Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα κοινών εισερχομένων εγγράφων και εισερχομένων σημάτων, βιβλία ταχυδρομικής υπηρεσίας Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας, υποβολές εντύπων επιθεώρησης υλικών και μέσων απορρύπανσης, έγγραφα περί μεταφοράς νεκρών, εξαφάνισης ανηλίκων, ναυτικών ατυχημάτων και ελέγχων αλκοτέστ
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί των δρομολογίων των πλοίων «Ελαφόνησος», «Πορφυρούσα», «Αγιαννάκης» και «Κάτω Νησί», πίνακες εκδοθέντων εισιτηρίων επιβατών ανά λιμένα, έγγραφα περί διακίνησης επιβατών την Καθαρά Δευτέρα, πίνακες καταχώρισης λέμβων, στατιστικά στοιχεία ναυτιλιακής κίνησης, βιβλία διαίρεσης φυλάκων πληρώματος
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλία αδειών προσωπικού, έγγραφα περί του υπηρετούντος προσωπικού στους Λιμενικούς Σταθμούς Μονεμβασίας και Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Ελέγχων - Απολογισμοί: έγγραφα περί ετησίου ελέγχου συμμόρφωσης υπόχρεων λιμενικών εγκαταστάσεων, απολογισμού προστασίας της θάλασσας, ελέγχου φορτηγών οχημάτων, εξαμηνιαία δελτία δραστηριότητας λιμενικής αρχής
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: πίνακες προστίμων, έγγραφα περί εφαρμογής νόμων και κοινών υπουργικών αποφάσεων.

Φάκελοι με έγγραφα που αφορούν αποστολή αποδεικτικών, επιβολή προστίμων, αποστολή κλήσεων

Άδειες αλιείας, δηλώσεις απωλειών, παράνομες πράξεις αλιείας, ανακοινώσεις προαγωγών, χορηγήσεις Ψ.Π., αναζητήσεις σκαφών, μέτρα ασφαλείας, απογραφόμενοι ναυτικοί προσφερόμενοι για ναυτολόγηση, χορηγήσεις βεβαιώσεων Θ.Υ., αιτήσεις για έκδοση άδειων οδήγησης ταχύπλοου σκάφους κ.τ.ό.

Φάκελος ναυτολογίας

Χορηγήσεις βεβαιώσεων, κυρώσεις συντάξεων, χορηγήσεις ελευθεροπλοΐας, αιτήσεις, παροχή στοιχείων

Φάκελοι με έγγραφα που αφορούν υπηρεσιακή δραστηριότητα (άδειες, δηλώσεις περιουσιακής κατάστασης, βεβαιώσεις, κλήσεις, δελτία υπηρεσιακής ταυτότητας κ.τ.ό.)

Άδειες μεταφοράς νεκρών με πλοίο, διάφορες εκδηλώσεις, εορτασμοί, σημαιοστολισμοί, αθλητικοί αγώνες, μετακινήσεις, υποβολή δημοσιευμάτων σε εφημερίδες, συνέδρια και συνελεύσεις

Έγγραφα σχετικά με τις περιοδικές εκκαθαρίσεις του αρχείου της παραγωγού υπηρεσίας

Δελτία ναυτολογικής και εμπορευματικής κίνησης, στατιστικά στοιχεία

Προσέγγιση κρουαζιερόπλοιων έτους, βουλευτικές εκλογές, χειμερινή- θερινή στολή, ημερίδα Σχολής Εθνικής Άμυνας/ΓΕΕΘΑ, απεργία- λήξη απεργίας Πανελλήνιας Ναυτικής Ομοσπονδίας, εορτασμός Παγκόσμιας Ημέρας Ναυτιλίας, επιβατική κίνηση, σχεδιασμός και δράσεις Πολιτικής Προστασίας, έλεγχοι γενικής αστυνόμευσης και Αστυνομίας Τροχαίας, ανάκριση, καταγγελίες- διερευνήσεις-έλεγχοι

Τέλη φορολογικά, αιτήσεις, εγκύκλιοι, εισπράξεις υπέρ Λιμενικού Ταμείου Ηγουμενίτσας, αποστολές ναυτικών φυλλαδίων, απογραφή ναυτικών, ναυτολόγια

Έκτακτες επιθεωρήσεις

Βεβαιώσεις, έλεγχοι, πρόστιμα

Δελτία εμπορευματικής κίνησης, μπλοκάκια είσπραξης, ημερολόγια συμβάντων, αιτήσεις για άδεια αλιείας

Φάκελος συμβάντων

Έγγραφα σχετικά με τις αυτοδιοικητικές και περιφερειακές εκλογές του έτους 2010

Βιβλίο ημερήσιων διαταγών, φάκελος με διάφορα έγγραφα

Βουλευτικές εκλογές, δημοσιεύματα τοπικού τύπου, έκθεση γενικής τακτικής επιθεώρησης Λιμενικής Αρχής Ηγουμενίτσας (Εμπιστευτικό), δελτία δραστηριότητας Λιμενικών Αρχών 3ης Περιφερειακήσ Διοίκησης Λιμενικού Σώματος - Ελληνικής Ακτοφυλακής και Λιμενικών Αρχών Υπαγωγής (περιέχει εμπιστευτική αλληλογραφία), αναφορές προβλημάτων σε λιμένα Κέρκυρας και Λιμενικών Αρχών Υπαγωγής

Εκθέσεις γενικής επιθεώρησης και εσωτερικού ελέγχου Λιμεναρχείου (Λ/Χ) Πρέβεζας και Κεντρικού Λιμεναρχείου (Κ/Λ) Ηγουμενίτσας

Έγγραφα σχετικά με την προστασία του θαλασσίου περιβάλλοντος

Φάκελοι με έγγραφα που αφορούν υποβολή αποδεικτικών, έγκριση-μετακίνηση οδοιπορικών, αποστολή κλήσεων, υποβολή αιτήσεων, εκδόσεις δελτίων ταυτότητας

Καταστάσεις υπηρεσιών εποπτών, έντυπα σήματα, εγκρίσεις, μπλοκ, πίνακες θαλάσσιας υπηρεσίας, δελτία αδειών

Έγγραφα που αφορούν αστυνομικούς και αγορανομικούς ελέγχους, FRONTEX, διάφορα συμβάντα

Προσέγγιση κρουαζιερόπλοιων, απεργίες κατώτερων πληρωμάτων

Προσεγγίσεις κρουαζιερόπλοιων, στατιστικά στοιχεία, εξαμηνιαίες εκθέσεις