Το αρχείο είναι ταξινομημένο σε δύο γενικές κατηγορίες: δημόσια και ιδιωτικά έγγραφα.
Δημόσια έγγραφα
α) Έγγραφα ανωτάτων αρχών και δημοσίων υπηρεσιών.
Ανώτατος Άρχοντας (1911-1932), Πρόεδρος Κυβέρνησης (1910-1930), Υπουργείο Εξωτερικών (1898-1931), Υπουργείο Οικονομίας (1917-1934), Υπουργείο Στρατιωτικών (1897-1935), Υπουργείο Δικαιοσύνης (1904-1929), Υπουργείο Εσωτερικών (1914-1933), Υπουργείο Παιδείας (1891-1928), Υπουργείο Δημοσίων Έργων (1925-1931), Υπουργείο Γεωργίας (1932-1933), Υπουργείο Κοινωνικής Πρόνοιας και Υγιεινής (1918-1927), Βουλή - Γερουσία (1892-1933), Προσωρινή Κυβέρνηση Θεσσαλονίκης (1916-1917).
β) Έγγραφα και υπομνήματα Νομικών Προσώπων, προς τον πρωθυπουργό και προς τα επί μέρους υπουργεία (1907-1935).
γ) Αναφορές και επιστολές ιδιωτών προς την κυβέρνηση και προς τις δημόσιες αρχές (1911-1934).
δ) Έγγραφα Κρητικής Πολιτείας (1898-1906): αλληλογραφία Ελευθερίου Βενιζέλου με τον πρίγκιπα Γεώργιο και άλλους σχετικά με ζητήματα που αφορούν την Κρήτη.
Ιδιωτικά έγγραφα
α) Αλληλογραφία: επιστολές Ελευθερίου Βενιζέλου προς τους συνεργάτες του, προς έλληνες και ξένους πολιτικούς και προσωπικές σημειώσεις του ίδιου (1897-1935)ˑ επιστολές πολιτικών προσώπων και συνεργατών απευθυνόμενες στον ίδιο (1891, 1896-1935).
β) Επιστολές ιδιωτών προς τον Ελευθέριο Βενιζέλο (1910-1935).
γ) Αλληλογραφία ανάμεσα σε τρίτους (1897-1936).
Χάρτες πολιτικοί, στατιστικοί, εθνογραφικοί, της Ελλάδας, της Μικράς Ασίας, των Βαλκανίων και της Ευρώπης (π. 1877-1925).
Έντυπα, εφημερίδες, αποκόμματα τύπου, μονόφυλλα.

α) Έγγραφο 1
1841, Φεβρουαρίου 17 (9 Μουχαρέμ 1257)
Γνωστοποίηση του Μουσταφά Πασά (Χανιά).
Ο Μουσταφάς Πασάς κοινοποιεί την άφιξη του Δαυΐδ Δών, κυβερνήτη του αγγλικού καπακιού "Βαγκάρδ", ο οποίος έχει διαταγή από τον ναύαρχο Στόπφορδ να ενωθεί με τον οθωμανικό στόλο και να συμπράξει υπό τις διαταγές της Υψηλής Πύλης.
β) Έγγραφο 2
1841, Μαρτίου 6
Προκήρυξη του καπετάνιου του εγγλέζικου καπακιού "Γουαλτεγρέβη" και των προξένων της Γαλλίας, Αγγλίας, Ελλάδας, Αυστρίας, Ρωσίας, καθώς και του Σερασκέρη της Κρήτης Μουσταφά Πασά (Χανιά) προς τους κατοίκους της Κρήτης.
Καλούνται όλοι όσοι έλαβαν μέρος στην επανάσταση, μαζί με τους "νεοφερμένους κρητικούς" να καταθέσουν τα όπλα και να υποταχθούν για να λάβουν συγχώρεση από τον Μουσταφά Πασά. Αν δεν υποταχθούν και δεν αναχωρήσουν αμέσως από το νησί, να ξέρουν ότι θα κατατρεχθούν.
γ) Έγγραφο 3
1866, Μαΐου 2
Προκήρυξη του "σύντεκνου" Παπαδαναγνώστη (Μπουτζουνάρια Κρήτης) προς άλλον "σύντεκνο".
Προκήρυξη κατά την κρητική επανάσταση του 1866. Ο συντάκτης διατυπώνει τις απόψεις του σχετικά με τη θέση της Κρήτης και υποστηρίζει ότι δεν είναι στοχαστικό να "γυρέψουν την ηγεμονία" γιατί έχουν το κακό παράδειγμα της Σάμου. Προτείνει λοιπόν εφόσον είναι αδύνατη η ένωση με την Ελλάδα να ζητήσουν την κηδεμονία της Αγγλίας.
δ) Έγγραφο 4
1868, Απριλίου 6
Προκήρυξη της Προσωρινής Κυβέρνησης Κρήτης (Γωνιές Μαλεβιζίου) προς τους απανταχού Έλληνες.
Καλούν τους Έλληνες να βοηθήσουν τον αγώνα των Κρητών με κάθε τρόπο.
ε) Έγγραφο 5
[1897]
Προκήρυξη του Τιμολέοντος Βάσσου, αρχηγού του στρατού κατοχής προς τον λαό της Κρήτης.
Στο όνομα του βασιλιά Γεωργίου Α' κηρύσσει την κατάληψη της Κρήτης.