Το αρχείο αφορά την αναγνώριση των τίτλων ιδιοκτησίας οθωμανικών κτημάτων από Έλληνες, στις περιοχές που, βάσει διεθνών συνθηκών, δεν θεωρήθηκε ότι κατέχονται από ελληνικά στρατεύματα την περίοδο της υπογραφής των συνθηκών της Ανεξαρτησίας (Θήβα, ν. Φθιώτιδος, Φωκίδος, Εύβοια, ν. Αττικής). Περιέχονται: αλληλογραφία της Επιτροπής με το Υπουργείο Οικονομικών, το Υπουργείο Εξωτερικών, νομάρχες, οικονομικούς εφόρους, κ.ά. Επίσης, αιτήσεις Ελλήνων για αναγνώριση ιδιοκτησίας, πωλητήρια και συμβολαιογραφικά έγγραφα (χοτζέτια και ταπιά σε οθωμανική γραφή και μετάφρασή τους). Πρωτόκολλα εξερχομένων της Επιτροπής, αποδεικτικά παραλαβής τίτλων, ευρετήρια κλπ.

Το αρχείο της Μικτής Επιτροπής μαζί με το αρχείο των Εθνικών Κτημάτων αναδεικνύουν τις διαδικασίες με τις οποίες το ελληνικό κράτος και έλληνες υπήκοοι απέκτησαν κυριότητα επί των οθωμανικών γαιών μετά την Επανάσταση.

Φάκελος Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (π. 1839-1881)
Επιστολές προς Αλέξανδρο Μαυροκορδάτο (1839-1853) και (1894-1902). Επιστολές προς Χαρίκλεια Αλ. Μαυροκορδάτου (1855-1881).

Φάκελος Νικολάου και Ελένης Μαυροκορδάτου (1857-1906)
Επιστολές διαφόρων προς τον Νικόλαο Μαυροκορδάτο (1878-1893) και 1894-1902). Επιστολές μελών της οικογένειάς του προς τον ίδιο: Σοφία και Αλέξανδρος Σούτσος (1885-1887), Ελένη Ν. Μαυροκορδάτου (1900-1902).
Επιστολές μελών της οικογένειας και άλλων προς την Ελένη Μαυροκορδάτου (1876-1903).
Τραπεζικοί λογαριασμοί της Ελένης Μαυροκορδάτου (1902-1906).
Αλληλογραφία ανάμεσα σε τρίτους (1857-1906).
Έγγραφα σχετικά με τη Ρουμανία: τοπογραφικό σχέδιο συνοικίας Ιασίου (αρχές 19ου αι.)· αγοραπωλησία τσιγγάνων (1842)· κατάστιχο κινητής περιουσίας της εκκλησίας Zvoristea (1863, 1884-1892).
Κτηματικά της Ελένης Μαυροκορδάτου των ετών (1893-1899): λογαριασμοί εξόδων κτήματος Halaucesti στη Μολδαβία (1893). Υποθήκευση του κτήματος για τη σύναψη δανείου (1894), φορολογικά του ίδιου κτήματος (1894-1898)· διαβουλεύσεις σχετικά με την πώλησή του (1895, 1898, 1899). Έγγραφα σχετικά με τη δίκη για το κτήμα στο Broesti, (1894-1898).
Λογαριασμοί των αδελφών Νικολάου και Γεωργίου Μαυροκορδάτου (1890-1897).

α) 1459, Ιανουαρίου 22 (από ενσαρκώσεως Ιησού Χριστού): Έγγραφο των ιπποτών της Ρόδου.
Ο Jack de Milly, Μέγας Μάγιστρος, αναθέτει το μοναστήρι του Αγίου Αντωνίου του Αβά στη Νάξο στον Ιωάννη Κρίσπο, ιππότη του τάγματος των Ιωαννιτών, διότι ο μέχρι τότε υπεύθυνος Μιχαήλ Καστελάτσιο, ιππότης του τάγματος και διδάκτωρ του κανονικού και πολιτικού δικαίου, θα χειροτονηθεί επίσκοπος Πάφου. Το δε μοναστήρι έχει εισόδημα δεκαπέντε χιλιάδων φλωρινίων το χρόνο.
β) 1513, Ιουλίου 24: Συμβόλαιο αγοραπωλησίας.
Η Elizabetta, χήρα του ποτε Dorini Gatalusii, δηλώνει ότι ο Zuan Antonio de Fabris αγόρασε έναν κήπο και ένα κομμάτι μικρό, δίπλα στον κήπο, έκτασης δύο και μισή mozade στην περιοχή Κρύο Νερό της Νάξου, για τρία και μισό υπέρπυρα. Το έγγραφο συντάσσεται από τον νοτάριο Bernardus Guatus Patavinus.
γ) 1681: Πατριαρχικό συνοδικό σιγιλλιώδες γράμμα του πατριάρχη Ιακώβου.
Απονέμονται σταυροπηγιακά δικαιώματα στο ναό της Θεοτόκου Ραχιδιώτισσας στη Δριμαλία Νάξου, στο χωριό Μονίτσια.
δ) 1798, Μαρτίου 1: Πατριαρχικό συνοδικό σιγιλλιώδες γράμμα του πατριάρχη Γρηγορίου Ε΄.
Ανανεώνονται τα σταυροπηγιακά δικαιώματα στη μονή Φανερωμένης Νάξου.