Φάκελοι: ΥΕΝ/ΔΠΛΣ, ΥΕΝ/ΔΟΥ , ΥΕΝ/ΔΝ ΕΡ, ΥΕΝ/ΔΑΠ, Αλληλογραφία με Λιμενικό Ταμείο - Είσπραξη λιμενικών δικαιωμάτων, Διαταγές καταζητούμενων πλοίων, ΝΑΤ 473/20.1.88, ΝΑΤ 33860/6.5.87, Δελτία κίνησης Θ/Γ, Δελτία στατιστικής λουομένων, Δελτία ναυτιλιακής κίνησης, Αλληλογραφία παραβάσεων Γενικού Κανονισμού Λιμένα, Δικαιολογητικά παρουσίας πληρώματος , Δελτία συμβάντων, Πρωτόκολλα παράδοσης- παραλαβής

Αρχείο της Διεύθυνσης Θαλασσίων Κρατικών Μεταφορών (ΔΘΚΜ) του ΥΕΝ

Αλληλογραφία, περί δρομολογίων πλοίων, πίνακες διακίνησης επιβατών, πλοίων, οχημάτων, άγονων γραμμών, ναυτιλιακή κίνηση, δικαιολογητικά, δελτία καιρού - συμβάντων, δηλώσεις απωλείας, εξαφανίσεις προσώπων, άδειες διάφορες, εκχώρηση αιγιαλού, δικογραφίες, αλληλογραφία, αιτήσεις διάφορες, εισπράξεις, ναυτολογήσεις, καταστάσεις προσωπικού, εκδόσεις βεβαιώσεων, άνεργοι ναυτικοί, απολογισμοί, Οίκος Ναύτου, φάκελοι εκλογών, εκδόσεις αδειών αλιείας και κυκλοφορίας πλοίων, διάφορες απογραφές.

Βιβλία Λ.Τ.Η.: Hμερολόγια, Kαθολικά, Πράξεις Προέδρου, Πιστώσεις, Ισοζύγια Λογιστηρίου, Διεκπεραίωση αλληλογραφίας, Πρωτόκολλα Aλληλογραφίας, Αποθήκη, Προκαταβολές έργων & μελετών, Eνοίκια εξ οικοδομών και λιμενικών χώρων, Ατέλειες, Eβδομαδιαία εργατικά ημερομίσθια, Kατάπλους-Aπόπλους πλοίων. Βιβλία Δ.Ε.Λ.Η.: Hμερολόγια, Kαθολικά, Πράξεις Διευθυντού, Πρωτόκολλα Aλληλογραφίας , Πλωτά μέσα - γερανοί και εργαλεία , Hμερήσιες διαταγές, Yλικά αποθήκης. Βιβλία Λ.Ε.Λ.Τ.Η.: Πρακτικά, Πρωτόκολλο Πράξεων. Βιβλία Ε.Ε.Λ.Τ.Η: Πρακτικά, Πρωτόκολλο Πράξεων, Πρωτόκολλα Aλληλογραφίας. Φάκελοι: Αλληλογραφία, Θέματα Προσωπικού, Οικονομικά, Διοικητικά, Απογραφικά, Αποθήκη, Αναφορές, Έργα

Φάκελοι εγγράφων: πραγματογνωμοσύνες - εισαγγελικοί λειτουργοί - διερμηνείς, περί βολών, αλληλογραφία με Λιμεναρχείο Σάμου - λιμεναρχεία, άδειες ρυμούλκησης, ελευθεροκοινωνία πλοίων, άδειες μεταφοράς νεκρών με πλοίο - ασθενών - ζώων, εκχώρηση αιγιαλού, αλληλογραφία για ρύπανση θαλάσσια, περί ναυτιλιακών εγγράφων, σήματα ανέργων ναυτικών, αλληλογραφία με Δ.Ε.Π. για θέματα αξιοπλοΐας κ.λπ..