Η Συλλογή Γιάννη Βλαχογιάννη περιέχει έξι καταλόγους και ένα Παράρτημα:
-Κατάλογος Α' (Αρχείον Αγώνος, Αρχείον Καποδιστριακής περιόδου, Αρχείον περιόδου Όθωνος, Αρχείον περιόδου Γεωργίου Α', Ιδιωτικαί Συλλογαί)
-Κατάλογος Β' (Χειρόγραφα ιατρικά, νομικά, λαογραφικά - μουσικά, γλωσσικά - φιλολογικά, καλλιτεχνικά, θρησκευτικά, εμπορικά, γεωγραφικά - ιστορικά, ημερολόγια επαναστάσεως και χειρόγραφα χρόνων Ιερού Αγώνος, Καποδίστρια, Όθωνος και μεταγενέστερα)
-Κατάλογος Γ' (Φάκελοι εγγράφων και υλικού)
-Κατάλογος Δ' (Κυτία με υλικό μελετών)
-Κατάλογος Ε' (Κυτία με βιβλιογραφικά δελτία και σημειώσεις)
-Κατάλογος ΣΤ' ("Αρχεία" Καραϊσκάκη και Οδυσσέως Ανδρούτσου)
-Παράρτημα Συλλογής Βλαχογιάννη (πρώην "Ακατάτακτα Βλαχογιάννη")

Αρχείο της E. Levantis "Affaires Maritimes": εμπορική αλληλογραφία του οίκου της Κωνσταντινούπολης με εμπορικούς οίκους και ιδιώτες (O. Giraud, E. E. Καμμένος, G. Bretault, Le Phenix-Compagnie Francaise d' Assurances sur la vie, κ.ά.)

Φάκελος του δικηγόρου Χαρ. Κ. Βοζίκη που περιέχει εμπορική αλληλογραφία του Αυγερινού Αβέρωφ με παραλήπτες στην Αλεξάνδρεια και τον οίκο Γ. Σκουζέ.

Τετράδιο που περιέχει σε αντίγραφα έγγραφα οικονομικού περιεχομένου (Τετράδιο Θ. Παξημάδη)

Αλληλογραφία του Γεωργίου Φωτιάδη (πολίτης της ΕΣΣΔ) με Λουδοβίκο και Αλέκο Φωτιάδη, με τον διαχειριστή του τσιφλικιού του Φωτιάδη στη Σμύρνη, με Τούρκους δικηγόρους σε Σμύρνη και Κωνσταντινούπολη σχετικά με τη διαχείριση και πώληση του τσιφλικιού μετά το 1922. Αλληλογραφία του Φωτιάδη με Τουρκοκρητικό από Ιεράπετρα σχετικά με ζητήματα κτηματικής περιουσίας, επιστολή του Φωτιάδη στο Πολιτικό Γραφείο Πρωθυπουργού το 1943 με την οποία διαμαρτύρεται για την απαλλοτρίωση του τσιφλικιού του από τις τουρκικές αρχές, συμβόλαια, συμφωνητικά, τίτλοι ιδιοκτησίας και άλλα δικαιολογητικά για την υπόθεση του τσιφλικιού. Αλληλογραφία της οικογένειας Φωτιάδη, αναμνηστικές και οικογενειακές φωτογραφίες, έγγραφο απονομής σύνταξης στον αντιστράτηγο Κωνσταντίνο Ηλία Δροσόπουλο, δύο εικόνες του Χάρι Τρούμαν, αφισέτες με άποψη της Φρανκφούρτης και του Αμβούργου και πορτραίτο (εβδομαδιαία φωτογραφία) γυναίκας χωρίς στοιχεία, έντυπο Καταστατικό Συνδέσμου Φορολογούμενων Ελλήνων Πολιτών.

Έγγραφα σχετικά με τις δραστηριότητες της εταιρίας των αδελφών Στίκα στην Πάτρα, κυρίως, την περίοδο της Γερμανικής Κατοχής και σχετικά με τη μεταπολεμική νομική διαδικασία κατά της εταιρίας για παράνομο πλουτισμό.
Αρχιτεκτονικά σχέδια, φωτογραφίες και μελέτες ναών, οικιών και οικοδομών, αποτυπώσεις μνημείων και τοπογραφικά, υδατογραφίες, σχέδια αμβώνων, δαπέδων, στασιδίων, γλυπτών κ.ά. που εκπόνησαν, κυρίως, ο Ευστάθιος Στίκας και ο Αναστάσιος Ορλάνδος και προέρχονται από τη Διεύθυνση Αναστήλωσης και Εκκλησιαστικής Αρχιτεκτονικής του Υπουργείου Παιδείας στην οποία Στίκας και Ορλάνδος υπηρέτησαν ως διευθυντές.

1. Εμπορική αλληλογραφία της οικογένειας Παναγιώτη Ματσούκη από Λακύθρα Κεφαλονίας (1910-1942) και δύο φωτογραφίες του από το Παρίσι.
2. Αρχείο του Συνδέσμου των εν Καΐρω Σαμίων (19101-1920).
3. Πρωτόκολλο εισερχόμενων - εξερχόμενων της Ένωσης Ανδρίων (1924-1926).
4. Καταστατικό, έγγραφα και έντυπα της Ένωσης Τηνίων εν Αθήναις (1925-1941).