Αρχειακό υλικό που αφορά τις αρμοδιότητες του Τμήματος Β΄ Διοικητικής Οργάνωσης και Νομοθετικού Συντονισμού: οργάνωση υπηρεσιών Υπουργείου, μεταβίβαση αρμοδιοτήτων, οργάνωση εποπτευόμενων νομικών προσώπων, επεξεργασία / εκτίμηση των αναγκών σε προσωπικό του Υπουργείου και των εποπτευόμενων νομικών προσώπων και περιγραφή θέσεων εργασίας, μέριμνα για συγκρότηση υπηρεσιακών συμβουλίων πολιτικού προσωπικού ΥΕΝ, μέριμνα για τη συγκρότηση Διοικητικών Συμβουλίων των εποπτευόμενων νομικών προσώπων και Υπηρεσιακών Συμβουλίων των εποπτευόμενων νομικών προσώπων, κωδικοποίηση νομοθεσίας, κοινοβουλευτικό έλεγχο. Περιέχονται φάκελοι και υπηρεσιακά βιβλία (κυρίως πρωτόκολλα αλληλογραφίας). Από τα νομικά πρόσωπα υπάρχουν φάκελοι που αφορούν, κυρίως, τον Οργανισμό Λιμένος Πειραιώς (ΟΛΠ) και τον Οργανισμό Λιμένος Θεσσαλονίκης (ΟΛΘ). Το αρχείο συγκεντρώθηκε στην Διεύθυνση Οργάνωσης και Πληροφορικής μετά την μεταφορά αρμοδιοτήτων της προκάτοχης Διεύθυνσης: Διεύθυνσις Οργανώσεως και Εκπαιδεύσεως (1977-1988).

Αρχείο του Τμήματος Διοίκησης και Ανάπτυξης Ανθρώπινου Δυναμικού. Θέματα προσωπικού: Πρακτικά Ειδικού Υπηρεσιακού – Πειθαρχικού Συμβουλίου ΝΑΤ. Ειδικές Συλλογικές Συμβάσεις ιδιωτικού δικαίου υπαλλήλων Ο.Λ.Π.

Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).

• Αλληλογραφία της Γραμματείας / Υπουργείου με τον βασιλέα, τα Υπουργεία Οικονομικών, Στρατιωτικών και Εσωτερικών, τα λιμεναρχεία, τους κυβερνήτες πλοίων, τη Θωρηκτή Μοίρα καθώς και με το προσωπικό των πολεμικών πλοίων και ιδιώτες.
• Φάκελοι υπηρεσιακών μεταβολών προσωπικού (άδειες, διορισμοί κ.λπ.), απονομής δικαιοσύνης, ναυτικής εκπαίδευσης, κατασκευών και επισκευών πλοίων, υποθέσεων προσωπικού (παράπονα υπαλλήλων και υποθέσεις μεταξύ Γραμματείας και ιδιωτών), λιμενικών ζητημάτων (ενοίκια λιμενικών καταστημάτων, λιμενικά δικαιώματα).
• Διπλώματα της Κυβερνήσεως σε πλοία και παρατάσεις διπλωμάτων που δόθηκαν από διοικητικούς τοποτηρητές, νομάρχες και έπαρχους.
• Επιστολές - αιτήσεις για έκδοση διπλωμάτων πλοιαρχίας με τα συνημμένα πιστοποιητικά και την αλληλογραφία των αρμοδίων αρχών. E
• Αλληλογραφία του Υπουργείου προς την «εξεταστική επί των αριστείων επιτροπή» για θέματα απονομής αριστείων. Τα έγγραφα αυτά είναι αιτήσεις- επιστολές αγωνιστών όπως και συνοδευτικά σημειώματα ως πιστοποιητικά εκδουλεύσεων κατά τη διάρκεια του Αγώνα.
• Ευρετήρια και πρωτόκολλα.

Το υλικό του αρχείου αποτελείται από την κοινή αλληλογραφία του Προξενικού Λιμεναρχείου Αμβούργου με τις υπηρεσίες του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας (αναφορές, στατιστικοί πίνακες, έντυπα σήματα, αποσπάσματα Τύπου) και αντανακλά ένα ευρύ φάσμα από τις αρμοδιότητες του Λιμεναρχείου: προσωπικό του Λιμενικού Σώματος, επιβολή προστίμων και ενέργειες για την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος, ασφάλεια ναυσιπλοΐας,, στατιστικά στοιχεία, θέματα ναυτικής εργασίας (πειθαρχικά, ναυτικά φυλλάδια), είσπραξη ναυτιλιακών τελών, ανακρίσεις, ασφάλιση Ναυτικών (Ν.Α.Τ.), δαπάνες προξενείου, μελέτες, δημόσιες σχέσεις (μεταξύ άλλων αποστολή αποσπασμάτων γερμανικού τύπου και ενέργειες του λιμεναρχείου προς γερμανικά μέσα ενημέρωσης σχετικά με το ναυάγιο του Εξπρές Σάμινα τον Σεπτέμβριο του 2000), εκδηλώσεις κλπ.

Το υλικό του αρχείου αποτελείται από την κοινή αλληλογραφία του Προξενικού Λιμεναρχείου Αμβούργου με τις υπηρεσίες του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας (αναφορές, στατιστικοί πίνακες, έντυπα σήματα, κλπ) και αντανακλά ένα ευρύ φάσμα από τις αρμοδιότητες του Λιμεναρχείου: προσωπικό του Λιμενικού Σώματος, επιβολή προστίμων και ενέργειες για την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος, ασφάλεια ναυσιπλοΐας, στατιστικά στοιχεία, θέματα ναυτικής εργασίας (πειθαρχικά, ναυτικά φυλλάδια), είσπραξη ναυτιλιακών τελών, ανακρίσεις, ασφάλιση Ναυτικών (Ν.Α.Τ.), δαπάνες προξενείου, μελέτες, κ.λπ.