Η αρχειακή ενότητα βρίσκεται επί του παρόντος σε αταξινόμητη κατάσταση. Ωστόσο, από την πρώτη μακροσκοπική εξέταση και την αρχική αρχειονομική αυτοψία των φακέλων και καταστίχων, προκύπτει ότι το υλικό καλύπτει ένα ευρύ φάσμα της εμπορικής, οικονομικής και κοινωνικής ιστορίας της Θεσσαλονίκης.
Οι βασικοί θεματικοί άξονες και τα τεκμήρια που έχουν εντοπιστεί έως τώρα περιλαμβάνουν:
Κατάστιχα Εισροής Αγαθών (1940-1960): Μια συμπαγής σειρά βιβλιοδετημένων καταστίχων που αποτυπώνουν αναλυτικά την εισαγωγή, την εισροή και τη διακίνηση εμπορευμάτων και βασικών αγαθών στο λιμάνι και την πόλη της Θεσσαλονίκης. Η σειρά αυτή είναι εξαιρετικά πολύτιμη, καθώς καλύπτει την περίοδο της Κατοχής (Υπουργείο Επισιτισμού), την απελευθέρωση (Υπουργείο Εφοδιασμού και Διανομών) και τη μεταπολεμική περίοδο ανασυγκρότησης της αγοράς.
Φάκελοι Διακίνησης Εμπορευμάτων: Ενότητα φακέλων που περιλαμβάνει έγγραφα, δηλωτικά, εγκρίσεις και αλληλογραφία σχετικά με τη ροή, τη μεταφορά και τη διακίνηση των εμπορευμάτων. Τα τεκμήρια αυτά αποτυπώνουν το εύρος των εμπορικών συναλλαγών, τα είδη των διακινούμενων προϊόντων, καθώς και τους ελέγχους που ασκούσε η Υπηρεσία στο εσωτερικό και εξωτερικό εμπόριο μέσω των υποδομών του Λιμένα.
Φάκελοι Αποκατάστασης από τον Σεισμό (1978 κ.ε.): Διοικητικά και οικονομικά έγγραφα που αφορούν τις ενέργειες της Υπηρεσίας Εμπορίου για την αντιμετώπιση των συνεπειών του καταστροφικού σεισμού του 1978 στη Θεσσαλονίκη, με έμφαση στην αποκατάσταση των πληγεισών εμπορικών υποδομών, των καταστημάτων και της ομαλοποίησης της αγοράς.
Άδειες Λαϊκών Αγορών: Φάκελοι με αιτήσεις, εγκρίσεις, αλληλογραφία και ονομαστικά στοιχεία που αφορούν τη χορήγηση αδειών για τη λειτουργία και την οργάνωση των λαϊκών αγορών στην ευρύτερη περιοχή της Θεσσαλονίκης.

Επίσημα τετράδια χημικών αναλύσεων, βιβλία καταχώρησης αιτήσεων χημικών εργασιών και αλληλογραφία που αφορά απεργίες. Δελτία χημικής ανάλυσης. Πιστοποιητικά καταλληλότητας και χημικής ανάλυσης εταιριών. Πρωτόκολλα εναποθήκευσης εταιριών. Πιστοποιητικά οίνων. Καταστάσεις κρασιών. Βιβλίο χημικών αναλύσεων. Πρωτόκολλα. Βιβλία ιδιωτικών αναλύσεων. Παρουσιολόγια-Δασμολόγια. Βιβλίο Εισπρακτέων. Κτηματολόγιο-Μισθοδοσία. Βιβλίο αδειών παραλαβής ανθρακασβεστίου. Έγγραφα διαφόρων Τελωνείων. Πρωτόκολλα διαφόρων Αρχών. Δ/νση Κτηνιατρικής. Τελωνειακά Δασμολόγια. Πρωτόκολλα Ενεργητικής και Παθητικής τελειοποιήσεως. Διάφορα Βιβλία του Γ.Χ.Κ. Εφέσεις. Έγγραφα για ρύπανση περιβάλλοντος κ.ά. Αρχειακό υλικό από τη Γραμματεία, το Τμήμα Β΄ και Τμήμα Δ΄. Δελτία Χημικών Αναλύσεων εξαγομένων προϊόντων με επιδότηση, αιτήσεις εξαγωγέων, πιστοποιητικά οίνων, ποτών, ζύθου, μηνιαίες καταστάσεις, τετράδια ιδιωτικών αναλύσεων, δηλώσεις εταιρειών εξαγόμενων προϊόντων, αλληλογραφία για εξαγόμενα προϊόντα.