Ο μεγαλύτερος όγκος του υλικού χρονολογείται από τη δεκαετία του 1880 έως το 1932, έτος του θανάτου του. Το αρχείο διαιρείται σε εννέα σειρές,
Ι: Αλληλογραφία,
ΙΙ:Έργα του Ι. Γενναδίου,
ΙΙΙ: Προσωπικά έγγραφα,
IV: Πολεμικές αποζημιώσεις,
V: Κοινότητες του απόδημου Ελληνισμού,
VI: Η Γεννάδειος Βιβλιοθήκη, VII: Φωτογραφίες,
VIII: Συλλογή Κωνσταντίνου Μαγκάκη,
IX: Διάφορα.
Το Αρχείο Ιωάννου Γενναδίου αποτελεί τμήμα, το μεγαλύτερο, του συνολικού Αρχείου Ιωάννου Γενναδίου που βρίσκεται διαμερισμένο σε δύο άνισα μέρη με πρωτοβουλία του ιδρυτή της βιβλιοθήκης: το εκτενέστερο, κείται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. και το βραχύτερο περιέχεται στο ποικίλο υλικό ενός σημαντικού αριθμού Λευκωμάτων (Scrapbooks), των ιδιότυπων αυτών θεματικών κολλάζ στα οποία ο Γεννάδιος συνέλεξε και απέθεσε με περισσή γνώση και θαυμαστή επάρκεια υλικό, συνήθως εφήμερο, (χαλκογραφίες, χάρτες, φωτογραφίες, αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών, αλλά και επιστολές, προσκλήσεις, ταχυδρομικά δελτία, έντυπα μενού κ.α.) που αφορούσε μια συγκεκριμένη κάθε φορά θεματική σχετικά με την πολιτική, την ιστορία, την βιβλιογνωσία, τον τύπο, την αρχιτεκτονική, την τοπογραφία, τα αρχαία μνημεία. Συγκεκριμένα, 24 Λευκώματα (αρ. 2-24 και 38) περιέχουν αρχειακό υλικό το οποίο, κατά κανόνα, προηγείται χρονολογικά εκείνου που απόκειται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. Ειδικότερα, το υλικό του 19ου αιώνα τοποθετήθηκε από τον Ι. Γεννάδιο σχεδόν αποκλειστικά στα Λευκώματα, ακολουθεί αριθμητικά εκείνο των πρώτων ετών του 20ού, και τέλος σποραδικά των υπόλοιπων ετών ως τον θάνατό του (1932). Το υλικό εδώ παρουσιάζεται θεματικά συγκροτώντας μικρές ενότητες αποτελούμενες από αλληλογραφία, αποκόμματα εφημερίδων, προσκλήσεις κλπ. σχετικά με την οικογένεια Γενναδίου, την ίδρυση και ανέγερση του Γενναδείου, την ελληνική και διεθνή πολιτική, την ελληνική οικονομία, την κρίση και τα δάνεια, την βουλευτική υποψηφιότητα του Ι. Γενναδίου στις εκλογές του 1907, την ελληνική ορθόδοξη Εκκλησία και τις σχέσεις της με τις δυτικές ομολογίες. Περιλαμβάνονται επίσης η αρθρογραφία του Ι. Γενναδίου στον ελληνικό και ξένο τύπο-κυρίως τον αγγλόφωνο, τα διπλωματικά του ταξίδια στην Ευρώπη και την Αμερική, η συλλογή των βιβλίων του και τα ex libris, βραβεύσεις του από πνευματικά ιδρύματα και οργανισμούς, και πλείστα λεπτομερή στοιχεία από την συμμετοχή του σε εκδηλώσεις της κοινωνικής ζωής, ιδίως στο Λονδίνο. Το σημαντικότερο όμως τμήμα υλικού του 20ού αιώνα διαμοιράστηκε σε φακέλους συγκροτώντας το Αρχείο Ι.Γ. Κατά συνέπεια ο ερευνητής που μελετά το Αρχείο Ι.Γ. θα πρέπει να έχει συνεχώς υπόψιν αυτή την ιδιαιτερότητα και ως εκ τούτου να ανατρέχει και στις πλούσιες θεματικές συλλογές των Λευκωμάτων προκειμένου να εξασφαλίζει την κατά το δυνατόν πληρότητα στις αναζητήσεις του.

α. Το αρχείο Heinrich Schliemann αποτελείται από ημερολόγια, αλληλογραφία, χειρόγραφα, προσωπικά έγγραφα, φωτογραφίες, οικονομικά έγγραφα και κατάστιχα, βιβλία εξόδων, λευκώματα, αποκόμματα εφημερίδων και δευτερεύον υλικό. Επιπλέον, υπάρχουν και δύο συμπληρωματικά αρχεία: το αρχείο Sophia Schliemann και το αρχείο της Οικογένειας Heinrich Schliemann.

β. Το αρχείο Σοφίας Σλήμαν χωρίζεται σε δύο σειρές: Α. Αλληλογραφία με επιστολές από τον Heinrich και άλλα μέλη της οικογένειας 1869-1920 και Β. Διάφορα που περιλαμβάνουν ένα χειρόγραφο, Ο Heinrich Schliemann και ο Μυκηναϊκός Πολιτισμός (1912), γλωσσικές ασκήσεις, τμήματα μιας αφήγησης της Σοφίας από ένα ταξίδι στον Ορχομενό, ένα προσχέδιο μιας διάλεξης και μιας ομιλίας, διπλώματα, έγγραφα σχετικά με αναπαραγωγή της φωτογραφίας της Σοφίας που φοράει το Θησαυρό του Πριάμου καθώς επίσης και μια πλαισιωμένη αναπαραγωγή της ίδιας της φωτογραφίας (πρβ. αρχείο Carl W. Blegen στα Αρχεία της Βιβλιοθήκης Blegen για ένα πρωτότυπο αυτής της φωτογραφίας)

γ.Το Αρχείο της Οικογένειας Σλήμαν είναι χωρισμένο σε δύο κατηγορίες. Α. Πρωτότυπα έγγραφα της οικογένειας υλικό για τον πατέρα του Σλήμαν, Ernst Johann Adolph Schliemann, ένα γενεαλογικό δέντρο, σημειωματάρια και οκτώ διπλώματα. Επίσης, επιστολές της αδελφής του Σλήμαν, Louise Therese Sophie Schliemann, επιστολές της Ανδρομάχης και του Αγαμέμνονα, παιδιών του Ερρίκου και της Σοφίας, επιστολές των αδελφών Louis and Paul, και γράμματα της πρώτης συζύγου του Αικατερίνης. Β. Δευτερεύον υλικό που περιέχει έγγραφα σε σχέση με την Nadézhda Schliemann Andrusovová, κόρη του Ερρίκου από τον πρώτο του γάμο, τα οποία δωρήθηκαν από την εγγονή της Nadézhda, Galina Andrusovová-Vlčeková, τον Ιούνιο του 1990. Το αρχείο της Nadézhda περιλαμβάνει πιστοποιητικά γέννησής της και πανεπιστημιακά διπλώματα, έναν κατάλογο των περιουσιακών στοιχείων της μετά τον θάνατό της, έναν γενεαλογικό πίνακα των απογόνων της Ekaterina Lyshina και του Ερρίκου Σλήμαν, 15 φωτογραφίες της οικογένειας των Nadézhda και Nikolai Andrusov, μαζί με μια φωτογραφία της Ekaterina Lyshina Schliemann και έναν φάκελο για την Minna Meincke. Αν και δεν ήταν μέλος της οικογένειας, η Minna ήταν ο παιδικός έρωτας του Σλήμαν και διατήρησε επαφή μαζί της σε όλη τη διάρκεια της ζωής του. Ο φάκελος περιέχει φωτογραφίες του Ερρίκου και της Minna (1879) και ένα άρθρο σχετικά με την Minna στα γερμανικά.

Το Αρχείο Γεωργίου Ν. Παπαϊωάννου αρθρώνεται σε οκτώ θεματικές ενότητες:

1. Εθνική Αντίσταση: ΕΔΕΣ-γενικά, Αλληλογραφία, Επιτροπή πόλεως Αθηνών (αλληλογραφία), Εκθέσεις για την δράση οργανώσεων του ΕΔΕΣ, Φωτογραφίες 1943-1944, Άλλες αντιστασιακές οργανώσεις
2. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Νομοθετικό πλαίσιο, Η συμβολή του Γ.Ν.Π. στην αναγνώριση της Εθνικής Αντίστασης, Αναγνώριση πολεμικής δράσης του Γ.Ν.Π., Ονομαστικές καταστάσεις αγωνιστών, Βεβαιώσεις-αιτήσεις αγωνιστών, Εκθέσεις δράσεως αγωνιστών
3. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος, Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης
4. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών
5. Βίος, δημαρχία Αγρινίου, οικογένεια και πρόγονοι Γ.Ν.Π.
6. Ιστορική επεξεργασία περιόδου Εθνικής Αντίστασης και ιστορικές καταβολές οικογένειας Γ.Ν.Π.
7. Αρχειακό υλικό Νικολάου Γ. Παπαϊωάννου
8. Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου: Ελλάδα-Μεσοπόλεμος, Ο πόλεμος του 1940, Κατοχή, Εθνική Αντίσταση-Αφιερώματα, Τύπος Αιτωλοακαρνανίας, Εφημερίδες αγωνιστών και οργανώσεων αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης, Εφημερίδες Αιτωλοακαρνανίας και αποκόμματα τύπου με άρθρα και αναφορές στο πρόσωπο του Γ.Ν.Π., Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου με άρθρα περί Κατοχής-Εθνικής Αντίστασης-Εμφυλίου συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π., Νεώτερα αντίγραφα εφημερίδων των ετών 1915-1949 συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π.
   Οι δύο πρώτες ενότητες, Εθνική Αντίσταση (1) και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (2), αποτελούν τον κυρίως κορμό του αρχειακού υλικού, το σημαντικότερο και εκτενέστερο τμήμα ολοκλήρου του αρχείου. Στην πρώτη απόκειται υλικό, αντίγραφο και πρωτότυπο, που αφορά την αντιστασιακή οργάνωση ΕΔΕΣ, την ίδρυσή της, αλληλογραφία μεταξύ του ιδρυτή του ΕΔΕΣ Ν. Ζέρβα και υποεπιτροπών και μελών του, τη δράση τους καθώς και φωτογραφίες των αγωνιστών• στη δεύτερη ενότητα βρίσκονται όλο το νομοθετικό πλαίσιο, τα διατάγματα, τα νομοθετήματα, η συμβολή του ΓΝ.Π. στην αναγνώριση των εθνικοφρόνων αγωνιστών και πλήθος ονομαστικών καταλόγων με τις αιτήσεις των αγωνιστών συνοδευόμενες από ποικίλο συνημμένο υλικό (βεβαιώσεις, εκθέσεις δράσεως κ.α.) για την αναγνώρισή τους ως αντιστασιακών. Στις επόμενες δύο ενότητες, Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (3): ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος και Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (4): Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών, ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει το υλικό που αφορά τις αντεκδικήσεις των υποψηφίων προς αναγνώριση αντιστασιακών καθώς το πλήθος του συνημμένου υλικού κατά προσωπική περίπτωση εξακτινώνεται σε πλείστα ζητήματα του πολιτικού, κοινωνικού και ατομικού βίου στην Ελλάδα κατά την περίοδο της Κατοχής και του Εμφυλίου Πολέμου. Στις επόμενες ενότητες έχει ταξινομηθεί το υλικό που αφορά ειδικότερα και προσωπικότερα θέματα του Γ.Ν.Π., την οικογένειά του, την θητεία του ως δημάρχου Αγρινίου και υλικό συλλεγέν μετά το θάνατο του Γ.Ν.Π. από τον γιο του, βουλευτή Αιτωλοακαρνανίας, Νικόλαο Γ. Παπαϊωάννου• τέλος, πλήθος εφημερίδων και αποκομμάτων τύπου, αθηναϊκού και αιτωλοακαρνανικού που καλύπτουν σημαντικό τμήμα του 20ού αιώνα.

Το αρχείο αποτελείται από 3 ενότητες, κάθε μία αφιερωμένη στα τρία συγγενικά πρόσωπα της Ιωάννας Τσάτσου. Η Ενότητα Ι αφορά τον πατέρα της, Στυλιανό Σεφεριάδη (1873-1951), διαπρεπή νομικό, καθηγητή της Νομικής Σχολής με διεθνή καριέρα, αλλά και με εκτενές λογοτεχνικό έργο. Η Ενότητα ΙΙ αφορά το μεγάλο αδελφό της, Γιώργο Σεφέρη (1900-1971), διπλωμάτη και νομπελίστα ποιητή, ενώ η Ενότητα ΙΙΙ, το μικρό της αδελφό, Άγγελο Σεφεριάδη (1905-1950). Όλες οι ενότητες περιλαμβάνουν προσωπικά έγγραφα (σχολικά τεκμήρια, διαβατήρια κλπ), αλληλογραφία, χειρόγραφα κείμενα και αποκόμματα τύπου. Η Ενότητα Ι έχει διαιρεθεί στις εξής 5 υποενότητες ανάλογα με τις δραστηριότητες του Στ. Σεφεριάδη: Υποενότητα Ι.1: Προσωπικά και οικογενειακά έγγραφα, Υποενότητα Ι.2: Ο λογοτέχνης Στ. Σεφεριάδης, Υποενότητα Ι.3: Ο νομικός και πανεπιστημιακός Στ. Σεφεριάδης, Υποενότητα Ι.4: Τιμητικές διακρίσεις (τα παράσημά του), Υποενότητα Ι.5: Αλληλογραφία (οικογενειακή και επαγγελματική). Η Ενότητα ΙΙ (Γιώργος Σεφέρης) έρχεται να συμπληρώσει το αρχείο του ποιητή που φυλάσσεται από χρόνια στη Γεννάδειο Βιβλιοθήκη. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα σχολικά τεκμήρια του Σεφέρη και η εκτενής αλληλογραφία του με την αδελφή του. Στην ενότητα περιλαμβάνονται και κάποια έργα του ποιητή, ανάμεσα στα οποία ένα δακτυλόγραφο αντίτυπο της ποιητικής του συλλογής Στέρνα με χειρόγραφες σημειώσεις και διορθώσεις (1931-1932). Υπάρχουν επίσης αποκόμματα τύπου και δευτερογενές υλικό σχετικά με τον ποιητή που συνέλεγε η ΙΤ και η Δ. Μυλωνά. Στην Ενότητα ΙΙΙ εκτός από τα προσωπικά και υπηρεσιακά έγγραφα υπάρχουν τεκμήρια σχετικά με το θάνατο του Άγγελου στην Αμερική (διευθέτηση κληρονομικών και άλλων ζητημάτων). Από το λογοτεχνικό έργο του Ά. Σεφεριάδη ξεχωρίζουν τα ποιήματά του και η μετάφραση του έργου του Shakespeare, Η τραγωδία του Αμλέτου πρίγκηπα της Δανίας (δακτυλόγραφο). Το μεγαλύτερο μέρος της αλληλογραφίας του καταλαμβάνουν οι επιστολές της αδελφής του, ΙΤ.

Η συλλογή αποτελείται από υλικό σχετικά με την οικογένεια Γεννάδιου, συμπεριλαμβανομένων άλμπουμ με φωτογραφίες και αποκόμματα εφημερίδων με πληροφορίες που αφορούν στην ιστορία των μελών της οικογένειας Γεννάδιου, την οικογένεια Μπενιζέλου και τη Γεννάδειο