Φάκελοι εκθέσεων αυτοψίας, φάκελοι απόπλοι πλοίων χωρίς άδεια λιμενικής αρχής, φάκελοι παράνομων έργων στον αιγιαλό και παραλία, φάκελοι έρευνας διάσωσης, φάκελοι ναυτοδικείου, φάκελοι εγχειριδίου ασφάλειας ναυσιπλοΐας, φάκελοι αρχαιοτήτων & υποβρύχιων δραστηριοτήτων, φάκελοι θαλάσσιων θηλαστικών, φάκελοι δελτίων συμβάντων, φάκελοι ημερολογίων αλιείας, φάκελοι αδειών, φάκελοι δελτίων άφιξης πλοίων, φάκελοι αλληλογραφίας , φάκελοι έρευνας για περιστατικό ρύπανσης, φάκελοι στατιστικών δελτίων, φάκελοι παραβάσεων και επιθεωρήσεων αλιευτικών σκαφών, φάκελοι μηνιαίων εκθέσεων, φάκελοι αιτήσεων και δικαιολογητικών.

Φάκελοι συμβάσεων, ποινολογίων, απολογιών, φάκελοι αναζήτησης σκαφών, αλιείας κοραλλιών, άγονων γραμμών, δηλώσεων εκφόρτωσης μεγάλων πελαγικών ψαριών, φάκελοι στατιστικών, φάκελοι εγγράφων υδρογραφικής υπηρεσίας και υπηρεσίας φάρων, βιβλίο ημερησίων διαταγών, φάκελοι θεμάτων προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, φάκελοι αλληλογραφίας, φάκελοι δελτίων συμβάντων, φάκελοι πινάκων υπηρετούντος προσωπικού διαφόρων πλοίων, φάκελοι αδειών, φάκελοι αιτήσεων και δικαιολογητικών, φάκελοι σκαφών, φάκελοι αναφοράς οργανωμένου εγκλήματος, φάκελοι ελέγχου επιτήρησης εξωτερικών συνόρων SCHENGEN, φάκελοι στοιχείων αλιευτικής δραστηριότητας , φάκελοι εισπράξεων, φάκελοι αναζήτησης παιδιών, φάκελοι παράνομης διακίνησης και εμπορίας κατοικίδιων, φάκελοι ασφαλιστήριων συμβολαίων.