Υλικό από τις έρευνες και τις μελέτες της αρχαιολόγου και φιλολόγου Έλσης Μαθιοπούλου (φωτοαντίγραφα, σημειώσεις, εκτυπώσεις Η/Υ), από την ακαδημαϊκή σταδιοδρομία της σε πανεπιστήμια της Γερμανίας και από τη συνεργασία της με άλλα ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα και ερευνητικά κέντρα. Το αρχαιολογικό μέρος του αρχείου αφορά την τυπολογία αγάλματος της Αθηνάς του 5ου αιώνα π.Χ., μαρμάρινα γλυπτά κλασικής και μεταφειδιακής εποχής καθώς και ρωμαϊκά αντίγραφα. Το μεσαιωνικό-νεοελληνικό μέρος αφορά βυζαντινούς (κυρίως τον Νικήτα Χωνιάτη) και μεταβυζαντινούς λογίους (κυρίως στη Βενετία), την κυπριακή και κρητική λογοτεχνία, την επίδραση του πετραρχισμού και της αναγέννησης σε αυτές, ιδιαίτερα το κυπριακό αναγεννησιακό canzoniere της Μαρκιανής βιβλιοθήκης, ποικίλα θέματα κυπριακού ενδιαφέροντος, τον Διονύσιο Σολωμό, τον Κ.Π. Καβάφη και άλλα θέματα νεοελληνικής λογοτεχνίας και γλώσσας καθώς και της διδακτικής της.
Περιέχει επίσης ανάτυπα, έντυπα και αποκόμματα για τα θέματα αυτά. Βιβλία με σημειώσεις της ή χωρίς εντάχθηκαν στη βιβλιοθήκη του ΕΛΙΑ.

Χειρόγραφοι τόμοι που περιέχουν λαογραφική ύλη Κρήτης αλλά και ύλη που αφορά στην ιστορία, αρχαιολογία, γλώσσα, φυσική διαμόρφωση του νησιού, βιβλία θεωρίας της μουσικής, εκκλησιαστικών ύμνων και ασμάτων