Το αρχείο του Φ.Δ. xαρακτηρίζεται από μία πλούσια μακεδονική θεματολογία σε πολιτικό, τοπικό κυρίως επίπεδο (τοπική πολιτική ιστορία Δυτικής Μακεδονίας) και σε εθνικό (εθνικές διεκδικήσεις). Χαρακτηρίζεται επίσης από μία τάξη και εσωτερική διάρθρωση που συμβαδίζει με την “πολιτική αταξία” της εποχής που έζησε. Παράλληλα, είναι φανερό ότι το αρχείο τηρήθηκε από τον δημιουργό του, με ιδιαίτερη φροντίδα και έγνοια να διασωθεί η παραμικρή λεπτομέρεια και να καταγραφεί κάθε ενέργεια.

Στο αρχείο υπάρχουν τα χειρόγραφα σχέδια απαντητικών επιστολών καθώς και η τελική δακτυλογραφημένη μορφή τους, σχεδόν για κάθε επιστολή που ελάμβανε. Ετσι ο αναγνώστης έχει πλήρη εικόνα των θέσεων και απόψεων του αποστολέα αλλά και του παραλήπτη. Υπάρχουν επίσης όλες οι μορφές των κειμένων του, από την πρώτη γραφή μέχρι την τελική, όπου παρεμβάλλονται διορθώσεις (ουσιαστικές και μη), προσθαφαιρέσεις κ.λ.π. Είναι ιδιαίτερα ενδιαφέρουσα η παρακολούθηση της εξέλιξης ενός κειμένου για τη μελέτη της προσωπικότητας του δημιουργού του. ΄Ενα άλλο χαρακτηριστικό του αρχείου ήταν τα πολλαπλά δακτυλογραφημένα αντίγραφα (5-10 για πολλά έγγραφα) και τα πολλαπλά αποκόμματα εφημερίδων.

Το αρχείο του Φ.Δ. αναφέρεται κυρίως στην περίοδο του Μεσοπολέμου και στον Εμφύλιο, που είναι από τις πλέον περίπλοκες και συγκεχυμένες περιόδους της νεοελληνικής ιστορίας. Η μεταφορική “αταξία” του αρχείου, συνίσταται σε μια συνεχή, διάχυτη αίσθηση και εντύπωση, ότι σχεδόν όλα τα θέματα, της πρώτης κυρίως ενότητας, είναι αλληλένδετα και συναντιώνται σε όλους τους φακέλους, και αυτό γιατί τα περιεχόμενα των φακέλων επικαλύπτονται ή έχουν εκ των πραγμάτων θεματική συνάφεια και συνέχεια. Η αποτύπωση της ιστορικής περιόδου άφησε τα ίχνη της στη διάρθρωση του αρχείου στο οποίο απεικονίζονται η προσωπική δράση και τα ενδιαφέροντα του δημιουργού του.

Ο κύριος όγκος του αρχείου, είναι επικεντρωμένος στα εθνικά και πολιτικά θέματα της Μακεδονίας και κυρίως, της Δυτικής. Αλλά τα εθνικά θέματα που αντιμετωπίζει η χώρα είναι αναγκαστικά και πολιτικά, ενώ τα πολιτικά συνίστανται σε κομματικά, βουλευτικά, εκλογικά, οικονομικά, εκπαιδευτικά και κυβερνητικά θέματα. Είναι προφανές ότι η αλληλεπίδραση και η αλληλεξάρτηση όλων των παραπάνω θεμάτων και των ανθρώπων που εμπλέκονται δημιουργούν ένα σύμπλεγμα διαλεκτικών σχέσεων, με ιστορική διάρκεια μέσα στο χρόνο.

Το αρχείο του Στέφανου Μακρυμίχαλου περιλαμβάνει υλικό που αφορά τις ιστοριοδιφικές του έρευνες και λευκώματα αποκομμάτων και δημοσιευμάτων του. Περιλαμβάνει αντίγραφα από τα αρχεία της οικογένειας Γρυπάρη, του αρχείου Μυκόνου (από τα Γενικά Αρχεία του Κράτους), αρχείο Σκυλίσση, κείμενα διαφορόρων άρθρων του Μακρυμίχαλου και του υλικού τεκμηρίωσής τους που αφορούν τις μελέτες του Μακρυμίχαλου

• Άρθρο σχετικά με το υπόμνημα του Γ. Γρυπάρη και Σολωμού "περί ερημονήσων" στην Εθνοσυνέλευση του 1864. Περιέχεται υλικό που αφορά τη συγγραφή του άρθρου: βιογραφικά σημειώματα, γενεαλογικά της οικογένειας Γρυπάρη, το κείμενο της μελέτης του Μακρυμίχαλου, αντίγραφο του υπομνήματος κ.λπ.).

Αρχείο Γεωργίου Γρυπάρη

Αντίγραφα των εγγράφων του αρχείου Γεωργίου Γρυπάρη, ανώτατου δικαστικού και πληρεξουσίου Μυκόνου στην Εθνοσυνέλευση του 1864 που μαζί με τον Μ. Σολωμό είχαν υποβάλει υπόμνημα «περί των εις την Μύκονον ανηκουσών ερημονήσων». Το υλικό του αρχείου του Γ. Γρυπάρη περιλαμβάνει έγγραφα που αφορούν τον ίδιο και την οικογένεια Γρυπάρη: οικονομικά αλληλογραφία (οικογενειακή και κοινοποιήσεις διορισμών του Γεωργίου κ.λπ.1689-1889) . Τα έγγραφα του αρχείου παραχωρήθηκαν στον Μακρυμίχαλο από την την Καίτη Σακελλαροπούλου, απόγονο της οικογένειας Γρυπάρη (ο Γεώργιος ήταν προπάππους της). Η οικογένεια Γρυπάρη υπήρξε από τις πιο ισχυρές της Μυκόνου (ο Θεόδωρος Γρυπάρης διετέλεσε δήμαρχος Μυκόνου (1891-1895, 1903-1907)

Αρχείο Μυκόνου (ο τίτλος είναι αποδιδόμενος)