Φάκελοι:
(α) Γραφείου Ναυτολογίας (διαγωνισμοί, πιστοποιητικά ναυτικής ικανότητας, λιμενικά τέλη, απογραφή ναυτικών κ.λπ.),
(β) Γραφείου Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος (μέτρα κατά της ρύπανσης των ακτών, έλεγχος εγκαταστάσεων πετρελαιοειδών, θαλάσσιες λουτρικές εγκαταστάσεις, σχετικά δημοσιεύματα Τύπου),
(γ) Γραφείου Απογραφής (ναυτικά φυλλάδια-σχετικά δικαιολογητικά), Βιβλία κατάπλου και απόπλου, Πρωτόκολλα εισερχόμενων σημάτων, Ημερολόγιο κίνησης αστυνομικού οχήματος Λιμενικού Σώματος (ΛΣ)

Φάκελοι Γραφείου Λιμενικής Αστυνομίας (στατιστικά στοιχεία θαλάσσιων συγκοινωνιών, αποφάσεις επιτροπών)

Φάκελοι με δελτία ναυτιλιακής κίνησης, δελτία ελέγχου απόπλου και κατάπλου τουριστικών σκαφών, δελτία ναυτιλιακής κίνησης, ναυλοσύμφωνα, δελτία ελέγχου επαγγελματικών σκαφών αναψυχής, φύλλα αστυνομικού ελέγχου (ΦΑΕ) επικίνδυνων φορτίων, αναφορές για διακομιδές ασθενών, τραπεζοκαθίσματα, παραβάσεις περί απαγόρευσης καπνίσματος, έκδοση αδειών λειτουργίας καταστημάτων υγειονομικού ενδιαφέροντος, δρομολόγια πλοίων, συγκροτήσεις επιτροπών, ποινές, αποζημιώσεις, επιμορφωτικά προγράμματα, γενική αλληλογραφία

Φάκελοι Γραφείου Ασφαλείας (πειθαρχικά, κατασχέσεις ναυτικών φυλλαδίων, προβλήματα θαλάσσιων συγκοινωνιών, στατιστικά στοιχεία υπηρεσίας), Βιβλίο αδειών μικροεπισκευών πλοίων

Φάκελοι: Υποβολή στατιστικών στοιχείων θαλάσσιων συγκοινωνιών, Υποβολή δελτίων ναυτιλιακής κίνησης, Αιτήσεις – ειδικές άδειες απόπλου στα διεθνή ύδατα, Ειδικές άδειες μεγάλων πελαγικών ψαριών, Διακομιδές ασθενών, Διάφορα θέματα ΝΑΤ, Δικ/κά έκδοσης –ανανέωσης ατομικών αδειών αλιείας.

Φάκελοι: Υποβολή στατιστικών στοιχείων θαλάσσιων συγκοινωνιών, Υποβολή δελτίων ναυτιλιακής κίνησης, Διάφορα θέματα ΝΑΤ, Αντίγραφα ναυτιλιακών εγγράφων Ε/Γ-Τ/Ρ, Δελτία τύπου συνδικαλιστικών ενώσεων.

Φάκελοι: Διεύθυνση Λιμενικής Αστυνομίας (Θεώρηση ναυτιλιακών εγγράφων, Χορήγηση αδειών, Δελτία συμβάντων), Διεύθυνση Προγραμματισμού Οργάνωσης και Εκπαίδευσης (Πρακτικά σύσκεψης), Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών (στατιστικά, αλληλογραφία)