Στοιχεία τα οποία αφορούν στην ιστορία διαφόρων μοναστηριών και έχουν γραφεί από Ν. Ι. Παπαδάκη, αντίγραφα εγγράφων του μοναστηριού της Χρυσοπηγής, κατάλογος βιβλιοθήκης Ιεράς Μονής Αγίας Τριάδας Χανίων ο οποίος έχει συνταχθεί από Ν.Β. Τωμαδάκη

Αλληλογραφία με πολιτικούς και στρατιωτικούς ηγέτες της εποχής σχετικά με το κρητικό ζήτημα, ιδιωτική αλληλογραφία, επιστολές, υπομνήματα, αναφορές σχετικά με υποθέσεις μοναστηριών

Απομνημονεύματα του Διονύσιου Μαραγκουδάκη, χειρόγραφη Χριστιανική Ηθική, επιστολές, άρθρα, λόγοι, καρτ - ποστάλ, εφημερίδες, περιοδικά σχετικά με ιστορικά, πολιτικά, εκκλησιαστικά και μοναστηριακά ζητήματα