Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, βιβλία εισερχομένων και εξερχομένων σημάτων, έγγραφα περί προστασίας θαλάσσιων χελωνών
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία απόπλου και κατάπλου πλοίων και σκαφών, βιβλία ημερήσιων αναφορών πληρωμάτων, βιβλία και ημερολόγια συμβάντων, βιβλία μεταβολών πληρωμάτων, μητρώα ναυτικών γραφείων και πρακτορείων
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: εκθέσεις βεβαίωσης παραβάσεων, βιβλία τιμωρηθέντων ναυτικών
Δ. Οικονομικά στοιχεία: βιβλία εισπράξεως Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), βιβλία ταμείου και εισπράξεως Λιμενικής Αρχής, μπλοκ αποδεικτικών είσπραξης, βιβλία δικαιολόγησης πενθημέρων.