Το αρχείο αποτελείται από δεκατρείς (13) φακέλους και το αρχειακό υλικό καλύπτει κυρίως την περίοδο 1883-1933. Περιλαμβάνει την προσωπική αλληλογραφία του με έλληνες και ξένους επιστολογράφους καθώς και την οικογενειακή (φάκελοι 1-7). Να σημειώσουμε εδώ ότι στην αλληλογραφία με ξένους επιστολογράφους στην αλφαβητική εγγραφή Serbie (Σερβική αυλή και κυβέρνηση, 1917-1920) έχουν ενταχθεί προσκλήσεις, ευχαριστήριες επιστολές και σημειώματα για επίσημες συναντήσεις που προέρχονται από τον βασιλιά Αλέξανδρο, το Αυλαρχείο, και μέλη της σερβικής κυβέρνησης την εποχή που ο Κουντουριώτης ήταν πρεσβευτής. Το αρχείο περιλαμβάνει επίσης τραπεζικά και οικονομικά έγγραφα και λογαριασμούς που αφορούν τις δραστηριότητές του ως προέδρου του Διοικητικού Συμβουλίου της Τράπεζας Αθηνών καθώς και τις προσωπικές του οικονομικές επενδύσεις (φάκελοι 8-9), υλικό σχετικό με τις Εταιρείες στις οποίες συμμετείχε ως μέλος των Διοικητικών Συμβουλίων τους (φάκελος 10), πολιτικά χειρόγραφα και άρθρα του ιδίου (φάκελος 11) και τέλος προσωπικά και οικογενειακά έγγραφα που αφορούν τον ίδιο, τη σύζυγό του και την κόρη του Μαρία Γεωργαντά (φάκελοι 12-13).

Η αλληλογραφία του αρχείου παρουσιάζει ενδιαφέρον στο μέτρο που, συμπεριλαμβάνοντας ένα πλήθος επωνύμων επιστολογράφων κυρίως από το χώρο των βενιζελικών υπουργών, πολιτικών και στρατιωτικών της εποχής καθώς και των οικονομικών και τραπεζικών παραγόντων, αποτελεί μία πλούσια συλλογή αυτογράφων. Συμπεριλαμβάνονται και πολλά άλλα ονόματα που αποδεικνύουν το πλέγμα των κοινωνικών διασυνδέσεων και υποχρεώσεων που διαμορφώνονται γύρω από ένα πρόσωπο με γνωστό όνομα, όπως αυτό του Κουντουριώτη. Το σύνολο της αλληλογραφίας είναι άνισου ενδιαφέροντος και δεν αξιολογείται ως σημαντικό αφού συνήθως δεν αναφέρεται στις απόψεις των επιστολογράφων για συγκεκριμένα πολιτικά και οικονομικά ζητήματα, αλλά μάλλον σε αποσπασματικές πληροφορίες και γεγονότα. Στην πλειοψηφία της η αλληλογραφία αφορά μεσολαβήσεις και προσωπικές εξυπηρετήσεις τρίτων, ενώ υπάρχουν ορισμένες εξαιρέσεις επιστολογράφων που εκφράζουν ουσιαστικές απόψεις. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα τραπεζικά και χρηματιστηριακά θέματα και κυρίως ορισμένα ζητήματα και συναλλαγές της Τράπεζας Αθηνών που φαίνεται να διεκπεραιώνει ο Ι.Κουντουριώτης, χωρίς όμως να είναι πάντοτε σαφές αν τα χειρίζεται για λογαριασμό της Τράπεζας, της οποίας ήταν πρόεδρος του Δ.Σ., ή του ιδίου. Τα νεανικά του χειρόγραφα και τα προσωπικά οικονομικά κατάστιχα του Κουντουριώτη αποτελούν μαρτυρίες για την προσωπικότητα και την ιδιοσυγκρασία του, με την έννοια ότι αφήνουν να διαγραφεί ένας άνθρωπος επιμελής, συστηματικός και με χιούμορ. Τα ελάχιστα πολιτικά χειρόγραφα και τα δημοσιευμένα άρθρα που διασώζονται στο αρχείο περιορίζονται σε θέματα ελάσσονος σπουδαιότητας όπως ενδεχομένως και η πολιτική του δραστηριότητα η οποία υστερούσε της οικονομικής του εμβέλειας και των ικανοτήτων του. Ενδιαφέροντα και μάλλον σπάνια τεκμήρια για την αρβανίτικη καταγωγή και τις απόψεις του Κουντουριώτη για το Αλβανικό ζήτημα παρουσιάζουν οι επιστολές του Ι.Ν.Μπόταση και το φύλλο της εφημερίδας Αστήρ.

Το αίσθημα που αποκομίζει κανείς από το σωζόμενο υλικό του αρχείου Ι.Κουντουριώτη είναι μία “κοινωνική γνωριμία” με μία τραπεζική προσωπικότητα μεγάλης οικονομικής επιφάνειας που έφερε το όνομα των Κουντουριωτών και ήταν αδελφός του ναυάρχου και πρώτου προέδρου της Ελληνικής Δημοκρατίας, Παύλου Κουντουριώτη.