Ο μεγαλύτερος όγκος του υλικού χρονολογείται από τη δεκαετία του 1880 έως το 1932, έτος του θανάτου του. Το αρχείο διαιρείται σε εννέα σειρές,
Ι: Αλληλογραφία,
ΙΙ:Έργα του Ι. Γενναδίου,
ΙΙΙ: Προσωπικά έγγραφα,
IV: Πολεμικές αποζημιώσεις,
V: Κοινότητες του απόδημου Ελληνισμού,
VI: Η Γεννάδειος Βιβλιοθήκη, VII: Φωτογραφίες,
VIII: Συλλογή Κωνσταντίνου Μαγκάκη,
IX: Διάφορα.
Το Αρχείο Ιωάννου Γενναδίου αποτελεί τμήμα, το μεγαλύτερο, του συνολικού Αρχείου Ιωάννου Γενναδίου που βρίσκεται διαμερισμένο σε δύο άνισα μέρη με πρωτοβουλία του ιδρυτή της βιβλιοθήκης: το εκτενέστερο, κείται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. και το βραχύτερο περιέχεται στο ποικίλο υλικό ενός σημαντικού αριθμού Λευκωμάτων (Scrapbooks), των ιδιότυπων αυτών θεματικών κολλάζ στα οποία ο Γεννάδιος συνέλεξε και απέθεσε με περισσή γνώση και θαυμαστή επάρκεια υλικό, συνήθως εφήμερο, (χαλκογραφίες, χάρτες, φωτογραφίες, αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών, αλλά και επιστολές, προσκλήσεις, ταχυδρομικά δελτία, έντυπα μενού κ.α.) που αφορούσε μια συγκεκριμένη κάθε φορά θεματική σχετικά με την πολιτική, την ιστορία, την βιβλιογνωσία, τον τύπο, την αρχιτεκτονική, την τοπογραφία, τα αρχαία μνημεία. Συγκεκριμένα, 24 Λευκώματα (αρ. 2-24 και 38) περιέχουν αρχειακό υλικό το οποίο, κατά κανόνα, προηγείται χρονολογικά εκείνου που απόκειται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. Ειδικότερα, το υλικό του 19ου αιώνα τοποθετήθηκε από τον Ι. Γεννάδιο σχεδόν αποκλειστικά στα Λευκώματα, ακολουθεί αριθμητικά εκείνο των πρώτων ετών του 20ού, και τέλος σποραδικά των υπόλοιπων ετών ως τον θάνατό του (1932). Το υλικό εδώ παρουσιάζεται θεματικά συγκροτώντας μικρές ενότητες αποτελούμενες από αλληλογραφία, αποκόμματα εφημερίδων, προσκλήσεις κλπ. σχετικά με την οικογένεια Γενναδίου, την ίδρυση και ανέγερση του Γενναδείου, την ελληνική και διεθνή πολιτική, την ελληνική οικονομία, την κρίση και τα δάνεια, την βουλευτική υποψηφιότητα του Ι. Γενναδίου στις εκλογές του 1907, την ελληνική ορθόδοξη Εκκλησία και τις σχέσεις της με τις δυτικές ομολογίες. Περιλαμβάνονται επίσης η αρθρογραφία του Ι. Γενναδίου στον ελληνικό και ξένο τύπο-κυρίως τον αγγλόφωνο, τα διπλωματικά του ταξίδια στην Ευρώπη και την Αμερική, η συλλογή των βιβλίων του και τα ex libris, βραβεύσεις του από πνευματικά ιδρύματα και οργανισμούς, και πλείστα λεπτομερή στοιχεία από την συμμετοχή του σε εκδηλώσεις της κοινωνικής ζωής, ιδίως στο Λονδίνο. Το σημαντικότερο όμως τμήμα υλικού του 20ού αιώνα διαμοιράστηκε σε φακέλους συγκροτώντας το Αρχείο Ι.Γ. Κατά συνέπεια ο ερευνητής που μελετά το Αρχείο Ι.Γ. θα πρέπει να έχει συνεχώς υπόψιν αυτή την ιδιαιτερότητα και ως εκ τούτου να ανατρέχει και στις πλούσιες θεματικές συλλογές των Λευκωμάτων προκειμένου να εξασφαλίζει την κατά το δυνατόν πληρότητα στις αναζητήσεις του.

Το αρχείο αποτελείται από τέσσερα (4) λευκώματα με επικολλημένα (από τον ίδιο τον Σ.Σίμο) διάφορα επίσημα έγγραφα, συγχαρητήρια τηλεγραφήματα και επιστολές με την ευκαιρία της ανάληψης του υπουργείου Περιθάλψεως, προσκλήσεις, μενού, επισκεπτήρια, φωτογραφίες (Εμπειρίκειο Άσυλο Παίδων, συνοικισμός προσφύγων στην Τούμπα Θεσσαλονίκης) και αποκόμματα εφημερίδων (1914-1921).
Στα εξώφυλλα των λευκωμάτων υπάρχουν οι ενδείξεις:“Αναμνήσεις εκ της ενδόξου Συνθήκης του Βουκουρεστίου 1914”, “Αναμνήσεις υπουργίας. Θεσσαλονίκη-Αθήναι”, “Σπ.Σίμος. Υπουργός επί της Περιθάλψεως, 1918-1921”.
-Λυτά έγγραφα, κυρίως επιστολές των Ιωακείμ πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, Αλ.Σκουζέ, Ν.Μαυροκορδάτου, Ι.Γενναδίου, Ι.Κ.Σφακιανάκη, Α.Ζαΐμη, Ε.Βενιζέλου, Επαναστατικής Συνελεύσεως Κρητών, Ελληνικών Κοινοτήτων Βραΐλας, Γαλαζίου, Κωνστάντσας, κ.ά. (1887-1917).
-Δύο (2) αχρονολόγητες επιστολές Ε.Βενιζέλου προς Γεώργιο Βεντήρη.

Πολιτικές αποφάσεις, πολιτικά πρακτικά, πολιτικά πρακτικά και προτάσεις, πρακτικά αναβολής, πολιτικές εκθέσεις, εκθέσεις-πρακτικά-αποφάσεις μικροδιαφορών, αγωγές, δηλώσεις αγροτικών χρεών με αποφάσεις και πρακτικά, φορολογία χοίρων και αιγοπροβάτων, γεωργικοί συνεταιρισμοί Πυλίας, λιμενικό ταμείο Πύλου, πρακτικά και αποφάσεις αγρονόμου Πύλου, ειδικό ταμείο ύδρευσης Κορυφασίου, ειδικό ταμείο ύδρευσης Σχοινόλακας, πινάκια, ευρετήρια, βιβλίο ανακοπών πολιτικών αποφάσεων, βιβλίο αναστολών, βιβλίο μηνύσεων, πρωτόκολλα, μητρώο περίθαλψης προσφύγων Νικομήδειας κ.ά.

Μητρώο οικογενειών προσφύγων προερχόμενων από τη Μικρά Ασία.

α) 1920, Νοεμβρίου 27: Πιστοποιητικό του μητροπολίτη Σμύρνης Χρυσόστομου (Ιερά Μητρόπολη Σμύρνης).
Πιστοποιείται ότι η Αδαμαντία, θυγατέρα του Λαζάρου και της Σοφίας Ζεϊμπέκογλου, ετών 12, ορφανή και από τους δυο γονείς, μεταφέρθηκε από το Ουσάκ στη μητρόπολη Σμύρνης από τη Μαρία Βαλαβανίδου και παραδόθηκε στον Κωνσταντίνο και την Κλειώ Βούλγαρη, προύχοντες στα Άδανα, για να αναλάβουν την ανατροφή της.
β) 1923, Απριλίου 3: Πατριαρχικό γράμμα του Μελέτιου, πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, προς τον Κωνσταντίνο Βούλγαρη.
Εκφράζει τις ευχαριστίες του προς τον ίδιο και προς τον αρχιμανδρίτη Ιγνάτιο για την περίθαλψη των προσφύγων.
γ) 1923, Ιουλίου 12: Επιστολή του Κωνσταντίνου Βούλγαρη, προέδρου της Επιτροπής Περιθάλψεως Ελλήνων Προσφύγων (Αλεξανδρέττα), προς το ελληνικό προξενείο Βηρυτού.
αναφορά στον ταχυδρομικό υπάλληλο του προξένου, ο οποίος δεν είναι συνεπής στα καθήκοντά του, και εκ συστήματος δεν παραδίδει τις απευθυνόμενες προς τον πρόξενο επιστολές των πολιτών.
δ) 1923, Αυγούστου 18: Επιστολή του γενικού προξένου της Ελλάδος στη Βηρυτό προς τον Κωνσταντίνο Βούλγαρη (Αλεξανδρέττα).
Τον ενημερώνει για τη διαδικασία μεταφοράς των προσφύγων και των στρατιωτών στην Ελλάδα.
ε) 1923, Αυγούστου 28: Επιστολή των μελών της κοινοτικής οργάνωσης «Κοινή Δημογεροντία των κοινοτήτων Ικονίου, Σύλλης, Ιλγήν» (Αθήνα) προς τον Κωνσταντίνο Βούλγαρη (Αλεξανδρέττα).
Ο νεοσύστατος σύλλογος ονομάζει τον Κωνσταντίνο Βούλγαρη επίτιμο μέλος για τις υπηρεσίες του στις προσφυγικές τάξεις.
στ) 1923, Σεπτεμβρίου 24: Απαντητική επιστολή του Απόστολου Δοξιάδη, Υπουργού Προνοίας και Αντιλήψεως (Αθήνα) προς τον Κωνσταντίνο Βούλγαρη (Αλεξανδρέττα).
Απαντά θετικά στην πρότασή του για την παρασημοφορία ξένων φιλάνθρωπων κυριών, εκτός των βρετανών υπηκόων.

Αλληλογραφία σχετική με ανακοινώσεις και αποφάσεις, εγκύκλιοι, αποδείξεις για την παραλαβή δεμάτων και άλλων εφοδίων. Εισερχόμενα έγγραφα όπου ζητούνται ιατροί, φάρμακα είδη διατροφής κ.α από κέντρα προσφύγων. Μητρώο εθελοντών αιμοδοτών, βιβλία μη αναλώσιμων υλικών,βιβλία αποθήκης, βιβλία κινουμένων προσφύγων, ονομαστικές καταστάσεις προσφύγων εκ Ρουμανίας και περιθάλψεως από το κέντρο στα Λαζαρέττα. Απολογισμοί διαχείρισης τροφίμων και διανομής συσσιτίων. Διάφορες αιτήσεις για λήψη εισιτηρίων για Πειραιά ή για μετακινήσεις εντός της Σύρου.Δελτία υγείας αλλοδαπών πολιτικών φυγάδων, ατομικά δελτία υγείας, βιβλία πρακτικών και ταμείου τροφοδοσίας του στρατοπέδου αλλοδαπών Σύρου. Καταστάσεις προσωπικού, βιβλία αγοράς ενσήμων,τιμολόγια για τον εξοπλισμό τροφίμων. Έντυπα για τους Πανελλήνιους εράνους του Ερυθρού Σταυρού. Έσοδα και έξοδα του Ερυθρού Σταυρού. Πρωτόκολλα αλληλογραφίας, βιβλία οδοιπορικών αδελφών νοσοκόμων καθώς και ο "Κανονισμός Σώματος Ελληνίδων Αδελφών του Ερυθρού Σταυρού". Βιβλία διπλότυπα "Ημερήσιον φύλλο Κέντρου Λαζαρέττων", βιβλία ενταλμάτων πληρωμής κ.α.