Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).

Περιέχει εκθέσεις, κανονισμούς, έγγραφα της Κεντρικής Υπηρεσίας, οικονομικά, περί του πολεμικού στόλου (σκάφη, πληρώματα, άδειες, οικονομικά, λογιστικά, ταμειακά, Ναύσταθμο, εκπαίδευση, δικαιοσύνη, υγειονομία, ιματισμό, τροφοδοσία), τη λιμενική υπηρεσία, την εμπορική ναυτιλία, τους ναυτικούς αγωνιστές και ποικίλα έγγραφα.