Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: βιβλιάρια ενσήμων, χρηματικοί κατάλογοι, έγγραφα περί φαρικών τελών, μισθολογίων - αποδοχών- οδοιπορικών εξόδων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα που αφορούν σε πρόστιμα και παραβάσεις αλιευτικού κώδικα
Γ. Στοιχεία Πλοίων: καταστάσεις πληρωμάτων, δελτία κατάπλου πλοίων, ναυτολόγια
Δ. Αλληλογραφία: έγγραφα που αφορούν στην έκδοση αδειών αλιείας, διαβιβάσεις στατιστικών Λιμεναρχείου, επιθεωρήσεις λιμενικών σταθμών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Υπουργείο Γεωργίας, τη Διεύθυνση Υγείας και Πρόνοιας Νομαρχίας Λακωνίας, τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής Νομαρχίας Λακωνίας, τη Νομαρχία Χανίων, το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας, το Υπουργείο Κοινωνικών Υπηρεσιών και τη Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών, έγγραφα περί γνωμοδοτήσεων για χρήση αιγιαλού, εκδόσεως αδειών τοποθέτησης τραπεζοκαθισμάτων και ομπρελών στη χερσαία ζώνη του Λιμένος Γυθείου, μέτρησης θερμοκρασίας επιφάνειας θαλάσσης, μεταφοράς χαρουπιών
Β. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί δρομολογίων επιβατηγών, οχηματαγωγών, θαλαμηγών, κρουαζιερόπλοιων και πλοίου στη γραμμή Γυθείου – Κυθήρων – Αντικυθήρων – Κισάμου, μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, έγγραφα περί αναγγελιών – καθυστερήσεων - απαγορεύσεων απόπλου, καρτέλες καταπλεόντων πλοίων με ξένη σημαία, άδειες πετρέλευσης σκαφών, άδειες εξόδου πληρωμάτων καταπλεόντων πλοίων
Γ. Στοιχεία Ναυτικών: εγκύκλιοι απογραφής ναυτικών, έγγραφα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας (ΓΕΝΕ), κατάλογοι και δικαιολογητικά προσφερομένων για ναυτολόγηση ανέργων ναυτικών, εγκύκλιοι προκηρύξεων για την εισαγωγή σπουδαστών στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.)
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων: έγγραφα περί διοικητικών παραβάσεων κανονισμού λιμένος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκθαλάσσωσης θαλασσίων χελωνών
Β. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις για έκδοση και ανανέωση αδειών αλιείας καθώς και απόπλου για αλιεία στα διεθνή ύδατα, έγγραφα επιτροπής ελέγχων ιχθυοπαγίδων, στατιστικά στοιχεία σπογγαλιείας, έγγραφα περί χορήγησης αδειών οστρακοκαλλιέργειας και αλιείας δολωμάτων, έγγραφα αλιευτικών ελέγχων εν όψει τριημέρου Καθαράς Δευτέρας και περιόδου Σαρακοστής
Γ. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί μετεγγραφών σκαφών, κατάπλου κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας και εισερχομένων σημάτων, ενημερωτικά έγγραφα περί τοποθέτησης «Γαλάζιων Σημαιών», εορτασμού «Παγκόσμιας Ναυτικής Ημέρας» και διεξαγωγής «Special Olympics»., έγγραφα περί προστασίας ακτών από απορρίμματα, αδειών καύσεως πυροτεχνημάτων, έγγραφα και βιβλία περί της εκτελέσεως ραδιοεπικοινωνίας
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία κατάπλου σκαφών και θαλαμηγών, μητρώο ναυαγίων, έγγραφα περί μεταβιβάσεων σκαφών, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, βιβλία ελευθεροικοινωνίας
Γ. Στοιχεία Αλιείας: δελτία ατομικών αδειών αλιείας
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλίο περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων υπαξιωματικών στο Λιμενικό Σώμα, έγγραφα Οπλονομείου Αγίας Πελαγίας
Ε. Λιμενική Αστυνομία: έγγραφα περί καταγγελιών και προστίμων επιβληθέντων από τη Λιμενική Αστυνομία.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, βιβλία εισερχομένων και εξερχομένων σημάτων, έγγραφα περί προστασίας θαλάσσιων χελωνών
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία απόπλου και κατάπλου πλοίων και σκαφών, βιβλία ημερήσιων αναφορών πληρωμάτων, βιβλία και ημερολόγια συμβάντων, βιβλία μεταβολών πληρωμάτων, μητρώα ναυτικών γραφείων και πρακτορείων
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: εκθέσεις βεβαίωσης παραβάσεων, βιβλία τιμωρηθέντων ναυτικών
Δ. Οικονομικά στοιχεία: βιβλία εισπράξεως Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), βιβλία ταμείου και εισπράξεως Λιμενικής Αρχής, μπλοκ αποδεικτικών είσπραξης, βιβλία δικαιολόγησης πενθημέρων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γραφείο Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί εορτασμού παγκόσμιας ημέρας περιβάλλοντος, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας και των κητοειδών, δορυφορικών συσκευών καταγραφής στιγμάτων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού, δικαιολογητικά υγειονομικής περίθαλψης
Γ. Στοιχεία αλιείας - Γραφείο Αλιείας: έγγραφα εργαστηριακών εξετάσεων ψαριών, έγγραφα περί αλιευτικών συλλόγων
Δ. Δικαστικά Στοιχεία - Γραφείο Ανάκρισης: πίνακες υπηρεσιών των εισαγγελικών λειτουργών, πίνακες πραγματογνωμόνων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: πίνακες, δελτία συμβάντων, έγγραφα περί ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη, θαλάσσια μέσα αναψυχής, λουτρικές εγκαταστάσεις και αιγιαλούς, έγγραφα περί αγορανομικών ελέγχων, τήρησης κανόνων καπνίσματος, κυκλοφορίας οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, παραβάσεων κώδικα οδικής κυκλοφορίας, μεταφορέων Ευρωπαϊκής Κοινότητας
ΣΤ. Στοιχεία Πλοίων - Γραφείο κατάπλου – απόπλου πλοίων : δελτία κατάπλου κρουαζιερόπλοιων
Ζ. Στοιχεία Ναυτικών: δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: έγγραφα περί περιστατικών εξαφάνισης, περί καταπολέμησης φοροδιαφυγής, και εφαρμογής κεκτημένου Schengen, νομοθεσία περί καπνίσματος, πολυθεσίας και εισόδου μεταναστών
Β. Αλληλογραφία: περί υλοποίησης ψηφιακών υπογραφών
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: καταστάσεις εργασίας προσωπικού κατά τις νυχτερινές ώρες
Γ. Οικονομικά στοιχεία: υποβολές καυσίμων και λιπαντικών
Δ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: δελτία ελέγχων φορτηγών πλοίων προερχομένων από Τουρκία – Αίγυπτο – Συρία, πίνακες προσεγγίσεως κρουαζιερόπλοιων, έγγραφα περί στελέχωσης και κατάπλου πλοίων, ναυλώσεως σκαφών και σύνθεσης προσωπικού δρομολογημένων πλοίων, έγγραφα Τοπικού Κλιμακίου Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων (Τ.Κ.Ε.Π.)
Ε. Στοιχεία Αλιείας: δελτία αλιευτικής δραστηριότητας, υποβολές αλιευτικών επιθεωρήσεων, έγγραφα περί έκδοσης και ανανέωσης αδειών αλιείας, περί διαμαρτυρίας για την αλιεία ξιφία από αλιευτικά σκάφη με ξένη σημαία, έγγραφα περί εθνικού προγράμματος αλιείας ξιφία και τόνου και περί του αλιευτικού εργαλείου γρίπου – βενζινότρατας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: αναγγελίες κατάπλου – απόπλου πλοίων, πίνακες στατιστικών στοιχείων κίνησης πλοίων, ναυτολόγια, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, δελτία κίνησης επιβατών και οχημάτων πλοίου «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», έγγραφα περί δρομολογίων στη γραμμή Ελαφονήσου-Πούντας, δελτία κίνησης λιμενικής Αρχής Αγίας Πελαγίας, έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), έγγραφα περί αδειών μεταφοράς νεκρού, μέτρων ασφαλείας εγκαταστάσεων, χρήσης και συντήρησης υλικών, προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος και ακτών, έγγραφα περί τοπικού σχεδίου ρύπανσης – εκτάκτων αναγκών, υποβολή αναφορών συμβάντων
Γ. Οικονομικά στοιχεία: καταστάσεις πληρωμών και μπλοκ Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), μπλοκ εισπράξεων Ενιαίου Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών Λιμεναρχείου (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), μπλοκ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) Λιμεναρχείου Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις χορήγησης ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και τόνου και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: υποβολές πινάκων προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης
ΣΤ. Στοιχεία νομοθεσίας - παραβάσεων – προστίμων: οδηγίες για εφαρμογή αποφάσεων, έγγραφα περί αντιμετώπισης λαθρομετανάστευσης, οργανωμένου εγκλήματος, καταπολέμησης φοροδιαφυγής, έγγραφα περί ελέγχων για χρήση αλκοόλ από κυβερνήτες σκαφών και περί πρόστιμων για παραβάσεις νομοθεσίας αναφορικά με την προστασία αιγιαλού, λουτρικών εγκαταστάσεων και κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων
Ζ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: ημερολόγια μηχανής πλοίων Λιμενικού Σώματος, ημερολόγια πετρελαιοκίνητων και ιστιοφόρων πλοίων, φαροδείκτης γεωγραφημένων ακτών, έγγραφα κατάπλου πλοίων, καταστάσεις επιβατών οχημάτων και εισιτηρίων, έγγραφα περί διαλύσεως σκαφών άλλων λιμεναρχείων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης, έγγραφα περί θαλασσίων ερευνών, θαλάσσιου τουρισμού, μεταφοράς σορών, μεταφοράς εκρηκτικών υλικών, απογραφών υλικών και εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εγκρίσεων νυχτερινής απασχόλησης, μετακινήσεων αξιωματικών για επιθεωρήσεις, βιβλία ασθενών, βιβλία κίνησης και περιπολιών
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια δαπανών, έγγραφα επιχορηγήσεων καυσίμων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: ενστάσεις – αναφορές επί παραβάσεως Κώδικα Οδικής Κυκλοφορίας (ΚΟΚ), κάρτες επιβατών πλοίων εμπλεκομένων σε αδικήματα, έγγραφα ανακρίσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας, αναγγελίας θυελλωδών ανέμων, στρατολογίας
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα και βιβλία περί διαγωνισμού κατάταξης λιμενοφυλάκων
Γ. Οικονομικά Στοιχεία: πιστοποιητικά αποζημιώσεων, έγγραφα περί φαρικών τελών και οδοιπορικών εξόδων προσωπικού
Δ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί θαλαμηγών, κατάπλου πλοίων, αποκόμματα εισιτηρίων πλοίου γραμμής Γυθείου – Κυθήρων, ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων, έγγραφα Κλάδου Ελέγχου Εμπορικών Πλοίων (Κ.Ε.Ε.Π.)
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου – Λιμενικών Αρχών: Εκθέσεις Επιθεώρησης Λιμενικών Αρχών, έγγραφα επιθεώρησης Λιμεναρχείου Γυθείου.

Το αρχείο συγκροτείται από φακέλους με στοιχεία πλοίων: δελτία και καταστάσεις κατάπλου, απόπλου, επιβατών και φορτώσεως οχημάτων των πλοίων «ΘΗΣΕΑΣ», «ΜΑΡΘΑ» «ΜΑΡΙΑ ΠΑ», «ΝΗΣΟΣ ΚΥΘΗΡΑ», «Ε/Γ ΔΕΛΦΙΝΙ».

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί ανευρέσεως χελωνών
Β. Στοιχεία Πλοίων: Καταστάσεις κίνησης επιβατών – Ακτοπλοϊκό ΑΚΟΥΑ ΤΖΙΟΥΕΛ, έγγραφα περί αναθέσεως πρακτόρευσης κρουαζιερόπλοιων, προγράμματα κατάπλου πλοίων.