Το αρχείο του ΗΣΑΠ διαρθρώνεται ως εξής:
1869-1925, εταιρία ΣΑΠ
1926-1975, εταιρία ΕΗΣ
1976-2000, εταιρία ΗΣΑΠ
Το αρχείο περιέχει βιβλία, φακέλους, classeur, φωτογραφικό υλικό, μπομπίνες, ημερολόγια με τα εξής θέματα: αλληλογραφία εσωτερικού-εξωτερικού, αντίγραφα επιστολών, υπουργεία σιδηροδρόμων, συγκοινωνιών, ναυτιλίας, μεταφορών, οικονομικών, υπηρεσία λεωφορείων, παλαιά έγγραφα, στατιστικά στοιχεία, έγγραφα αρχών, εφημερίδες, ημερολόγια διαφόρων πράξεων, λογαριασμοί εκκρεμείς, αναφορές υπηρεσιών, βιβλία αντιγραφής επιστολών, υπηρεσία προσωπικού, αλληλογραφία προσωπικού, εγκύκλιοι, διαταγές, τράπεζες εξωτερικού, τρεχούμενοι λογαριασμοί, σχέδια, εργολαβίες, αναφορές υπηρεσιών, πρόστιμα, δυστυχήματα, αποστολές, οχήματα, τιμολόγια, παραγγελίες, εργολαβία σήραγγας, καθολικό ημερολόγιο, ημερολόγιο πληρωμών, τράπεζες εσωτερικού, αναλυτικό ημερολόγιο εισπράξεων, βιβλίο διαφόρων πράξεων, ΔΕΗ-Π.Α.Π., δελτία τύπου, απεργίες, ΜΕΤΡΟ Αθήνας, εφημερίδες, περιοδικά, συμβάσεις, Siemens-MAN, TELEX, πρακτικά παράδοσης, άδειες λεωφορείων.