Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, βιβλία αναφοράς προσωπικού
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: δελτία κινήσεως σκαφών, δηλώσεις σκαφών, φύλλα ελέγχου επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών, έγγραφα μεταβιβάσεων, ανανεώσεων, μεταβολών, καταργήσεων αδειών σκαφών, έγγραφα μεταλεμβολόγησης, βιβλία ημερησίων αναφορών πληρωμάτων
Γ. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ατομικών αδειών αλιείας, διαταγές και εγκύκλιοι για τρόπους ψαρέματος, έγγραφα περί αλιείας κοραλλιών, οστράκων και σπόγγων.

Δελτία ναυτιλιακής κίνησης, σήματα, αιτήσεις για έκδοση ερασιτεχνικών αδειών, άδειες οτρακαλιείας.

Σήματα ασφάλειας – έρευνα και διάσωση & έκτακτα καιρικά φαινόμενα, άδειες οστρακαλιείας, Προστασία θαλάσσιου περιβάλλοντος, Ημερήσια αναφορά πληρώματος, Απόψεις περί δρομολογίων και δρομολόγια πλοίων

Σήματα ασφάλειας ναυσιπλοΐας -Έρευνα και διάσωση, Απόψεις περί δρομολογίων και δρομολόγια πλοίων (δειγματοληπτικά), Άδειες οστρακαλιείας (δειγματοληπτικά), Προστασία θαλάσσιου περιβάλλοντος

Αιτήσεις έκδοσης ερασιτεχνικών αδειών, άδειες οστρακαλιείας.