1) Τμήμα 1 Γενικής Λιμενικής Αστυνομίας: Ακτοπλοϊκή - πορθμιακή κίνηση επιβατών.Στοιχεία πνιγμών. Δελτία συμβάντων. Δελτία συμβάντων. Επισκευές πλοίων / Πυρασφάλεια λιμένων / Αναζητήσεις / Ασφάλεια λιμένων. 2) Τμήμα 3 Κανονισμών και Διατάξεων: Συλλογή στοιχείων για νομοθεσία. Έλεγχος αλιείας. Προστασία αλιείας-αλιεράτες. Έλεγχος σπογγαλιείας-προστασία λοιπών υδρόβιων οργανισμών. Άδειες αλιευτικών σκαφών. Δίωξη-κυρώσεις για παράνομη αλιεία. Διακίνηση ιχθύων και λοιπών αλιευμάτων. Διεθνείς συμβάσεις-αλιευτικά θέματα ΕΟΚ. Υδατοκαλλιέργειες. Διάφορα: Απεργίες. Λεμβολόγια. Υποβρύχια δραστηριότητα. Προστασία υγείας και ασφάλειας εργαζομένων. Παροπλισμένα πλοία. Ναυάγια

Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).

Το αρχείο περιέχει υλικό σχετικό με α) την ναυπηγοεπισκευαστική δραστηριότητα στον Σκαραμαγκά: βεβαιώσεις επισκευών πλοίων, πίνακες ελέγχου ασφάλειας πλοίων β) θέματα ναυτικής εργασίας, γ) κίνηση πλοίων: απόπλους κατάπλους, απαγορεύσεις.