Το αρχείο περιλαμβάνει:

Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, μπλοκ καταστάσεων κατάθεσης επίσημης αλληλογραφίας
Β. Βιβλία παρακολουθήσεως πιστώσεων: του Νομαρχιακού Ταμείου Λακωνίας, του Ιδρύματος Κοινωνικών Ασφαλίσεων (Ι.Κ.Α.), των Γενικών Νοσοκομείων Σπάρτης και Μολάων, των Σταδίων Σπάρτης, Σκάλας, Μολάων, Νεάπολης και Γυθείου, του Ματάλειου Γυμναστηρίου Σπάρτης, των Δημοσίων Βιβλιοθηκών Αρεοπόλεως, Μολάων, Σπάρτης και Νεάπολης, του Λιμενικού Ταμείου Γυθείου, των Λιμενικών Επιτροπών Μονεμβάσιας και Νεαπόλεως, των Παιδικών Σταθμών Ξηροκαμπίου, Σπάρτης, Αρεοπόλεως, Βλαχιώτη, Μολάων, Νεαπόλεως, Παπαδιανίκων, Σκάλας, Γερακίου, Γυθείου και Κροκεών, της Εργατικής Εστίας Σπάρτης, του Ταμείου Προστασίας Ελαιοπαραγωγής, του Ταμείου Γεωργίας - Κτηνοτροφίας και Δασών
Γ. Επιτροπικά Εντάλματα: α. των Υπουργείων: Δικαιοσύνης, Προεδρίας της Κυβερνήσεως, Συντονισμού, Οικονομικών, Εσωτερικών, Εμπορίου, Συγκοινωνιών, Δημοσίων Έργων Πολιτισμού, Εργασίας, Εθνικής παιδείας και Θρησκευμάτων, Κοινωνικών Υπηρεσιών και Γεωργίας. β. του Ταμείου Υγείας Δημοτικών και Κοινοτικών Υπαλλήλων (Τ.Υ.Δ.Κ.Υ.)

Το αρχείο περιλαμβάνει βιβλία πρακτικών συνεδριάσεων (1955-1967), φακέλους προσωπικού, βιβλία εσόδων (1959-1979) και εντάλματα πληρωμών, καθώς και λοιπό διοικητικό αρχείο.

Το αρχείο περιλαμβάνει όλες τις χειρόγραφες παρτιτούρες του συνθετικού έργου του Γιάννη Α. Παπαϊωάννου σε χρονολογική ταξινόμηση από το 1931 έως το 1989· συμφωνική μουσική, έργα για μεμονωμένα ή περισσότερα οργανικά σύνολα, έργα μουσικής δωματίου, χορωδίας κ.ά.
Προγράμματα συναυλιών με έργα του Γιάννη Α. Παπαϊωάννου (1938-1989)· ραδιοφωνικά προγράμματα, εκτελέσεις και αναμεταδόσεις έργων του από το ραδιόφωνο (1939-1989).
Έγγραφα σχετικά με την υποτροφία της U.N.E.S.C.O. (1949-1950).
Αναφορές, συνεντεύξεις, ανακοινώσεις (1936-1989)· έγγραφα σχετικά με τη διεξαγωγή του διαγωνισμού σύνθεσης «Βασίλισσα Ελισάβετ του Βελγίου» (1953)· την ίδρυση και τις δραστηριότητες του Ελληνικού Συνδέσμου Σύγχρονης Μουσικής (Ε.Σ.Σ.Υ.Μ., 1965).
Αλληλογραφία εκτεταμένη, κυρίως επιστολές προς τον Γιάννη Α. Παπϊωάννου (1950-1989)· επιστολές των μαθητών του· οικογενειακή αλληλογραφία.
Τιμητικές διακρίσεις στην Ελλάδα και το εξωτερικό, βραβείο Gottfried von Herder (1970), βραβείο Ακαδημίας Αθηνών (1983) κ.ά.
Διαλέξεις (1963-1975)· μαθηματικές ασκήσεις· βιογραφικά στοιχεία· προσωπικές ατζέντες και σημειωματάρια του συνθέτη. Δημοσιεύματα για το έργο του Γιάννη Α. Παπαϊωάννου μετά το θάνατό του.