Το αρχείο αποτελείται από 49 μεγάλους φακέλους-κουτιά, στους οποίους έχουν τοποθετηθεί λυτά φύλλα ή δίφυλλα, υλικό που έχει διασωθεί από το 1869 ως το 1898. Οι φωτογραφικές λήψεις ξεπερνούν τις 43.000. Εξαιτίας των επαναστάσεων και των άλλων ιστορικών περιπετειών που συντελέστηκαν στο νησί την εποχή της συγκρότησης του Αρχείου, δεν έχουν διασωθεί πλήρεις αρχειακές σειρές. Το αρχείο αποτελεί μία από τις ελάχιστες, σχεδόν πλήρεις, πηγές που έχουν διασωθεί, της Ιστορίας της Ανατολικής Κρήτης.