Βιβλία: Γραφείο Προσωπικού (Ημερήσια αναφορά πληρώματος), Τετράδια: Γραφείο Προσωπικού (Άδειες προσωπικού), Φάκελοι: Γραφείο προσωπικού (Ατομικοί φάκελοι, Πρωτόκολλα παράδοσης-παραλαβής καθηκόντων, Γενική Επιθεώρηση – Φάκελος Επιθεωρήσεων Λιμενικών Σταθμών, Φάκελος Μονίμων Διαταγών – Επιθεώρηση Λ/Σ – Υ/Λ [4580.5]), Γραφείο Νηολογίων (Τμήμα Ναυτιλιακής Πολιτικής, Επιθεώρηση Νηολογίου από Εισαγγελική Αρχή, Χορήγηση Διεθνών Διακρατικών Σημάτων, Μεταβολές – Υποθηκολόγια, Εποπτεία Ναυτικού Επιμελητηρίου), Γραφείο Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας – Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων (ΒΝΓ κοινή αλληλογραφία ναυπηγικών θεμάτων πλοίων, Μηνιαία στατιστικά δελτία ναυτιλιακής κίνησης).

Φάκελοι: Ατομικοί φάκελοι απερχόμενου προσωπικού, Φάκελος ημερήσιων διαταγών γραφείου επιστασίας, Φάκελος Υ/Ξ και Λ/Φ κοινό αρχείο αριθ. Πρωτ. 1120, Ημερήσια αναφορά πληρώματος), Βιβλία: Ημερήσιες διαταγές Λιμενάρχη Σκιάθου, Γραφείο Γραμματείας: Βιβλία Πρωτοκόλλου εισερχόμενων σημάτων, Βιβλία Πρωτοκόλλου εισερχόμενων εγγράφων, Γραφείο Π.Ο.Ν (Παράρτημα Οίκου Ναύτου): Βιβλίο Εισερχόμενων – Εξερχόμενων σημάτων.

Φάκελοι: Γραφείο Επιστασίας – Προσωπικού (Ανάγκες Λ.Α. σε μέσα – εξοπλισμό – προσωπικό, Τμήμα βασικής εκπαίδευσης, Απλούστευση διαδικασιών, Επεξεργασία – προώθηση νομοθετικών ρυθμίσεων, Τμήμα νομοπαρασκευαστικής εργασίας – Διάφορα Θέματα, Ποινικές υποθέσεις προσωπικού, Κατάρτιση μητρώου εκπαιδευτών Λ.Σ, Διάφορα θέματα- ΑΜΕΑ, Προγράμματα μετεκπαίδευσης – επιμόρφωσης προσωπικού Λ.Σ, Επικοινωνία με πολίτες- ΚΕΠ, Αλληλογραφία με φορείς Δημοσίου, Μετεκπαίδευση – επιμόρφωση προσωπικού Λ.Σ.), Γραφείο Οικονομικού Ελέγχου (Προϋπολογισμοί ετών), Γραφείο Ασφάλειας Ναυσιπλοϊας (Σήματα σχετικά με καταζητούμενα πλοία, Συλλογή στοιχείων- Πληροφοριών για υφιστάμενους θαλάσσιους κινδύνους, Συμμόρφωση πλοίων στον διεθνή κανονισμό αποφυγής συγκρούσεων, Έρευνα και διάσωση θαλάσσιας περιοχής ευθύνης Ελλάδας, Οδηγίες για ασφάλεια Ναυσιπλοΐας, Παρακολούθηση θεμάτων σχετικά με την υπηρεσία Φάρων), Γραφείο Επιτελικού (Εκθέσεις επιθεωρήσεων Λιμενικών Αρχών υπαγωγής Υ/Χ Σκοπέλου, Αποσπασμένοι 2009, Διάφορα έγγραφα).

Φάκελοι: Γραφεό Επιστασίας (Ατομικοί Φάκελοι), Γραφείο Λιμενικής Αστυνομίας (Απόβλητα πλοίων, Παράρτημα 2).

Βιβλία: Γραφείο Προσωπικού (Νυχτερινής απασχόλησης προσωπικού, Ημερήσιας αναφοράς πληρώματος), Φάκελοι: Γραφείο Προσωπικού (Ατομικοί φάκελοι απερχόμενου προσωπικού, Ναυλοσύμφωνα Ε/Γ – Τ/Ρ σκαφών Ν. 2743).