Το υλικό του αρχείου αποτελείται από την κοινή αλληλογραφία του Προξενικού Λιμεναρχείου Αμβούργου με τις υπηρεσίες του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας (αναφορές, στατιστικοί πίνακες, έντυπα σήματα, αποσπάσματα Τύπου) και αντανακλά ένα ευρύ φάσμα από τις αρμοδιότητες του Λιμεναρχείου: προσωπικό του Λιμενικού Σώματος, επιβολή προστίμων και ενέργειες για την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος, ασφάλεια ναυσιπλοΐας,, στατιστικά στοιχεία, θέματα ναυτικής εργασίας (πειθαρχικά, ναυτικά φυλλάδια), είσπραξη ναυτιλιακών τελών, ανακρίσεις, ασφάλιση Ναυτικών (Ν.Α.Τ.), δαπάνες προξενείου, μελέτες, δημόσιες σχέσεις (μεταξύ άλλων αποστολή αποσπασμάτων γερμανικού τύπου και ενέργειες του λιμεναρχείου προς γερμανικά μέσα ενημέρωσης σχετικά με το ναυάγιο του Εξπρές Σάμινα τον Σεπτέμβριο του 2000), εκδηλώσεις κλπ.

Το υλικό του αρχείου αποτελείται από την κοινή αλληλογραφία του Προξενικού Λιμεναρχείου Αμβούργου με τις υπηρεσίες του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας (αναφορές, στατιστικοί πίνακες, έντυπα σήματα, κλπ) και αντανακλά ένα ευρύ φάσμα από τις αρμοδιότητες του Λιμεναρχείου: προσωπικό του Λιμενικού Σώματος, επιβολή προστίμων και ενέργειες για την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος, ασφάλεια ναυσιπλοΐας, στατιστικά στοιχεία, θέματα ναυτικής εργασίας (πειθαρχικά, ναυτικά φυλλάδια), είσπραξη ναυτιλιακών τελών, ανακρίσεις, ασφάλιση Ναυτικών (Ν.Α.Τ.), δαπάνες προξενείου, μελέτες, κ.λπ.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, βιβλία εισερχομένων και εξερχομένων σημάτων, έγγραφα περί προστασίας θαλάσσιων χελωνών
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία απόπλου και κατάπλου πλοίων και σκαφών, βιβλία ημερήσιων αναφορών πληρωμάτων, βιβλία και ημερολόγια συμβάντων, βιβλία μεταβολών πληρωμάτων, μητρώα ναυτικών γραφείων και πρακτορείων
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: εκθέσεις βεβαίωσης παραβάσεων, βιβλία τιμωρηθέντων ναυτικών
Δ. Οικονομικά στοιχεία: βιβλία εισπράξεως Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), βιβλία ταμείου και εισπράξεως Λιμενικής Αρχής, μπλοκ αποδεικτικών είσπραξης, βιβλία δικαιολόγησης πενθημέρων.

Το αρχείο αποτελείται από έγγραφα της Ελληνικής Πολιτείας για θέματα διορισμών, οικονομικά ζητήματα και επιστολές τοποτηρητών (1830-1832). Κατά τα χρόνια του Όθωνα και Γεωργίου Α΄ (1833-1915) η Γραμματεία/Υπουργείο αλληλογραφεί με τον βασιλέα, τα Υπουργεία Οικονομικών, Στρατιωτικών και Εσωτερικών, τα λιμεναρχεία, τους κυβερνήτες πλοίων, τη Θωρηκτή Μοίρα καθώς και με το προσωπικό των πολεμικών πλοίων και ιδιώτες. Μεγάλο μέρος του αρχείου καλύπτουν οι υπηρεσιακές μεταβολές προσωπικού (άδειες, διορισμοί κ.λπ.), τα θέματα απονομής δικαιοσύνης, η ναυτική εκπαίδευση, οι κατασκευές και οι επισκευές πλοίων, οι υποθέσεις προσωπικού (παράπονα υπαλλήλων κατά υπαλλήλων και υποθέσεις μεταξύ Γραμματείας και ιδιωτών), τα λιμενικά ζητήματα (ενοίκια λιμενικών καταστημάτων, λιμενικά δικαιώματα). Σημαντικό αρχειακό υλικό αποτελούν τα διπλώματα της Κυβερνήσεως σε πλοία και παρατάσεις διπλωμάτων που δόθηκαν από διοικητικούς τοποτηρητές, νομάρχες και έπαρχους (1832-1834). Για τα έτη 1837-1866 συμπεριλαμβάνεται υλικό το οποίο αποτελείται από επιστολές-αιτήσεις για έκδοση διπλωμάτων πλοιαρχίας με τα συνημμένα πιστοποιητικά και την αλληλογραφία των αρμοδίων αρχών. Τέλος, το αρχείο περιλαμβάνει την αλληλογραφία του Υπουργείου προς την «εξεταστική επί των αριστείων επιτροπή» για θέματα απονομής αριστείων. Τα έγγραφα αυτά είναι αιτήσεις- επιστολές αγωνιστών όπως και συνοδευτικά σημειώματα ως πιστοποιητικά εκδουλεύσεων κατά τη διάρκεια του Αγώνα (1821-1841). Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (88 θυρίδες) ενώ στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως ευρετήρια και πρωτόκολλα).

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας, αναγγελίας θυελλωδών ανέμων, στρατολογίας
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα και βιβλία περί διαγωνισμού κατάταξης λιμενοφυλάκων
Γ. Οικονομικά Στοιχεία: πιστοποιητικά αποζημιώσεων, έγγραφα περί φαρικών τελών και οδοιπορικών εξόδων προσωπικού
Δ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί θαλαμηγών, κατάπλου πλοίων, αποκόμματα εισιτηρίων πλοίου γραμμής Γυθείου – Κυθήρων, ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων, έγγραφα Κλάδου Ελέγχου Εμπορικών Πλοίων (Κ.Ε.Ε.Π.)
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου – Λιμενικών Αρχών: Εκθέσεις Επιθεώρησης Λιμενικών Αρχών, έγγραφα επιθεώρησης Λιμεναρχείου Γυθείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με τον Οίκο Ναύτου και το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί αναζητήσεων και ανέγερσης Ηρώου Πεσόντων στον πόλεμο 1940-41.
Β. Στοιχεία Λιμανιών και Ακτών: πίνακες λιμένων, φαροδείκτης ελληνικών ακτών, έγγραφα περί κατάρτισης χαρτών λιμένων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: αναγγελίες κατάπλου – απόπλου πλοίων, πίνακες στατιστικών στοιχείων κίνησης πλοίων, ναυτολόγια, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, δελτία κίνησης επιβατών και οχημάτων πλοίου «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», έγγραφα περί δρομολογίων στη γραμμή Ελαφονήσου-Πούντας, δελτία κίνησης λιμενικής Αρχής Αγίας Πελαγίας, έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), έγγραφα περί αδειών μεταφοράς νεκρού, μέτρων ασφαλείας εγκαταστάσεων, χρήσης και συντήρησης υλικών, προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος και ακτών, έγγραφα περί τοπικού σχεδίου ρύπανσης – εκτάκτων αναγκών, υποβολή αναφορών συμβάντων
Γ. Οικονομικά στοιχεία: καταστάσεις πληρωμών και μπλοκ Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), μπλοκ εισπράξεων Ενιαίου Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών Λιμεναρχείου (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), μπλοκ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) Λιμεναρχείου Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις χορήγησης ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και τόνου και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: υποβολές πινάκων προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης
ΣΤ. Στοιχεία νομοθεσίας - παραβάσεων – προστίμων: οδηγίες για εφαρμογή αποφάσεων, έγγραφα περί αντιμετώπισης λαθρομετανάστευσης, οργανωμένου εγκλήματος, καταπολέμησης φοροδιαφυγής, έγγραφα περί ελέγχων για χρήση αλκοόλ από κυβερνήτες σκαφών και περί πρόστιμων για παραβάσεις νομοθεσίας αναφορικά με την προστασία αιγιαλού, λουτρικών εγκαταστάσεων και κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων
Ζ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας.

Φάκελοι: Ανανεώσεις αδειών αλιείας, δελτία συμβάντων, δελτία κατάπλου, Πίνακες ναυταπηνήσεως, πενθήμερα, αναζητήσεις λέμβων, βιβλιάρια ατομικών αδειών αλιείας, ανανεώσεις, εκδόσεις, δελτία ναυτιλιακής κίνησης, Δικαιολογητικά Ν.Α.Τ., κινήσεις πλοίων εξωτερικού, Αλληλογραφία με Υ.Ε.Ν., δελτία πληροφοριών, έγγραφα Διεύθυνσης Ναυτικής Εργασίας, αναφορές νεκρών θηλαστικών, φαρικά τέλη, δικαιολογητικά ναυτιλιακής κίνησης, δικαιολογητικά δελτίου Θ/Γ, αγγελίες προς ναυτιλωμένους, πίνακες ξένων κρουαζιεροπλοίων, κίνηση επιβατών, αλληλογραφία με Γενική Διεύθυνση Φορολογίας, πίνακες ναυτιλιακής κίνησης, εισπράξεις Ν.Α.Τ., καταστάσεις εισπραχθέντων λιμενικών δικαιωμάτων.

Φάκελοι κατάπλου τουρκικών πλοίων, υπηρεσία υγειονομικού, απογραφή συνταξιούχων Ν.Α.Τ., αναφορές Frontex κ.ά...

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: καταστάσεις επιβατών και οχημάτων, έγγραφα περί κίνησης κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών, περί περιπολιών πλωτών, χερσαίων μέσων και λέμβων και περί ατυχημάτων μελών πληρώματος, άδειες ερασιτεχνικών και επαγγελματικών σκαφών
Β. Οικονομικά στοιχεία: πινάκια δαπανών ιατρών και Νοσοκομείου Σπάρτης, απολογισμοί φαρμάκων, δώρων και οδοιπορικών εξόδων, απολογισμοί Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού, μισθοδοτικές καταστάσεις υπαλλήλων Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, δικαιολογητικά είσπραξης λιμενικών τελών, τελών προσόρμισης πλοίων και παγίων προκαταβολών, δικαιολογητικά Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), έγγραφα περί πόρων ασφαλιστικών ιδρυμάτων, πίνακες καυσίμων και λιπαντικών, έγγραφα περί μισθώσεως ακινήτου Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, έγγραφα περί εκκαθαρίσεως συντάξεων Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.)
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί υπηρεσιών, εκπαίδευσης και μετεκπαίδευσης προσωπικού Λιμενικού Σώματος
Δ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας
Ε. Αλληλογραφία: περί αδειών χρήσεως και έργων επί αιγιαλού, εκλογών, ελέγχων λυμάτων και ρύπανσης
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: έγγραφα περί ανέργων ναυτικών
Ζ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις, υπεύθυνες δηλώσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ερασιτεχνικών και επαγγελματικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί παρουσίας Αιγυπτίων αλιεργατών σε αλιευτικά σκάφη, αλιευτικές επιθεωρήσεις
Η. Στοιχεία Λιμενικού Σώματος: πίνακες με στατιστικά και συγκριτικά στοιχεία

Βιβλία κατάπλου - απόπλου, ημερήσιας αναφοράς προσωπικού, πρωτόκολλων εισερχομένων εγγράφων και σημάτων, ημερολογίων συμβάντων, ημερολογίων γέφυρας, ημερολογίων μηχανής, διαχείρισης διατιμημένων εντύπων Ν.Α.Τ., φάκελοι κοινής αλληλογραφίας.

Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).

Αρχείο του Τμήματος Διοίκησης και Ανάπτυξης Ανθρώπινου Δυναμικού. Θέματα προσωπικού: Πρακτικά Ειδικού Υπηρεσιακού – Πειθαρχικού Συμβουλίου ΝΑΤ. Ειδικές Συλλογικές Συμβάσεις ιδιωτικού δικαίου υπαλλήλων Ο.Λ.Π.

Αρχειακό υλικό που αφορά τις αρμοδιότητες του Τμήματος Β΄ Διοικητικής Οργάνωσης και Νομοθετικού Συντονισμού: οργάνωση υπηρεσιών Υπουργείου, μεταβίβαση αρμοδιοτήτων, οργάνωση εποπτευόμενων νομικών προσώπων, επεξεργασία / εκτίμηση των αναγκών σε προσωπικό του Υπουργείου και των εποπτευόμενων νομικών προσώπων και περιγραφή θέσεων εργασίας, μέριμνα για συγκρότηση υπηρεσιακών συμβουλίων πολιτικού προσωπικού ΥΕΝ, μέριμνα για τη συγκρότηση Διοικητικών Συμβουλίων των εποπτευόμενων νομικών προσώπων και Υπηρεσιακών Συμβουλίων των εποπτευόμενων νομικών προσώπων, κωδικοποίηση νομοθεσίας, κοινοβουλευτικό έλεγχο. Περιέχονται φάκελοι και υπηρεσιακά βιβλία (κυρίως πρωτόκολλα αλληλογραφίας). Από τα νομικά πρόσωπα υπάρχουν φάκελοι που αφορούν, κυρίως, τον Οργανισμό Λιμένος Πειραιώς (ΟΛΠ) και τον Οργανισμό Λιμένος Θεσσαλονίκης (ΟΛΘ). Το αρχείο συγκεντρώθηκε στην Διεύθυνση Οργάνωσης και Πληροφορικής μετά την μεταφορά αρμοδιοτήτων της προκάτοχης Διεύθυνσης: Διεύθυνσις Οργανώσεως και Εκπαιδεύσεως (1977-1988).

1 κατάστιχο της Διεύθυνσης Γεωργίας Κυκλάδων 1980-1986, κι ένα δίπλωμα απονομής χρυσού μεταλλίου μετ’ επαίνου, του 1951, από τη Διεθνή έκθεση Θεσσαλονίκης που απονέμεται στην Διεύθυνση Γεωργίας Νομού Κυκλάδων
1 Μητρώο Ενώσεως Συνταξιούχων ΝΑΤ
Ιδιωτικά έγγραφα της νοσηλεύτριας Σοφίας Γαβαλά.