Με την Υ.Α. 704/1988 (Τεύχος Β΄ ΦΕΚ 575/19-08-1988) γίνεται η μετονομασία του Υπουργείου Βόρειας Ελλάδας σε Υπουργείο Μακεδονίας – Θράκης, χωρίς καμία αλλαγή στο σκοπό και τη διάρθρωσή του.

Με το Π.Δ. 492/1988 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 224/05-10-1988) τροποποιείται και συμπληρώνεται το Π.Δ. 92/1987 συστήνοντας το Αυτοτελές Τμήμα Προστασίας Περιβάλλοντος και καθορίζοντας τις αρμοδιότητές του.

Με το Ν. 1893/1990 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 106/16-08-1990) συστήνεται στο Υπουργείο Μακεδονίας – Θράκης Γενική Γραμματεία Παλιννοστούντων ομογενών, ως ιδιαίτερη οργανική μονάδα του Υπουργείου.

Με το Π.Δ. 331/2001 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 221/08-10-2001) συστήνεται ο δεύτερος Οργανισμός του Υπουργείου Μακεδονίας – Θράκης, ενώ οι αρμοδιότητες του παραμένουν οι ίδιες.

Με το Ν. 3074/2002 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 296/04-12-2002, άρθρο 12) καταργείται η Γενική Γραμματεία Παλιννοστούντων.

Με το Π.Δ. 167 /2005 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 220/02-9-2005) συστήνεται ο τρίτος Οργανισμός του Υπουργείου Μακεδονίας –Θράκης.

Με το Ν. 3489/2006 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 205/02-10-2006 άρθρο 18) συστήνεται στο Υπουργείο Μακεδονίας – Θράκης Διεύθυνση Προστασίας και Ανάπτυξης του Θερμαϊκού Κόλπου, η οποία υπάγεται απευθείας στον οικείο Υπουργό. Οι αρμοδιότητες της Διεύθυνσης περιγράφονται στο ίδιο άρθρο.

Με το Ν. 3489/2006 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 205/2-10-2006 άρθρο 3) συστήνεται η Ζώνη Καινοτομίας Θεσσαλονίκης. Η εταιρεία εποπτεύεται από τους Υπουργούς Ανάπτυξης και Μακεδονίας Θράκης.

Με την Κ.Υ.Α 301/2007 (Τεύχος Β΄ ΦΕΚ 80/29-01-2007) συγκροτείται ενιαίος Διοικητικός Τομέας με τίτλο «Ειδική Γραμματεία Οικονομίας και Τουριστικής Ανάπτυξης-Περιβάλλοντος και Υποδομών» και συστήνεται θέση μετακλητού Ειδικού Γραμματέα στο Υπουργείο Μακεδονίας – Θράκης.

Με το Π.Δ. 138/2008 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 192/25-09-2008) τροποποιείται το Π.Δ. 167/2005 «Οργανισμός του Υπουργείου Μακεδονίας – Θράκης» και συστήνεται Διεύθυνση Τεχνικών Υπηρεσιών. Στο Π.Δ. 138/2008 περιγράφεται η συγκρότηση και οι αρμοδιότητες της Διεύθυνσης.

Με την ΚΥΑ 9312/1990 (Τεύχος Β΄ ΦΕΚ 1860/03-09-2009) καταργείται ο ενιαίος Διοικητικός Τομέας και η θέση Ειδικού Γραμματέα στο Υπουργείο Μακεδονίας –Θράκης.

Με το Π.Δ. 185/2009 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 213/07-10-2009, άρθρο 3) το Υπουργείο Μακεδονίας – Θράκης μετατρέπεται σε Γενική Γραμματεία Μακεδονίας-Θράκης και μεταφέρεται ως σύνολο αρμοδιοτήτων, υπηρεσιών, θέσεων και προσωπικού στο Υπουργείο Εσωτερικών, με τις ίδιες αρμοδιότητες.

Με το Π.Δ. 96/2010 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 170/28-09-2010) η Γενική Γραμματεία Μακεδονίας-Θράκης ως σύνολο αρμοδιοτήτων, θέσεων και προσωπικού μεταφέρεται στο Υπουργείο Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας.

Με το Π.Δ. 85/2012 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 141/21-06-2012 άρθρο 7) επανιδρύεται το Υπουργείο Μακεδονίας και Θράκης, με το σύνολο των υπηρεσιών, αρμοδιοτήτων, οργάνων, θέσεων και προσωπικού που είχε η Γενική Γραμματεία Μακεδονίας-Θράκης. Η Επιχειρησιακή Μονάδα Ανάπτυξης με έδρα τη Θεσσαλονίκη καταργείται και οι αρμοδιότητές της μεταφέρονται στη Διεύθυνση Οικονομίας και Τουριστικής Ανάπτυξης του Υπουργείου Μακεδονίας και Θράκης.

Με την ΚΥΑ 1459/110 (Τεύχος Β΄ ΦΕΚ 308/15-02-2013) ανατίθεται στο Υπουργείο Μακεδονίας και Θράκης τμήμα της αρμοδιότητας ελέγχου και εποπτείας της αγοράς και άσκηση των σχετικών διαδικασιών ελέγχου, σύμφωνα με τις διατάξεις των άρθρων 22 και 23 του Ν. 4072/2012 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 86/11-03-2012). Η αρμοδιότητα ασκείται εντός του χώρου ευθύνης του ΥΜΑΘ, ήτοι στη Μακεδονία και Θράκη.

Με το Π.Δ. 108/2014 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 175/28-08-2014) συστήνεται ο τέταρτος Οργανισμός του Υπουργείου Μακεδονίας και Θράκης.

Με το Π.Δ. 24/2015 (Τεύχος Α΄ ΦΕΚ 20/27-1-2015, άρθρο 1) συστήνεται το Υπουργείο Εσωτερικών και Διοικητικής Ανασυγκρότησης και στις Υπηρεσίες του συγχωνεύεται το πρώην Υπουργείο Μακεδονίας και Θράκης.