Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γενικό Νοσοκομείο Σπάρτης, τις Λιμενικές Αρχές και τον Οίκο Ναύτου, έγγραφα περί χρηματαποστολών, αποδημίας - μετανάστευσης και ναυτολογίων
B. Οικονομικά Στοιχεία: βιβλία ταμείου, έγγραφα απολογισμών, έγγραφα δαπανών σε φάρμακα και ανεργία, έγγραφα περί μισθοδοσίας και συνταξιοδότησης προσωπικού Λιμεναρχείου
Γ. Δικαστικά Στοιχεία: έγγραφα σχετικά με τιμωρημένους και διωκόμενους ναυτικούς
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: εγκύκλιοι κατάταξης στο λιμενικό σώμα, ατομικοί φάκελοι προσωπικού Λιμεναρχείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα κοινών εισερχομένων εγγράφων και εισερχομένων σημάτων, βιβλία ταχυδρομικής υπηρεσίας Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας, υποβολές εντύπων επιθεώρησης υλικών και μέσων απορρύπανσης, έγγραφα περί μεταφοράς νεκρών, εξαφάνισης ανηλίκων, ναυτικών ατυχημάτων και ελέγχων αλκοτέστ
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί των δρομολογίων των πλοίων «Ελαφόνησος», «Πορφυρούσα», «Αγιαννάκης» και «Κάτω Νησί», πίνακες εκδοθέντων εισιτηρίων επιβατών ανά λιμένα, έγγραφα περί διακίνησης επιβατών την Καθαρά Δευτέρα, πίνακες καταχώρισης λέμβων, στατιστικά στοιχεία ναυτιλιακής κίνησης, βιβλία διαίρεσης φυλάκων πληρώματος
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλία αδειών προσωπικού, έγγραφα περί του υπηρετούντος προσωπικού στους Λιμενικούς Σταθμούς Μονεμβασίας και Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Ελέγχων - Απολογισμοί: έγγραφα περί ετησίου ελέγχου συμμόρφωσης υπόχρεων λιμενικών εγκαταστάσεων, απολογισμού προστασίας της θάλασσας, ελέγχου φορτηγών οχημάτων, εξαμηνιαία δελτία δραστηριότητας λιμενικής αρχής
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: πίνακες προστίμων, έγγραφα περί εφαρμογής νόμων και κοινών υπουργικών αποφάσεων.