1)Τμήμα ΜΟΔ : Ποινικές δικογραφίες, βιβλία ωρίμων [υποθέσεων] Κακουργιοδικείου. 2)Ευρετήρια φυγοποίνων, βιβλία καταχωρήσεως δικογραφιών φυγοδίκων. 3) Διατάξεις διαγραφής φυγοδίκων. 4) Βιβλία φυλακίσεων και αποφυλακίσεων. 5) Θέματα φυλακών: αλληλογραφία περί μεταγωγών (κυρίως από φυλακές Άμφισας προς Αθήνα), εκθέσεις επιθεωρήσεων φυλακών. 6) Τμήμα Ν. 4351/1964 [Περί προστασίας της τιμής του πολιτικού κόσμου] : Καταστάσεις δηλώσεων περιουσιακής κατάστασης βουλευτών και Υπουργών, ευρετήρια. 7) Εκθέσεις επιθεωρήσεως συμβολαιογραφείων, Πρωτοδικείων, Εφετείων. 8) Πειθαρχικά δικαστικών υπαλλήλων. 9) Υπάρχουν επίσης και άλλες κατηγορίες υλικού που αφορούν στατιστικά, πίνακες εργασιών εισαγγελικών λειτουργών, πραγματογνωμόνων κ.ά.

Αρχείο του νομάρχη και πολιτικού Ηλία Παπαηλιόπουλου:

1. Έγγραφα της θητείας του ως νομάρχης Αχαΐας.
2. Έγγραφα της θητείας του ως νομάρχης Κυκλάδων.
3. Έγγραφα της θητείας του ως νομάρχης Κέρκυρας.
4. Έγγραφα από τον Νομό Αρκαδίας (έκτακτος αποστολή του Παπαηλιόπουλου ως νομάρχη Κυκλάδων στον Νομό Αρκαδίας με σκοπό την καταδίωξη της ληστείας).
5. Έγγραφα από τον Νομό Μεσσηνίας (ως νομάρχη Κέρκυρας μετέβη επικεφαλής επιθεωρητικής επιτροπής προς γενική επιθεώρηση της κατάστασης της διοίκησης του Νομού Μεσσηνίας).
6. Έγγραφα σχετικά με την επανάσταση στη Θεσσαλία το έτος 1878 (εκθέσεις-αναφορές-τηλεγραφήματα-Κουμουνδούρος).
7. Διάφορα έγγραφα (περί φυλακών, ιδιωτικές επιστολές, νόμοι και νομοσχέδια, ποικίλα και έντυπα).

Περιλαμβάνονται το αρχείο των φυλακών Κορυδαλλού καθώς και αρχεία διαφόρων φυλακών της χώρας, που εντάχθηκαν στο αρχείο της φυλακής Κορυδαλλού: Αίγινας, Άρτας, Αβέρωφ, Ζελιώτη, Ιωαννίνων, Συγγρού, Κηφισιάς, Α΄ και Β΄ Αθηνών, Πρέβεζας, Χατζηκώστα, Καλλιθέας, Πειραιώς. Το αρχειακό υλικό περιλαμβάνει βιβλία και ατομικούς φακέλους κρατουμένων, υποδίκων, χρεωφειλετών (ποινολόγια, ευρετήρια κ.ά) καθώς και βιβλία και φακέλους σχετικούς με την διοικητική και οικονομική λειτουργία των φυλακών.

Το αρχείο του Ανοιχτού Σωφρονιστικού Καταστήματος Ωρωπού (ή Ανοιχτού Σωφρονιστικού Καταστήματος Σκάλας Ωρωπού) περιλαμβάνει κυρίως υπηρεσιακά βιβία σχετικά με τη λειτουργία του: εργασίας κρατουμένων, αποθήκης, υπηρεσίας προσωπικού, ημερησίων διαταγών, πρωτοκόλλων αλληλογραφίας, αναλήψεων, αρχιφύλακος κ.ά. Ο μεγαλύτερος όγκος του υλικού αφορά την περίοδο που λειτουργούσε ως ανοιχτό σωφρονιστικό κατάστημα.

Αποφάσεις και ευρετήρια αποφάσεων για προσωρινή απόλυση καταδίκων, καθώς και κρατουμένων Στρατιωτικών Φυλακών Μακρονήσου (νόμοι 811/1917 και 5793/1933 και ΟΓ/Ψήφισμα της Δ΄ Αναθεωρητικής Βουλής 1951), βιβλία μητρώου (Βασιλικής) Χάριτος, βιβλία συνεδριάσεων και πρακτικών του Γνωμοδοτικού Συμβουλίου Χαρίτων, ευρετήρια αιτήσεων για απονομή Χάριτος, βιβλία εισηγητών, βιβλία εμπιστευτικού πρωτοκόλλου του Τμήματος Χαρίτων, φάκελος υπομνήματος του Γεωργίου Τσολάκογλου προς το Συμβούλιο Χαρίτων, διατάγματα περί αποκαταστάσεως πολιτικών και άλλων δικαιωμάτων καταδίκων, βιβλίο αποκαταστάσεως, πίνακες και ονομαστικές καταστάσεις αποφυλακισθέντων με αίτημα των Αρχών Κατοχής αλλά και κατ’ εφαρμογήν νομοθετικών διαταγμάτων που αποσκοπούν στην αραίωση του χώρου των φυλακών και στη λήψη μέτρων για κρατούμενους που απέδρασαν ή απελευθερώθηκαν, λόγω των πολεμικών επιχειρήσεων. Σημαντικό τμήμα του αρχείου αποτελούν οι φάκελοι των Αγροτικών, Εγκληματικών και Επανορθωτικών Φυλακών του Κράτους, που περιλαμβάνουν εκθέσεις επιθεώρησης των φυλακών από τους επιθεωρητές του Υπουργείου Δικαιοσύνης, από εισαγγελείς αλλά και από τους διευθυντές των φυλακών.
Επίσης, περιλαμβάνονται φάκελοι εμπιστευτικού πρωτοκόλλου και αλληλογραφίας των αρμόδιων Διευθύνσεων του Υπουργείου Δικαιοσύνης με άλλες αρχές (ελληνικές και ξένες αρχές Κατοχής) για θέματα κρατουμένων, τήρησης μέτρων ασφάλειας και τάξης, κατάστασης και λειτουργίας φυλακών, επίταξης κτηρίων, λήψης μέτρων για κομμουνιστές κατάδικους, για θέματα λειτουργίας και σύνθεσης Αγορανομικών Δικαστηρίων κ.λπ.,βιβλία διεκπεραιώσεως και πρωτοκόλλου της Διεύθυνσης Διοικήσεως Φυλακών, βιβλία συσχετίσεως εγγράφων και αλληλογραφίας του Υπουργείου Δικαιοσύνης, επετηρίδα του Υπουργείου Δικαιοσύνης για το έτος 1911, βιβλίο καταγραφής επίπλων και σκευών των γραφείων της Διεύθυνσης Χαρίτων και Ποινικού Μητρώου και αλφαβητικά ευρετήρια στα οποία δεν προσδιορίζεται η Διεύθυνση ή το Τμήμα που ανήκουν. Τέλος, περιλαμβάνεται και ένα βιβλίο δικασίμων της Εισαγγελίας Ναυτικού Δικαστηρίου του Βασιλείου της Ελλάδας στην Αγγλία.

Το αρχείο αποτελείται από 42 βιβλία ενώ με βάση το περιεχόμενό τους μπορούν να διακριθούν σε 4 μεγάλες κατηγορίες:1) Ευρετήρια, 2) Βιβλία δια χρέη κρατουμένων, 3) Βιβλία Υποδίκων, 4) Βιβλία Καταδίκων.