υποαρχεία των επιμέρους Τμημάτων του με τις αρχειακές σειρές να διαμορφώνονται ως ακολούθως: Τμήμα Α' Διοικητικό: Αλλαγές επωνύμων, Αλλοδαποί-ειδήσεις μεθορίου, χορηγούμενες άδειες περιήγησης της Ελλάδας, Αστυνομία, Δημαιρεσιακά έξοδα, Δημόσια ασφάλεια, Εκδουλεύσεις αγωνιστών, Εκλογικά, Επικουρίες και αμοιβές, Καθυστερούντες και καθ' υπέρβαση μισθοί και έξοδα, Μισθοί και έξοδα διοικητικών υπαλλήλων, Μισθοί και έξοδα ποινικών υπαλλήλων, Πολιτογραφήσεις, Προσωπικό υπουργείων και νομαρχιών, Στρατός, Συντάξεις απομάχων χηρών και ορφανών, Τελετές και πανηγύρεις, Φυλακές. Τμήμα Β' Δημοτικό: Αγαθοεργίες και αγαθοεργά καταστήματα, Αναθήματα-κληροδοτήματα, Δημοτικά διοικήσεων και νομών, Δημοτικές αρμοδιότητες, Δημοτικοί κανονισμοί, Εκθετα τέκνα, Επαρχιακά διοικήσεων και νομών, Επαρχιακά Συμβούλια, Ερανοι, Καθυστερούντες και καθ' υπέρβαση μισθοί και έξοδα, Φορολογία. Τμήμα Γ' Υγειονομικό: Εμβολιασμοί, Ιατρική εκπαίδευση, Μεταβολές ιατρικού προσωπικού, Μεταβολές υγειονομικών υπαλλήλων, Μισθοί και έξοδα υγειονομικών υπαλλήλων και ιατρών, Νόσοι εσωτερικοί-εξωτερικοί, Σύσταση και υπηρεσία λοιμοκαθαρτηρίων, Σύσταση και υπηρεσία υγειονομείων, Υγειονομικαί εισπράξεις, Υγειονομικές καθάρσεις, Υγειονομικές παραβάσεις, Υγειονομικοί κανονισμοί, Υπηρεσία ιατρών, Φάρμακα και φαρμακεία, Φωτισμός-καθαριότητα και νεκροταφεία πόλεων. Τμήμα Δ' Δημόσιας Οικονομίας: Αποικίες-μετοικεσίες-συνοικισμοί, Αρχαιότητες, Ασφαλιστικά καταστήματα, Ατμοπλοΐα, Βιομηχανία-θέατρα-παγκόσμιες εκθέσεις, Γεωργία, Γραφείο Δημόσιας Οικονομίας, Δασονομία-αγρονομία-αγροφυλακή-Γεωργική Σχολή Τίρυνθας , Δενδροκομεία, Δημητριακοί καρποί, Δημόσιοι πρόσοδοι, Εθνικά- ιδιωτικά-διαφιλονικούμενα-εκκλησιαστικά κτήματα και προικοδοτήσεις, Εθνικά-διαφιλονικούμενα-εκκλησιαστικά κτήματα και προικοδοτήσεις, Εκπαιδευτικά καταστήματα-υπότροφοι, Εμπόριο, Επιστημονικές συλλογές, Εφημερίδες και περιοδικά συγγράμματα, Ιπποφορβείο, Κατάπλοι και απόπλοι, Κτηνοτροφία, Λατομεία, Λαχεία, Μεταθέσεις πρωτευουσών, Μέταλλα-μεταλλεία, Μέτρα και σταθμά, Μνημεία, Ναυτιλία, Οροθεσίες δήμων και χωριών, Παράσημα, Σιδηρόδρομοι, Στατιστικά, Συγχωνεύσεις και μετασχηματισμοί δήμων, Σχέδια πόλεων, Ταχυδρομικά, Ταχυδρομικά τέλη, Ταχυδρομικές συμβάσεις, Τηλεγραφικά, Τοπογραφικοί χάρτες, Υλοτομία, Χρηματικές προκαταβολές, Χρηματικές τράπεζες, Χρηματικές τράπεζες-χρηματικές προκαταβολές-τοπογραφικοί χάρτες. Τμήμα Ε' Δημοσίων Έργων: Oδοποιΐα, Γεφυροποΐα, Δημόσια κτίρια, Ιερά καταστήματα, Λιμενικά έργα: φάροι-προκυμαίες, Μηχανικό: υπηρεσία γεωμετρών και αρχιτεκτόνων, Μισθοί και έξοδα προσωπικού δημοσίων έργων, Υδραυλικά έργα: φρέατα-διώρυγες-οχετοί-αποξηράνσεις λιμνών και ελών.

Αρχείο Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου.
Φ. 1: τρία ημερολόγια του Αλ. Μαυροκορδάτου της περιόδου 1834-1837, Γενικό Πρωτόκολλο του Προέδρου του Εκτελεστικού, 1822-1823, "Βιβλίον Κάσσας Μετρητών. Μεσολόγκιον 1822", πρωτόκολλο επιστολών προς Μαυροκορδάτο της περιόδου 1825 - 1826.
Φ. 2: Μυστικό Πρωτόκολλο του Προέδρου του Εκτελεστικού Α. Μαυροκορδάτου των ετών 1822 - 1823, τεύχος με σημειώσεις για τα Ιόνια νησιά, κατάστιχο λογαριασμών "Η Κάσσα των Μετρητών του Πραΐδη" 1822-1823, επιστολές από Βιέννη, Βουκορέστι και Πίζα της περιόδου 1815-1820, γράμμα της Κοινότητας Ύδρας του 1803 με τον πρώτο ναυτεμπορικό νόμο του νησιού, έγγραφα της περιόδου 1821-1822.
Φ. 3: Έγγραφα του 1823 (Ιανουάριος - Ιούνιος)
Φ. 4: Έγγραφα του 1823 (Ιούλιος - Δεκέμβριος)
Φ. 5: Έγγραφα του 1824 (Ιανουάριος - Μάρτιος)
Φ. 6: Έγγραφα του 1824 (Απρίλιος - Ιούλιος)
Φ. 7: Έγγραφα του 1824 (Αύγουστος)
Φ. 8: Έγγραφα του 1824 (Σεπτέμβριος)
Φ. 9: Έγγραφα του 1824 (Οκτώβριος - Δεκέμβριος)
Φ. 10: Έγγραφα του 1825 (Ιανουάριος - Ιούλιος)
Φ. 11: Έγγραφα του 1825 (Αύγουστος - Δεκέμβριος)
Φ. 12α: Έγγραφα του 1826 (Ιανουάριος - Ιούλιος)
Φ. 12β: Έγγραφα του 1826 (Αύγουστος - Δεκέμβριος)
Φ. 13: Έγγραφα του 1827 (Ιανουάριος - Δεκέμβριος)
Φ. 14: Έγγραφα του 1828 (Ιανουάριος - Μάρτιος)
Φ. 15: Έγγραφα του 1828 (Απρίλιος - Δεκέμβριος)
Φ. 16: Έγγραφα του 1829
Φ. 17: Έγγραφα του 1830-1831
Φ. 18: Έγγραφα του 1832
Φ. 19: Έγγραφα του 1833-1836
Φ. 20: Έγγραφα του 1837-1840
Φ. 21: Έγγραφα του 1841
Φ. 22: Έγγραφα του 1842
Φ. 23: Έγγραφα του 1843
Φ. 24: Έγγραφα του 1844 (Ιανουάριος - Μάιος)
Φ. 25: Έγγραφα του 1844 (Ιούνιος - Δεκέμβριος)
Φ. 26: Έγγραφα του 1845-1853
Φ. 27: Έγγραφα του 1854-1859
Φ. 28: Έγγραφα του 1860-1880 και 1837-1870.