Μεμονωμένοι φάκελοι ποικίλου περιεχομένου (πίνακας μηνιαίας δραστηριότητας σε θέματα ελέγχου ελληνικών πλοίων, αλληλογραφία που αφορά στις απαιτήσεις γραφείου τελετών για υπηρεσίες του σε θέματα του ναυαγίου Εξπρές Σάμινα, αντίγραφο βιβλίου ταμείου, αλληλογραφία για λιμένες-πλοία-ναυτικούς πράκτορες, χρόνος εργασίας ναυτικών, κ.λπ.).

Το αρχείο αποτελείται από έγγραφα της Ελληνικής Πολιτείας για θέματα διορισμών, οικονομικά ζητήματα και επιστολές τοποτηρητών (1830-1832). Κατά τα χρόνια του Όθωνα και Γεωργίου Α΄ (1833-1915) η Γραμματεία/Υπουργείο αλληλογραφεί με τον βασιλέα, τα Υπουργεία Οικονομικών, Στρατιωτικών και Εσωτερικών, τα λιμεναρχεία, τους κυβερνήτες πλοίων, τη Θωρηκτή Μοίρα καθώς και με το προσωπικό των πολεμικών πλοίων και ιδιώτες. Μεγάλο μέρος του αρχείου καλύπτουν οι υπηρεσιακές μεταβολές προσωπικού (άδειες, διορισμοί κ.λπ.), τα θέματα απονομής δικαιοσύνης, η ναυτική εκπαίδευση, οι κατασκευές και οι επισκευές πλοίων, οι υποθέσεις προσωπικού (παράπονα υπαλλήλων κατά υπαλλήλων και υποθέσεις μεταξύ Γραμματείας και ιδιωτών), τα λιμενικά ζητήματα (ενοίκια λιμενικών καταστημάτων, λιμενικά δικαιώματα). Σημαντικό αρχειακό υλικό αποτελούν τα διπλώματα της Κυβερνήσεως σε πλοία και παρατάσεις διπλωμάτων που δόθηκαν από διοικητικούς τοποτηρητές, νομάρχες και έπαρχους (1832-1834). Για τα έτη 1837-1866 συμπεριλαμβάνεται υλικό το οποίο αποτελείται από επιστολές-αιτήσεις για έκδοση διπλωμάτων πλοιαρχίας με τα συνημμένα πιστοποιητικά και την αλληλογραφία των αρμοδίων αρχών. Τέλος, το αρχείο περιλαμβάνει την αλληλογραφία του Υπουργείου προς την «εξεταστική επί των αριστείων επιτροπή» για θέματα απονομής αριστείων. Τα έγγραφα αυτά είναι αιτήσεις- επιστολές αγωνιστών όπως και συνοδευτικά σημειώματα ως πιστοποιητικά εκδουλεύσεων κατά τη διάρκεια του Αγώνα (1821-1841). Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (88 θυρίδες) ενώ στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως ευρετήρια και πρωτόκολλα).

4 φάκελοι με τα σχετικά δικογραφιών της υπόθεσης του ναυαγίου του επιβατηγού-οχηματαγωγού πλοίου Εξπρές Σάμινα.

Α) 111 τόμοι από το αρχείο Ειδικού Δικαστηρίου Δοσιλόγων Αθηνών: πρακτικά, αποφάσεις και βουλεύματα.

Β) 2 βιβλία: α) Βιβλίο Μηνύσεων Εγκληματιών Πολέμου και β) Βιβλίο Τακτικής Ανάκρισης Εγκληματιών Πολέμου

Γ) 14 φάκελοι με υποθέσεις δοσιλόγων και εγκληματιών πολέμου, καθώς και διάφορα διοικητικά έγγραφα

Δ) 4 κυτία που περιέχουν υλικό σχετικά με: Τμήμα Ν4351/1964 [Περί προστασίας της τιμής του πολιτικού κόσμου (πόθεν έσχες)] : Δικογραφίες - μηνύσεις εναντίον βουλευτών (1964-1968). Πενταμελές Εφετείο : Δικογραφία. Τριμελές Εφετείο : Δικογραφία ναυαγίου του επιβατηγού "Ηράκλειον" (1966-1968). Εφετείο Αθηνών, Γραμματεία, Τμήμα Πειστηρίων : Αλληλογραφία για την αποστολή πειστηρίων (1973).

Σχετικά δικογραφίας της υπόθεσης του ναυαγίου του επιβατηγού-οχηματαγωγού πλοίου «Εξπρές Σάμινα», καθώς και του «Δυστός».

Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).

Ατυχήματα σκαφών, αλληλογραφία με Λιμενικές Αρχές για ναυτικά ατυχήματα, δελτία συμβάντων, αποφάσεις επιβολής προστίμου, ναυάγια–ανελκύσεις, κλοπές–αναζητήσεις πλοίων, ρύπανση από πλοία, επιστολές-καταγγελίες ναυτεργατικών θεμάτων, ναυάγιο Jupiter, παραβάσεις παράνομης αλιείας, θέματα Διεύθυνσης Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, Συνεδριάσεις του Συμβουλίου Ακτοπλοϊκών Συγκοινωνιών (Σ.Α.Σ.), ναυλολόγιο.

1) Τμήμα 1 Γενικής Λιμενικής Αστυνομίας: Ακτοπλοϊκή - πορθμιακή κίνηση επιβατών.Στοιχεία πνιγμών. Δελτία συμβάντων. Δελτία συμβάντων. Επισκευές πλοίων / Πυρασφάλεια λιμένων / Αναζητήσεις / Ασφάλεια λιμένων. 2) Τμήμα 3 Κανονισμών και Διατάξεων: Συλλογή στοιχείων για νομοθεσία. Έλεγχος αλιείας. Προστασία αλιείας-αλιεράτες. Έλεγχος σπογγαλιείας-προστασία λοιπών υδρόβιων οργανισμών. Άδειες αλιευτικών σκαφών. Δίωξη-κυρώσεις για παράνομη αλιεία. Διακίνηση ιχθύων και λοιπών αλιευμάτων. Διεθνείς συμβάσεις-αλιευτικά θέματα ΕΟΚ. Υδατοκαλλιέργειες. Διάφορα: Απεργίες. Λεμβολόγια. Υποβρύχια δραστηριότητα. Προστασία υγείας και ασφάλειας εργαζομένων. Παροπλισμένα πλοία. Ναυάγια