Η Συλλογή Γιάννη Βλαχογιάννη περιέχει έξι καταλόγους και ένα Παράρτημα:
-Κατάλογος Α' (Αρχείον Αγώνος, Αρχείον Καποδιστριακής περιόδου, Αρχείον περιόδου Όθωνος, Αρχείον περιόδου Γεωργίου Α', Ιδιωτικαί Συλλογαί)
-Κατάλογος Β' (Χειρόγραφα ιατρικά, νομικά, λαογραφικά - μουσικά, γλωσσικά - φιλολογικά, καλλιτεχνικά, θρησκευτικά, εμπορικά, γεωγραφικά - ιστορικά, ημερολόγια επαναστάσεως και χειρόγραφα χρόνων Ιερού Αγώνος, Καποδίστρια, Όθωνος και μεταγενέστερα)
-Κατάλογος Γ' (Φάκελοι εγγράφων και υλικού)
-Κατάλογος Δ' (Κυτία με υλικό μελετών)
-Κατάλογος Ε' (Κυτία με βιβλιογραφικά δελτία και σημειώσεις)
-Κατάλογος ΣΤ' ("Αρχεία" Καραϊσκάκη και Οδυσσέως Ανδρούτσου)
-Παράρτημα Συλλογής Βλαχογιάννη (πρώην "Ακατάτακτα Βλαχογιάννη")

Συλλογή της Υακίνθης Θέμελη που αποτελείται από έγγραφα αναφερόμενα, κυρίως, στη δράση του Φιλικού και αγωνιστή Δημήτριου Θέμελη, εκ των οποίων δύο (2) πρωτότυπες προκηρύξεις του Αλέξανδρου Υψηλάντη.

1. Υπόμνημα περί της νήσου Ύδρας από τον Αντώνιο Μιαούλη.
2. Διήγηση θαυμάτων της Ιεράς εικόνας της Υπεραγίας Θεοτόκου της Φανερωμένης της ευρισκομένης στην Ύδρα.
3. Πωλητήριο του Νικ. Βότζου και του υιού του Πέτρου προς τον Νικολό Μπουντούρη από την Ύδρα στις 20 Οκτωβρίου 1783.
4. Ομολογία μεταξύ των αδελφών Γεωργίου και Γιάννη Μπουντούρη από την Ύδρα στις 17 Οκτωβρίου 1806.
5. Πωλητήριο της Ζώγκας θυγατρός Δήμα Μαστρογιάννη προς τη θυγατέρα της Ελένη, Ύδρα 11 Απριλίου 1817.
6. Κρυπτογραφικό δίπλωμα ιερέα της Φιλικής Εταιρείας στην Ύδρα, με το οποίο ο S. καθιερώνει ιερέα Φιλικόν τον Εμμανουήλ Ιωάννου Σπαή από την Ύδρα ετών 48 πραγματευτή,
7. Κατάσταση τριάντα δύο (32) πλοίων που περιλαμβάνει αύξοντα αριθμό, όνομα πλοιοκτήτη και αριθμό ναυτών εκάστου και έχει τίτλο "Μανόλη Σπαχή των κάτωθεν πλοίων θενά δώσης εκάστου ναύτου τρία τέταρτα".

Κ179: Έγγραφα που αφορούν στον αγωνιστή της Ελληνικής Επανάστασης Ανάργυρο Μάθεση από τη Σαλαμίνα (αιτήσεις, βεβαιώσεις, αποδεικτικά, επιστολές, δικαιοπρακτικά έγγραφα και σπαράγματα εγγράφων).
Κ180: Διαταγή προβιβασμού του Ανάργυρου Μάθεση σε χιλίαρχο (Ναύπλιο 1825), δύο επιστολές του Μάθεση προς τον Κυβερνήτη της Ελλάδας (Ναύπλιο 1829), φύλλο εφοδιαστικού της Φιλικής Εταιρείας.

Αναπαράσταση της Μυστικής Συνέλευσης της Βοστίτσας, της σειράς συναντήσεων στη Βοστίτσα (το τότε Αίγιο), στις οποίες συμμετείχαν οι Φιλικοί της Βόρειας Πελοποννήσου από τις 26 έως τις 30 Ιανουαρίου του 1821. Σκοπός της συνέλευσης ήταν η οργάνωση και ο προσδιορισμός του χρόνου εκδήλωσης της ελληνικής επανάστασης στην Πελοπόννησο.
Στη λιθογραφία αναφέρονται τα μέλη της Συνέλευσης.

Σχεδιαστής: Κλουβάτος, Κώστας
Χαράκτης: Κλουβάτος, Κώστας
Τόπος έκδοσης χαρακτικού: Αθήναι
Τόπος έκδοσης χαρακτικού: [Athens]