Γόνος της μεγάλης και ένδοξης υδραίικης οικογένειας των Κουντουριωτών, ο Ιωάννης ήταν εγγονός του Γεωργίου Α.Κουντουριώτη που μαζί με τον αδελφό του Λάζαρο προσέφεραν τεράστια ποσά από την οικογενειακή τους περιουσία στον Αγώνα της Ανεξαρτησίας. Γιος του Θεόδωρου Γ.Κουντουριώτη (1822-1870) και της Λουκίας Παύλου Νεγρεπόντε (1831-1875) γεννήθηκε στην Ύδρα στις 27 Αυγούστου 1866 και ήταν ο νεότερος από τα εννέα αδέλφια του Γεώργιο, Παύλο, Ανδρέα, Λάζαρο, Ελένη, Ανέζω, Μαρία, Κονδύλω και Καλλιόπη. Μαθητής του Λυκείου Αντωνιάδη στον Πειραιά, το 1879 ήταν συμμαθητής με τους Ελ.Βενιζέλο, Γ.Κριεζή, Γ.Χρηστοφίδη και Θ.Πετροκόκκινο. Τον Σεπτέμβριο του 1883 γράφτηκε στη Νομική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών από όπου αναγορεύτηκε διδάκτωρ και συμπλήρωσε τις σπουδές του στο Παρίσι. Φαίνεται ότι εργάστηκε στο υπουργείο Εξωτερικών και μέσα από το υλικό του αρχείου τον συναντάμε το 1891-93 στο Παρίσι και το 1893-95 στην Αγγλία, χωρίς να έχουμε περισσότερα στοιχεία για τις δραστηριότητές του εκεί.

Πολιτεύθηκε με τον Γ.Θεοτόκη όταν αυτός διαδέχθηκε στην αρχηγία του κόμματος τον Χαρ.Τρικούπη και το 1899 εξελέγη για πρώτη φορά βουλευτής Ύδρας. Παρέμεινε βουλευτής μέχρι τη λήξη της Β΄Αναθεωρητικής Βουλής το 1911 απέχοντας από τις εκλογές του 1912. Εκείνη τη χρονιά ο Βενιζέλος του είχε προτείνει να θέσει υποψηφιότητα ως δήμαρχος Αθηναίων, αλλά τελικά δεν τήρησε το λόγο του και απευθύνθηκε στον Εμ.Μπενάκη δυσαρεστώντας τον παιδικό του φίλο. Το 1917 διορίστηκε έκτακτος απεσταλμένος και πληρεξούσιος υπουργός “παρά τη σερβική αυλή” τα μέλη της οποίας βρίσκονταν στη Θεσσαλονίκη λόγω της κατοχής των σερβικών εδαφών και ανακλήθηκε από τον υπουργό Εξωτερικών Ν.Πολίτη τον Απρίλιο του 1919 μετά την ανακωχή του πολέμου και την επιστροφή της σερβικής κυβέρνησης στο Βελιγράδι.

Ο Ιωάννης Κουντουριώτης αρθρογράφησε πολιτικά κυρίως στις εφημερίδες Άστυ, Αθήναι, Ελεύθερο Βήμα, Εστία για διάφορα θέματα όπως το Σύνταγμα, τον προϋπολογισμό του κράτους, τη Βουλή και τις εργασίες της, τη διπλωματική υπηρεσία, την εξωτερική πολιτική της Ελλάδας κ.ά. [Βλέπε φάκελο 11.4 Πολιτική αρθρογραφία, 1894-1929.] Στις αγορεύσεις του στη Βουλή αναφέρθηκε στα ναυτικά πράγματα της χώρας, τους προξενικούς νόμους, τη Λαϊκή Τράπεζα, το ενεχυροδανειστήριο, τη σπογγαλιεία, τη βελτίωση της θέσης των γυμναστών κ.ά.

Μετά την αποχώρησή του από την ενεργό πολιτική ιδιώτευσε και ασχολήθηκε αποκλειστικά με οικονομικές και τραπεζικές δραστηριότητες. Διετέλεσε πρόεδρος του Δ.Σ. της Τράπεζας Αθηνών από το 1920, πρόεδρος της Γενικής Τράπεζας, πρόεδρος της Γαλλο-ελληνικής Τράπεζας, αντιπρόεδρος της Τράπεζας Ανατολής, πρόεδρος της Εταιρείας Διαχειρίσεως Υπεγγύων Προσόδων, πρόεδρος της Εταιρείας Σιδηροδρόμων Αττικής, πρόεδρος της Ελληνικής Εταιρείας Υδάτων, πρόεδρος της Εταιρείας “Το Οξυγόνον”, αντιπρόεδρος της Ελληνικής Εταιρείας Τροχιοδρόμων Αθηνών, Πειραιώς και περιχώρων. Στα βήματα του πάππου του Γεωργίου Α.Κουντουριώτη που ήταν ο πρώτος πρόεδρος της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας μετά την ίδρυσή της το 1836, ο Ιωάννης Κουντουριώτης εξελέγη μέλος της το 1915 και διετέλεσε πρόεδρός της από το 1923 μέχρι το 1933. Δεν πρόλαβε όμως να παραστεί στα εγκαίνια του Αρσακείου Ψυχικού το 1936, στο σχεδιασμό και στην ανέγερση του οποίου είχε πολλαπλώς συμβάλει. Ο Κουντουριώτης ήταν επίσης μέλος της Ιστορικής Εθνολογικής Εταιρείας της Ελλάδος (από το 1912) και της Αθηναϊκής Λέσχης (από το 1897).

Παντρεύτηκε το 1896 την κόρη του Γεωργίου Αθηνογένη και ανιψιά του Στέφανου Σκουλούδη, Θαλία Αθηνογένη, με την οποία απέκτησαν δύο κόρες την Λουκία και την Μαρία μετέπειτα σύζυγο Αχιλλέα Γεωργαντά.

Ένα χρόνο μετά το θάνατο της κόρης του Μαρίας πέθανε στις 10 Οκτωβρίου 1933 στο Παρίσι ύστερα από μακροχρόνια ταλαιπωρία με καρδιολογικά προβλήματα. Ενταφιάστηκε στο Α΄ Νεκροταφείο Αθηνών.