Το αρχείο συγκροτείται από φακέλους αλληλογραφίας του Λιμεναρχείου με την Αστυνομία και τον Οίκο Ναύτου, σχετικά με: ναυάγια, αλιεία, γυμνιστές, ρύπανση, εορτασμούς, απογραφή ναυτικών, ακτοπλοϊκές συγκοινωνίες, έκδοση αδειών τραπεζοκαθισμάτων και εκπαίδευση προσωπικού Λιμεναρχείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί τηρήσεως κανονισμών Ευρωπαϊκής Ένωσης, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας
Β. Στοιχεία αλιείας: ονομαστικές καταστάσεις αλιεργατών, καταστάσεις αλιευτικών σκαφών, έγγραφα περί αδειών αλιείας, ιχθυοκαλλιέργειας και Συλλόγων Αλιέων
Γ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: στατιστικά στοιχεία μικρών σκαφών, έγγραφα περί απόπλου πλοίων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: προκηρύξεις πρόσληψης, πίνακες υπηρεσιών προσωπικού Λιμεναρχείου, έγγραφα περί υπαλληλικών και συνδικαλιστικών θεμάτων
Β. Στοιχεία Πλοίων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων
Γ. Αφίσες: περί καθαριότητας των παραλιών, ληπτέων μέτρων υγιεινής για την προστασία από κορονοϊούς και τον ιό Ebola
Δ. Στοιχεία ναυτικών: καταστάσεις ναυτικών προσφερόμενων για ναυτολόγηση, δελτία απογραφής ναυτικών, αιτήσεις και δικαιολογητικά έκδοσης ναυτικών φυλλαδίων, έγγραφα περί ναυτικής ικανότητας
Ε. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις - υπεύθυνες δηλώσεις ανανεώσεων ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία, ερυθρού τόνου και μεγάλων πελαγικών ψαριών
ΣΤ. Αλληλογραφία: έγγραφα περί προστασίας της θαλάσσιας χελώνας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία αλιείας: έγγραφα περί αλιείας λαγοκέφαλου και οστρακοειδών, άδειες αλιείας, έγγραφα παραβάσεων κανονισμών αλιείας, μηνιαία δικαιολογητικά συστήματος αλιείας, εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης, ημερολόγια αλιείας
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα περί προστασίας μεσογειακής φώκιας, θαλάσσιας χελώνας και δορυφορικών συστημάτων παρακολούθησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γραφείο Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί εορτασμού παγκόσμιας ημέρας περιβάλλοντος, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας και των κητοειδών, δορυφορικών συσκευών καταγραφής στιγμάτων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού, δικαιολογητικά υγειονομικής περίθαλψης
Γ. Στοιχεία αλιείας - Γραφείο Αλιείας: έγγραφα εργαστηριακών εξετάσεων ψαριών, έγγραφα περί αλιευτικών συλλόγων
Δ. Δικαστικά Στοιχεία - Γραφείο Ανάκρισης: πίνακες υπηρεσιών των εισαγγελικών λειτουργών, πίνακες πραγματογνωμόνων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: πίνακες, δελτία συμβάντων, έγγραφα περί ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη, θαλάσσια μέσα αναψυχής, λουτρικές εγκαταστάσεις και αιγιαλούς, έγγραφα περί αγορανομικών ελέγχων, τήρησης κανόνων καπνίσματος, κυκλοφορίας οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, παραβάσεων κώδικα οδικής κυκλοφορίας, μεταφορέων Ευρωπαϊκής Κοινότητας
ΣΤ. Στοιχεία Πλοίων - Γραφείο κατάπλου – απόπλου πλοίων : δελτία κατάπλου κρουαζιερόπλοιων
Ζ. Στοιχεία Ναυτικών: δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκθαλάσσωσης θαλασσίων χελωνών
Β. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις για έκδοση και ανανέωση αδειών αλιείας καθώς και απόπλου για αλιεία στα διεθνή ύδατα, έγγραφα επιτροπής ελέγχων ιχθυοπαγίδων, στατιστικά στοιχεία σπογγαλιείας, έγγραφα περί χορήγησης αδειών οστρακοκαλλιέργειας και αλιείας δολωμάτων, έγγραφα αλιευτικών ελέγχων εν όψει τριημέρου Καθαράς Δευτέρας και περιόδου Σαρακοστής
Γ. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί μετεγγραφών σκαφών, κατάπλου κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών.