Συλλογή Ιωάννη Χώτζη:

1. Οθωμανικό έγγραφο σχετικά με ειδήσεις από το Ναύπλιο (1825).
2. Επιστολή με πολιτικές ειδήσεις από την Κωνσταντινούπολη (1789).
3. Τρία (3) ενετικά έγγραφα του τέλους του 17ου αι.
4. Πενήντα εννιά (59) οθωμανικοί φετφάδες.
5. Έγγραφο που περιέχει έκθεση υπαλλήλου του σουλτάνου.
6. Επτά (7) αυτοκρατορικά φιρμάνια και βεράτια.
7. Δεκαπέντε (15) εκθέσεις μεγάλων βεζιρηδων (τακρίρια) προς τους σουλτάνους.

Συλλογή της Διαμάντως Σταρά:

1. Έγγραφα από την Ήπειρο των ετών 1813-1868, εκ των οποίων μπουγιουρντί των: Αλή Πασά (23 Μαρτίου 1813), Βεζύρη Ομέρ Πασά (23 Ιανουαρίου 1824, 20 Μαΐου 1824 και 2 Σεπτεμβρίου 1824), Βεζύρη Μεχμέτ Ρεσήτ Πασά (19 Ιουνίου 1828), (19 Ιουνίου 1828), Πασά των Ιωαννίνων (17 Οκτωβρίου 1841), που παρέχουν φορολογικές και άλλες ευκολίες στο Μήτζη Παπά Γιώργη Παπά από Γρατζανά,
2. Έντυπο που περιέχει αυτοκρατορικό φιρμάνι προς τον Μαχμούτ Νεδίμ πασά, 30 Σεπτεμβρίου 1875,
3. Φύλλο της εφημερίδας "Ιωάννινα", 2 Μαρτίου 1882.

• " Έγγραφα Καστελλορίζου Νομαρχιακά", αναφερόμενα στην ιστορία της νήσου Μεγίστης (Κ1α).
• Πρωτόκολλο πράξεων του Εκκλησιαστικού Δικαστηρίου της Αρχιεπισκοπής Καστελλόριζου (Κ1β)
• Συλλογή οθωμανικών εγγράφων (εκ των οποίων ένα λιθόγραφο): δύο φιρμάνια του 19ου αιώνα σχετικά με την άδεια κατασκευής πλοίων, την ανακαίνιση του βακουφιού του Μπαμπά Τουρμπεσί, ένα δίπλωμα πλοιαρχίας κ.ά. (Κ1γ)
• Έγγραφα Καστελλόριζου, αποδείξεις πληρωμών φόρου, κ.ά. (Κ1δ)
• Μαθητολόγιο της Αστικής Σχολής Μεγίστης (Κ1ε)
• Απανταχούσα επισκοπική περί συλλογής εράνων υπέρ ανακαινίσεως ναού στο Καστελόριζο, πράξη προικοδοσίας της Κυράτζας Παπαδίας θυγατρός Χατζή-Βασιλείου, υπογεγραμμένη υπό του Αμασείας Παϊσίου (Κωνσταντινούπολη, 1818), προικοσύμφωνο Μαρίας Μιχαλιά και Κωνσταντή Χατζή-Πέτου στο Καστελόριζο (Κ1στ).

Η συλλογή περιέχει πρωτότυπα έγγραφα και χειρόγραφα που αφορούν, κυρίως, στην εκκλησιαστική, πολιτική και εσωτερική ιστορία των νησιών του Αιγαίου Πελάγους και άλλων ελληνικών χωρών τους χρόνους της Φραγκοκρατίας και της Τουρκοκρατίας, αντίγραφα και φωτογραφίες εγγράφων και χειρογράφων από αρχεία της Ευρώπης, της Ελλάδας και της Ανατολής, διάφορα χειρόγραφα και σημειώματα του ιστοριοδίφη καθώς και την αλληλογραφία του με διαπρεπείς Έλληνες και ξένους επιστήμονες.
Επίσης, περιλαμβάνει διάφορα φιρμάνια, μπουγιουρντί, ακτιναμέδες (ahitname) και άλλα έγγραφα, που αφορούν ποικίλες υποθέσεις των νησιών του Αιγαίου Πελάγους, όπως φορολογικές υποθέσεις, απόδοση ιλτιζάμ (iltizam) νήσων και εκμίσθωση δεκάτης, διενέξεις Φράγκων και Ρωμαίων, αποστολή ανδρών και υλικών για τις ανάγκες του αυτοκρατορικού στόλου, περί προστασίας ρωσικών εμπορικών πλοίων, περί μη καταπίεσης ραγιάδων, περί επίλυσης διαφορών ραγιάδων, κ.ά.

Ο κατάλογος της συλλογής διαιρείται σε εννιά (9) κεφάλαια:

1. Εκκλησιαστικά και μοναστηριακά (Πατριαρχεία Κωνσταντινουπόλεως, Ιεροσολύμων, Μητροπόλεις Αγαθοπόλεως, Αθηνών, Άρτης, Βάρνας, Ευρίπου, Εφέσου, Ηρακλείας, Ιωαννίνων, Καισαρείας, Μονεμβασίας, Σάμου, Τυρνόβου, Επισκοπές, Μονές, Μονύδρια, Ναοί)
2. Λατινική Εκκλησία των Νήσων,
3. Σχολικά (Κάσος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Φολέγανδρος),
4. Κοινοτικά (Κέα, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Πάτμος, Σύρος, Φολέγανδρος),
5. Διοικητικά και Φορολογικά (Λατίνοι δυνάστες, Τουρκοκρατία-Νήσοι Αιγαίου, Άνδρος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Σίκινος, Σύρος, Φολέγανδρος),
6. Ελληνικές Παροικίες του Εξωτερικού (Ανκόνα & Λιβόρνο),
7. Ιδιωτικά,
8. Διάφορα,
9. Χειρόγραφα
   και εντός των κεφαλαίων έγιναν μικρότερες υποδιαιρέσεις κατά γεωγραφικές ενότητες.

Αναλυτικότερα:
Κ36_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: χειρόγραφα 1-6
Κ37_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 1-43
Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 44-59,
Κ38_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 60-90
Κ39_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 91-110
Κ40_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 111-135
Κ41_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 136-155
Κ42_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 156-172
Κ43_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 173-185

2 φιρμάνια, 1 χοτζέτι, 1 συμβόλαιο, 1 γενεαλογικό δένδρο, 1 αναφορά στην τουρκική, 1 περιβραχιόνιο, 1 θήκη εγγράφου.