Α. Ιόνια Διοίκηση Ι. Έγγραφα του Γενικού Εισπρακτορείου των Ιερών και Εκκλησιαστικών Εισοδημάτων. α. Εκκλησίες και Φέουδα, (1. Θεσπίσματα, δουκικές διαταγές, διαθήκες, συμβόλαια και διαχειριστικά έγγραφα διαφόρων εκκλησιών λατινικών και ορθοδόξων, 2. Διαχειριστικά έγγραφα από εκμετάλλευση γαιών. II. Έγγραφα του Γενικού Θησαυροφυλακείου και του Εγχωρίου Εισπρακτορείου: α. Αλληλογραφία, πρακτικά συνεδριάσεων (Φ. 289 – 329), β. Ημερολόγια εισπράξεων – πληρωμών, γ. Κλήσεις, δ. Διαταγές σύλληψης, ε. Γνωστοποιήσεις, στ. Βιβλία ταμείου, ζ. Εισπράξεις από την εκμετάλλευση εδαφονομίων εκκλησιών και δημοσίων φέουδων, η. Έγγραφα διαχειριστικά εκκλησιών Κεφαλληνίας, θ. Έγγραφα διαχειριστικά εκκλησιών Ζακύνθου, Λευκάδας και Κυθήρων, ι. Βιβλία αποδείξεων του Εγχωρίου Εισπρακτορείου, ια. Εντάλματα εκτίμησης, ιβ. Κατάστιχα καταχώρισης εκτιμήσεων, ιγ. Έγγραφα δημεύσεων, ιδ. Δικαστικές αποφάσεις σχετικές με ενοικιάσεις, ιε. Αλληλογραφία, αναφορές και προσφορές, ιστ. Γνωστοποιήσεις και ειδοποιήσεις για ενοικιάσεις – εγγυήσεις, ιζ. Συμβόλαια εκμισθώσεων, ιη. Συμβόλαια απελευθέρωσης γαιών, ιθ. Συμβόλαια μεταλλαγών, κ. Ικετήρια, κα. Παραχωρήσεις κτημάτων, κβ. Απαλλοτριώσεις, κγ. Εκτιμήσεις ελαιοκάρπου, κδ. Καταχωρήσεις ελαιολάδου, κε. Εγγραφές κτημάτων, κστ. Καταγραφές πυρομαχικών και τροφοδοσίας πλοίων, κζ. Εγκύκλιοι προς υπαλλήλους, κη. Καταχωρίσεις αποθηκευμένου ελαιολάδου, κθ. Κατάστιχα των δημοσίων εισπρακτόρων (Φ. 1100 – 1122, 2534) III. Γραφείο Δημοσίου Μηχανικού (Αναφορές, εκτιμήσεις, συμβόλαια και σχέδια σπιτιών και αλληλογραφία). IV. Εγχώριο (Επιχώριο) Συμβούλιο) (Συμβολαιογραφικές πράξεις, καταθέσεις, αλληλογραφία, δηλοποιήσεις, ευρετήρια πράξεων Κοινοβουλίων, πίνακες προϋπολογισμού εσόδων και εξόδων, απόγραφα αποφάσεων Επιχωρίου Συμβουλίου). V. Επιτροπή της Γεωργίας (Καταχωρίσεις διανομής σιτηρών και εισπράξεων). VI. Τελωνείο, Λιμάνι (Αναχωρήσεις, αναφορές, κατάστιχο εισιτηρίων). VII. Επιτροπή των σιτηρών (Καταχωρίσεις διανομής σιτηρών και εισπράξεων). VIII. Αρχείο εσόδων (Αλληλογραφία). ΙΧ. Κοινοβούλιο, Σύγκλητος (Πράξεις και αποφάσεις του Κοινοβουλίου και της Συγκλήτου, αλληλογραφία). Χ. Επιτροπή των Προσφύγων εξ Ηπείρου (Έγγραφα οικονομικής διαχείρισης). ΧΙ. Επιτροπή Θεάτρου (Αποδείξεις πληρωμών από τη θεατρική επιτροπή).
Β. Δικογραφίες, 443 Φάκελοι, 17ος-19ος αι.
Γ. Ελληνική Διοίκηση, 887 Φάκελοι και κτχ., (1864-1926)Ι. Διαχειριστικές Επιτροπές (Πρακτικά συνεδριάσεων, βιβλίων εσόδων-εξόδων, πρωτόκολλα, βιβλία πράξεων). ΙΙ. Έντυπα διαφόρων προελεύσεων (Νομοσχέδια, Εφημερίδες της Κυβερνήσεως, πράξεις του Κοινοβουλίου και της Γερουσίας). ΙΙΙ. Γραφείο Νομάρχη (Αναφορές, Έγγραφα που αφορούν το Δήμο Κερκυραίων, Αλληλογραφία Νομαρχίας και Εισπρακτορείου). IV. Αρχειοφύλακας και Ταμίας (Εισπράκτορας) (Έγγραφα οικονομικής διαχείρισης, αλληλογραφία, πρακτικά συνεδριάσεων, αναφορές, αιτήσεις, γνωμοδοτήσεις, πρωτόκολλα). V. Διαχειριστικά και λογιστικά θέματα (Υπουργικές αποφάσεις, ημερολόγια εσόδων και εξόδων, απολογισμοί Εγχωρίου Διαχειρίσεως, πρακτικά και προϋπολογισμοί). VI. Ειδική Επιτροπή κατά τον Ν. ΒΣΙΓ΄ (Έγγραφα σχετικά με τιμάρια).

Αρχείο Ιωάννη-Βαπτιστή Θεοτόκη, τμήμα του ιδιωτικού Αρχείου Δαφνή. Σχέδια επιστολών του Ι. Β. Θεοτόκη, διάφορα αποσπάσματα ημερολογίων του Ιωάννη Βαπτιστή Θεοτόκη (1822, 1833), το corpus των επιστολών του F. Zambelli προς τον Ι. Β. Θεοτόκη, αποσπάσματα εφημερίδων της εποχής σχετικά με τον ελληνικό Αγώνα, αρκετά έγγραφα που αφορούν τα στρατιωτικά σώματα των φιλελλήνων αλλά και τηλεγραφήματα σχετικά με το γαλλοαυστριακό πόλεμο (1859), ένα αντίγραφο επιστολής του Ugo Foscolo προς τον πρώην Έπαρχο Ζακύνθου Dionisio Bulzo (1827) κ.α.

Έγγραφα του Ζακυνθίου ιερέα και δασκάλου Στυλιανού Καιροφύλακα, αντίγραφα συμβολαιογραφικών πράξεων, ληξιαρχικές πράξεις βαπτίσεων και θανάτων, προικοσύμφωνα και εκτιμήσεις, οικονομικά.