Το αρχείο Σπ. Μαρινάτου αποτελείται από περίπου 500 επιστολές Ελλήνων και ξένων που χρονολογούνται στο διάστημα 1929-1940. Ξεχωριστή θεματικά ενότητα αποτελούν οι επιστολές που σχετίζονται με το ταξίδι του ΣΜ στην Αμερική προσκεκλημένος του The Archaeological Institute of America. Επίσης ξεχωριστή ενότητα αποτελεί η μικρή συλλογή Στ. Ξανθουδίδη που αποτελείται από επιστολές του ΣΜ προς τον προκάτοχό του διευθυντή του Μουσείου Ηρακλείου και άλλα έγγραφα (1898-1928). Στους αλληλογράφους του ΣΜ περιλαμβάνονται γνωστοί Έλληνες και ξένοι αρχαιολόγοι όπως οι Γ. Μυλωνάς, Κ. Ρωμαίος, Γ. Μηλιάδης, Georg Karo και W. Doerpfeld, πολιτικοί όπως ο Ι. Μεταξάς, τοπικοί παράγοντες, πολίτες και ομογενείς.