Το αρχείο αντιστοιχεί στα παρακάτω Τμήματα: Τμήμα Εκκλησιαστικόν: Προϋπολογισμοί, απολογισμοί μονών, διοικητικά θέματα, συνενώσεις-προσαρτήσεις μονών κ.ά. Τμήμα Μέσης και Ανωτέρας Εκπαιδεύσεως: Θέματα προσωπικού, εξετάσεις Ελληνικών σχολείων και Γυμνασίων, Εθνική Βιβλιοθήκη, Διδασκαλεία, Αστεροσκοπείο, στρατιωτική εκπαίδευση κλπ. Τμήμα Δημοτικής Εκπαιδεύσεως: Θέματα προσωπικού, εξετάσεις, σύσταση και κατάσταση δημοτικών σχολείων, ιδιωτικά σχολεία κλπ. Τμήμα Αρχαιολογικόν: Θέματα προσωπικού, ανασκαφές, μουσεία, απαλλοτριώσεις, αρχαιολογικές εργασίες, ποικίλα ζητήματα Τμήμα Λογιστικόν: Εγκρίσεις δαπανών, εντάλματα, οδοιπορικά κλπ.

Περιέχει τις ενότητες: Ι. Εκκλησιαστικών και ΙΙ. Παιδείας. Η πρώτη ενότητα περιλαμβάνει υλικό σχετικά με την Ιερά Σύνοδο, το Εκκλησιαστικό Ταμείο και την Επιτροπή, τους Επισκόπους και τις Επισκοπές, τις Γυναικείες Μονές, τη Μοναστηριακή περιουσία και τις Εκκλησιαστικές σχολές. Η δεύτερη ενότητα περιλαμβάνει υλικό σχετικά με το Πανεπιστήμιο, το Γυμνάσιο και το Ελληνικό Σχολείο, τη Δημοτική Εκπαίδευση, το Ορφανοτροφείο, την Αρχαιολογική Υπηρεσία, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη, τις Υποτροφίες, τις Επιστημονικές Εταιρείες, τις Οικοδομές, τις Ιδιωτικές Σχολές, το Διδασκαλείο, τα ζητήματα διδακτικού προσωπικού, τα κληροδοτήματα, το Αστεροσκοπείο, το προσωπικό του Υπουργείου.

Το αρχείο αντιστοιχεί στα παρακάτω Τμήματα: Α) Γραφείον των Εκκλησιαστικών υποθέσεων, Β) Γραφείον της Αρχαιολογικής υπηρεσίας, Γ) Το τμήμα αποτελείται από τα Γραφεία Καλών Τεχνών και Γραμμάτων, Διδακτικών βιβλίων, οδηγιών, οργάνων και Στατιστικής, Δ) Γραφείον Μέσης Εκπαιδεύσεως, Ε) Γραφείον Δημοτικής Εκπαιδεύσεως, Στ) Αρχιτεκτονικόν Γραφείον σχολικών κτιρίων και συντηρήσεως αρχαίων μνημείων και αρχαιολογικών μουσείων, Ζ) Γραφείον Λογιστηρίου, Η) Το τμήμα αποτελείται από τα Γραφεία Διεκπεραιώσεως, Αρχείων, Πληροφοριών, Θ) Γραφείον Γυμναστικής και Σκοποβολίας, Ι) Γραφείον της Σχολικής Υγιεινής.