Το αρχείο Σπ. Μαρινάτου αποτελείται από περίπου 500 επιστολές Ελλήνων και ξένων που χρονολογούνται στο διάστημα 1929-1940. Ξεχωριστή θεματικά ενότητα αποτελούν οι επιστολές που σχετίζονται με το ταξίδι του ΣΜ στην Αμερική προσκεκλημένος του The Archaeological Institute of America. Επίσης ξεχωριστή ενότητα αποτελεί η μικρή συλλογή Στ. Ξανθουδίδη που αποτελείται από επιστολές του ΣΜ προς τον προκάτοχό του διευθυντή του Μουσείου Ηρακλείου και άλλα έγγραφα (1898-1928). Στους αλληλογράφους του ΣΜ περιλαμβάνονται γνωστοί Έλληνες και ξένοι αρχαιολόγοι όπως οι Γ. Μυλωνάς, Κ. Ρωμαίος, Γ. Μηλιάδης, Georg Karo και W. Doerpfeld, πολιτικοί όπως ο Ι. Μεταξάς, τοπικοί παράγοντες, πολίτες και ομογενείς.

Το αρχείο περιλαμβάνει έγγραφα και σημειώσεις που καλύπτουν τη διπλωματική καριέρα του Ιωάννη Φραντζή από την πρώτη του τοποθέτηση στον Αυλώνα της Αλβανίας έως και τη θητεία του στην Πρεσβεία της Ινδίας. Σημαντικό μέρος του αρχείου καταλαμβάνει η αλληλογραφία του, προσωπική και επαγγελματική.