1. Επιστολές και ποικίλα έγγραφα της οικογένειας του Φίλιππου Ιωάννου.
2. Χειρόγραφα ιστορικού και φιλοσοφικού περιεχομένου, ανάμεσά τους και σημειώσεις από την ιστορία του Φαλμεράυερ.
3. Έγγραφα και επιστολές ιδιωτικές, οικογενειακές, συλλόγων και πανεπιστημιακών αρχών, αλληλογραφία της επί των διδακτικών βιβλίων επιτροπής στην οποία ήταν πρόεδρος ο Ιωάννου.

Χειρόγραφο με μελέτη που φέρει τίτλο: "Επιθεωρίαι τινές εις την περί επιστολικών τύπων έκθεσιν του σοφωτάτου κυρίου Θεοφίλου του Κορυδαλλέως". Πρόκειται για κριτικό δοκίμιο στο έργο του Κορυδαλλέως "Ἔκθεσις περὶ Ἐπιστολικῶν Τύπων, καὶ Ἀφθονίου Προγυμνάσματα, καὶ Ἔκθεσις περὶ ῾Ρητορικῆς, ἐπιμελείᾳ Ἀμβροσίου Παμπέρεως, Ἅλλη τῆς Σαξονίας, Τυπογραφία Βάερ, 1768". (διαθέσιμη περιγραφή του βιβλίου στη διεύθυνση: http://www.onassislibrary.gr/el/syllogi/antikeimena/37486_el/)

Βιβλίο του Θεόφιλου Καΐρη με τίτλο "Επιτομή της Θεοσεβικής Διδασκαλίας και Ηθικής εν Λονδίνω νβ'"

Θεολογική μελέτη του Επισκόπου Ναυπακτίας και Ευρυτανίας Ανθίμου. Τιτλοφορείται: "Σημειώσεις εκ διαφόρων αναγνώσεων βιβλίων θεολογικών και φιλοσοφικών υπό του Επισκόπου Ναυπακτίας και Ευρυτανίας Ανθίμου. 1861 Νοέμβριος 10". Περιλαμβάνονται κεφάλαια σχετικά με την αληθινή φύση της θρησκείας, την αμαρτία και τη μετάνοια, την πνευματική φύση της ψυχής και την αθανασία.

Χειρόγραφο υπό τον τίτλο "Χρηστομάθειας Μέρος Β΄. Συνέχεια εκ των του Ιωάν. Στοβαίου των Εκλογών. Υπό Θεόφιλου Καΐρη. Εν Άνδρω 1836-1839, έγραψα Δ. Φωτιάδης, ο εκ της νήσου Κουτάλης της Προποντίδος".