Ο μεγαλύτερος όγκος του υλικού χρονολογείται από τη δεκαετία του 1880 έως το 1932, έτος του θανάτου του. Το αρχείο διαιρείται σε εννέα σειρές,
Ι: Αλληλογραφία,
ΙΙ:Έργα του Ι. Γενναδίου,
ΙΙΙ: Προσωπικά έγγραφα,
IV: Πολεμικές αποζημιώσεις,
V: Κοινότητες του απόδημου Ελληνισμού,
VI: Η Γεννάδειος Βιβλιοθήκη, VII: Φωτογραφίες,
VIII: Συλλογή Κωνσταντίνου Μαγκάκη,
IX: Διάφορα.
Το Αρχείο Ιωάννου Γενναδίου αποτελεί τμήμα, το μεγαλύτερο, του συνολικού Αρχείου Ιωάννου Γενναδίου που βρίσκεται διαμερισμένο σε δύο άνισα μέρη με πρωτοβουλία του ιδρυτή της βιβλιοθήκης: το εκτενέστερο, κείται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. και το βραχύτερο περιέχεται στο ποικίλο υλικό ενός σημαντικού αριθμού Λευκωμάτων (Scrapbooks), των ιδιότυπων αυτών θεματικών κολλάζ στα οποία ο Γεννάδιος συνέλεξε και απέθεσε με περισσή γνώση και θαυμαστή επάρκεια υλικό, συνήθως εφήμερο, (χαλκογραφίες, χάρτες, φωτογραφίες, αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών, αλλά και επιστολές, προσκλήσεις, ταχυδρομικά δελτία, έντυπα μενού κ.α.) που αφορούσε μια συγκεκριμένη κάθε φορά θεματική σχετικά με την πολιτική, την ιστορία, την βιβλιογνωσία, τον τύπο, την αρχιτεκτονική, την τοπογραφία, τα αρχαία μνημεία. Συγκεκριμένα, 24 Λευκώματα (αρ. 2-24 και 38) περιέχουν αρχειακό υλικό το οποίο, κατά κανόνα, προηγείται χρονολογικά εκείνου που απόκειται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. Ειδικότερα, το υλικό του 19ου αιώνα τοποθετήθηκε από τον Ι. Γεννάδιο σχεδόν αποκλειστικά στα Λευκώματα, ακολουθεί αριθμητικά εκείνο των πρώτων ετών του 20ού, και τέλος σποραδικά των υπόλοιπων ετών ως τον θάνατό του (1932). Το υλικό εδώ παρουσιάζεται θεματικά συγκροτώντας μικρές ενότητες αποτελούμενες από αλληλογραφία, αποκόμματα εφημερίδων, προσκλήσεις κλπ. σχετικά με την οικογένεια Γενναδίου, την ίδρυση και ανέγερση του Γενναδείου, την ελληνική και διεθνή πολιτική, την ελληνική οικονομία, την κρίση και τα δάνεια, την βουλευτική υποψηφιότητα του Ι. Γενναδίου στις εκλογές του 1907, την ελληνική ορθόδοξη Εκκλησία και τις σχέσεις της με τις δυτικές ομολογίες. Περιλαμβάνονται επίσης η αρθρογραφία του Ι. Γενναδίου στον ελληνικό και ξένο τύπο-κυρίως τον αγγλόφωνο, τα διπλωματικά του ταξίδια στην Ευρώπη και την Αμερική, η συλλογή των βιβλίων του και τα ex libris, βραβεύσεις του από πνευματικά ιδρύματα και οργανισμούς, και πλείστα λεπτομερή στοιχεία από την συμμετοχή του σε εκδηλώσεις της κοινωνικής ζωής, ιδίως στο Λονδίνο. Το σημαντικότερο όμως τμήμα υλικού του 20ού αιώνα διαμοιράστηκε σε φακέλους συγκροτώντας το Αρχείο Ι.Γ. Κατά συνέπεια ο ερευνητής που μελετά το Αρχείο Ι.Γ. θα πρέπει να έχει συνεχώς υπόψιν αυτή την ιδιαιτερότητα και ως εκ τούτου να ανατρέχει και στις πλούσιες θεματικές συλλογές των Λευκωμάτων προκειμένου να εξασφαλίζει την κατά το δυνατόν πληρότητα στις αναζητήσεις του.

α) 1824, Νοεμβρίου 3: Επιστολή του πρίγκιπα Αλέξανδρου Καντακουζηνού (Δρέσδη) προς άγνωστον.
Προετοιμασία για την έκδοση ενός χάρτη της Ελλάδας σε συνεργασία με τον παραλήπτη και τον Ιωάννη Μπενιζέλο.
β) 1827, Ιανουαρίου 17/29: Επιστολή του Ιωάννη Κωλέττη (Λιμήν Σκιάθου) προς το στρατηγό [-].
Του γράφει ότι ήλθε η στιγμή να γίνει το πρώτο βήμα της εκστρατείας στη Ρούμελη και ο Σπυρίδων Σκούφος, με τον οποίο του στέλνει αυτό το γράμμα, θα του εξηγήσει το σχέδιο των επιχειρήσεων. Του ζητεί να συναντηθούν για να συνεργαστούν στα της οργάνωσης. Τέλος, ότι ο Καποδίστριας με τις μυστικές επαφές που έχει θα φέρει κάποιο ευνοϊκό αποτέλεσμα για την Ελλάδα.
γ) 1846, Αυγούστου 31 / Σεπτεμβρίου 12: Επιστολικό σημείωμα του Ιωάννη Δεληγιάννη (Αθήνα) προς τον Nenich (γραμματέα του ιδιαίτερου γραφείου του βασιλιά).
Δίνονται πληροφορίες στον Φίλιππο Ιωάννου σχετικά με το στρατηγό Marnier.
δ) 1851, Δεκεμβρίου 18/30: Επιστολή του Κωνσταντίνου Σχινά (Πρεσβεία Μονάχου) προς τον Φίλιππο Ιωάννου, έφορο ιδιαιτέρας βιβλιοθήκης του βασιλιά.
Αποστολή του τρίτομου έργου του Α. Böckh, Das attische Seewesen, που προορίζεται για τον βασιλιά.
ε) 1875, Μαΐου 10/22: Επιστολικό σημείωμα του Μάρκου-Αντώνιου Ροδόσταμου (Ανάκτορα) προς [Παύλο Διομήδη].
Σχετικά με την αποστολή εκατό εισιτηρίων για το κονσέρτο που θα δοθεί το ίδιο βράδυ.
στ) Χ.χ.: Επιστολή του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (χ.τ.) προς το στρατηγό [-].
Του προτείνει να συναντηθούν για να του κοινοποιήσει το περιεχόμενο των επιστολών που έλαβε από την Αίγινα.