Το Αρχείο Γεωργίου Ν. Παπαϊωάννου αρθρώνεται σε οκτώ θεματικές ενότητες:

1. Εθνική Αντίσταση: ΕΔΕΣ-γενικά, Αλληλογραφία, Επιτροπή πόλεως Αθηνών (αλληλογραφία), Εκθέσεις για την δράση οργανώσεων του ΕΔΕΣ, Φωτογραφίες 1943-1944, Άλλες αντιστασιακές οργανώσεις
2. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Νομοθετικό πλαίσιο, Η συμβολή του Γ.Ν.Π. στην αναγνώριση της Εθνικής Αντίστασης, Αναγνώριση πολεμικής δράσης του Γ.Ν.Π., Ονομαστικές καταστάσεις αγωνιστών, Βεβαιώσεις-αιτήσεις αγωνιστών, Εκθέσεις δράσεως αγωνιστών
3. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος, Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης
4. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών
5. Βίος, δημαρχία Αγρινίου, οικογένεια και πρόγονοι Γ.Ν.Π.
6. Ιστορική επεξεργασία περιόδου Εθνικής Αντίστασης και ιστορικές καταβολές οικογένειας Γ.Ν.Π.
7. Αρχειακό υλικό Νικολάου Γ. Παπαϊωάννου
8. Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου: Ελλάδα-Μεσοπόλεμος, Ο πόλεμος του 1940, Κατοχή, Εθνική Αντίσταση-Αφιερώματα, Τύπος Αιτωλοακαρνανίας, Εφημερίδες αγωνιστών και οργανώσεων αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης, Εφημερίδες Αιτωλοακαρνανίας και αποκόμματα τύπου με άρθρα και αναφορές στο πρόσωπο του Γ.Ν.Π., Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου με άρθρα περί Κατοχής-Εθνικής Αντίστασης-Εμφυλίου συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π., Νεώτερα αντίγραφα εφημερίδων των ετών 1915-1949 συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π.
   Οι δύο πρώτες ενότητες, Εθνική Αντίσταση (1) και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (2), αποτελούν τον κυρίως κορμό του αρχειακού υλικού, το σημαντικότερο και εκτενέστερο τμήμα ολοκλήρου του αρχείου. Στην πρώτη απόκειται υλικό, αντίγραφο και πρωτότυπο, που αφορά την αντιστασιακή οργάνωση ΕΔΕΣ, την ίδρυσή της, αλληλογραφία μεταξύ του ιδρυτή του ΕΔΕΣ Ν. Ζέρβα και υποεπιτροπών και μελών του, τη δράση τους καθώς και φωτογραφίες των αγωνιστών• στη δεύτερη ενότητα βρίσκονται όλο το νομοθετικό πλαίσιο, τα διατάγματα, τα νομοθετήματα, η συμβολή του ΓΝ.Π. στην αναγνώριση των εθνικοφρόνων αγωνιστών και πλήθος ονομαστικών καταλόγων με τις αιτήσεις των αγωνιστών συνοδευόμενες από ποικίλο συνημμένο υλικό (βεβαιώσεις, εκθέσεις δράσεως κ.α.) για την αναγνώρισή τους ως αντιστασιακών. Στις επόμενες δύο ενότητες, Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (3): ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος και Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (4): Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών, ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει το υλικό που αφορά τις αντεκδικήσεις των υποψηφίων προς αναγνώριση αντιστασιακών καθώς το πλήθος του συνημμένου υλικού κατά προσωπική περίπτωση εξακτινώνεται σε πλείστα ζητήματα του πολιτικού, κοινωνικού και ατομικού βίου στην Ελλάδα κατά την περίοδο της Κατοχής και του Εμφυλίου Πολέμου. Στις επόμενες ενότητες έχει ταξινομηθεί το υλικό που αφορά ειδικότερα και προσωπικότερα θέματα του Γ.Ν.Π., την οικογένειά του, την θητεία του ως δημάρχου Αγρινίου και υλικό συλλεγέν μετά το θάνατο του Γ.Ν.Π. από τον γιο του, βουλευτή Αιτωλοακαρνανίας, Νικόλαο Γ. Παπαϊωάννου• τέλος, πλήθος εφημερίδων και αποκομμάτων τύπου, αθηναϊκού και αιτωλοακαρνανικού που καλύπτουν σημαντικό τμήμα του 20ού αιώνα.

Κατά την παραλαβή του αποτελείτο από 17 μεγάλες κούτες, 6 μικρότερα κουτιά και 9 φωριαμούς με αρχειακό υλικό. Έως τις αρχές του 2014 μεγάλο τμήμα του αρχείου είχε ταξινομηθεί και καταγραφεί. Ο κατάλογός είναι προσβάσιμος μέσω της ιστοσελίδας των Αρχείων στο διαδίκτυο.

Το αρχείο περιλαμβάνει χειρόγραφα και δακτυλόγραφα κείμενα (λογοτεχνικά και πολιτικά), προσωπικά και επίσημα/υπηρεσιακά έγγραφα, επιστολές (προσωπική και υπηρεσιακή αλληλογραφία), δημοσιεύματα, αποκόμματα από τον τύπο, υλικό από την πολιτική σταδιοδρομία του ΚΤ και από τις διάφορες ακαδημαϊκές του δραστηριότητες, φωτογραφίες και οπτικοακουστικό υλικό.

Το αρχείο αποτελείτo στην πραγματικότητα από τρία υποαρχεία:
Α) το αρχείο Κωνσταντίνου Τσάτσου
Β) το αρχείο Ιωάννας Τσάτσου
Γ) το αρχείο της οικογένειας Σεφεριάδου (Στυλιανός Σεφεριάδης, Γιώργος Σεφέρης, Άγγελος Σεφεριάδης) [ξεχωριστή αρχειακή περιγραφή]

Ατομικά έγγραφα σχετικά με τη συμμετοχή του Στέφανου Δούκα στην αντίσταση (1941-1944): πιστοποιητικό πατριώτη (1945), προτάσεις για απονομή διάκρισης (1945), υποβολή δικαιολογητικών αναγνώρισης οργανώσεων (1950), έκθεση δράσης του Στέφανου Δούκα (1970) κ.ά.
Αντίγραφα αναφορών, επιστολών, διαταγών, εκθέσεων, δελτία πληροφοριών κ.ά., σχετικά με την οργάνωση ΜΥΔΑΣ στην Πελοπόννησο (1943)ˑ επιστολές, αναφορές, ονομαστικές καταστάσεις εργασθέντων στην οργάνωση ΜΥΔΑΣ κατά το διάστημα (1942-1944)ˑ εκθέσεις για τη δράση των μελών της οργάνωσης (1943) ˑ άδειες αναχωρήσεων των μελών της οργάνωσης από τις ιταλικές αρχές (1943) ˑ συνοπτική έκθεση των εργασιών του επιτελείου της οργάνωσης ΜΥΔΑΣ (Αύγουστος 1942 – Οκτώβριος 1944).
Εκθέσεις του στρατηγείου Ρούμελης της Ε.Κ.Κ.Α. 5/42 Συντάγματος Ευζώνων (Ιούνιος 1943 - Απρίλιος 1944) ˑ αντίγραφα εγγράφων αναφερόμενα στο ιστορικό της Ε.Κ.Κ.Α., δελτία πληροφοριών, εκθέσεις επιχειρήσεων (Νοέμβριος – Δεκέμβριος 1943), διαταγές κ.ά. Κείμενο του Στέφανου Δούκα με τον τίτλο «Σκέψεις», που εκφράζει τις απόψεις του για την οργάνωση του αντιστασιακού αγώνα, αναφερόμενος κυρίως στην Ε.Κ.Κ.Α. από την αρχή της γερμανικής κατοχής έως το τέλος ˑ οικονομικά και λογαριασμοί της οργάνωσης (1943-1944).
Έκθεση πεπραγμένων της υπηρεσίας σαμποτάζ της οργάνωσης «Απόλλων» (Ιούλιος – Οκτώβριος 1944) ˑ έγγραφα σχετικά με την αναγνώριση των αντιστασιακών οργανώσεων (1944-1950) ˑ βιβλιάριο εσόδων-εξόδων της ίδιας υπηρεσίας (1944) ˑ αναλυτική έκθεση για την οργάνωση και τη δράση της Ο.Π.Δ. Απόλλων (1969) ˑ απόσπασμα έκθεσης του Άλκη Δελμούζου για την αποφυλάκισή του από τους Γερμανούς (1945).
Αντίγραφα αναφορών και κοινοποιήσεων του Γενικού Στρατηγείου του Ε.Λ.Α.Σ. (1944), καθώς και διαταγές του Γενικού Αρχηγείου των Ε.Ο.Ε.Α. (1944). Αντίγραφα εγγράφων της συνδιάσκεψης στην Πλάκα για την κατάπαυση των εχθροπραξιών μεταξύ Ε.Δ.Ε.Σ. –Ε.Λ.Α.Σ. (1943-1944) κ.ά. ˑ οδοιπορικός χάρτης Αθήνα – Λάρισας (1903).