1.1 Αλληλογραφία (1846-1889)

• Επιστολές προς Ι. Ισιδωρίδη-Σκυλίτση. Μεταξύ των αποστολέων περιλαμβάνονται: «Η εν Αθήναις Αρχαιολογική Εταιρία», Σύλλογος «Αναπλάσεως», «Σύλλογος ο Τίμιος Σταυρός», «Φιλολογικός Σύλλογος ο Βύρων», «Φιλολογικός Σύλλογος Παρνασσός», το «Γραφείον της Ελληναιγυπτιακής των Αλεξανδρέων κοινότητος», τα περιοδικά: Κλειώ και Παιδικόν Περιοδικόν και τέλος το Υπουργείον των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίας Εκπαιδεύσεως.
• Γ.Α. Αργυρόπουλος (1884), Ι. Αρσένης (1886), Α. Βερναρδάκης, Ν.Δ. Γεωργιάδης (1884), Α.Γ. Κριεζής (1846), Σ. Μπαλταζή (1860), Ν.Γ. Πολίτης (1889), Σ.Α. Ράλλης (1869), Π. Ροδοκανάκης (1877), Χ. Σαμαρτζίδης (1868), Ι.Α. Σούτσος (1889), Τ.Ι.Φιλήμων (1877), Κ.Δ. Φραγκούδης (1857) κ.ά
• Επιστολές του Ι. Ισιδωρίδη-Σκυλίτση προς Στέφανο Ράλλη (1869) και Χριστόφορο Σαμαρτζίδη (1868).
  1.2 Διπλώματα
  Από τον Φιλολογικό Σύλλογο Παρνασσό (1872) και το Υπουργείο Στρατιωτικών (1843).

• Τετράδιο με τίτλο: Πόλεως Άλωσις– δράμα εις πράξεις πέντε [1889].

• Χφη επιστολή προς θείο του (1898), χφη επιστολή προς τον Κωνσταντινίδη (περ. Νέα Ζωή, Αλεξάνδρειας) (5.8.1910), χφη επιστολή προς την θεία του, Ζωή Παπα-Αλεξάνδρου (1922).

Το αρχείο αποτελείται από πέντε υποφακέλους. Απαντούν τετράδια με αντιγραφές αρχαίων χειρογράφων, κείμενα ή σχόλια που αφορούν τον Πλάτωνα, τον Πλούταρχο, τον Ωριγένη, τον Λιβάνιο κ.ά., αποσπάσματα αντιγραμμένα από λατινικά χειρόγραφα, κείμενα και μεταφράσεις στα λατινικά. Επιπλέον βρίσκουμε κείμενα θεολογικά, αποκρυφιστικά, αστρολογικά, για τα αιγυπτιακά μυστήρια και τις ανατολικές θρησκείες. Συναντούμε κείμενα των νεοτέρων χρόνων, κυρίως του 17ου αιώνα, μεταγραμμένα εκκλησιαστικά έγγραφα, σύντομα «χρονικά» και βιογραφίες εκκλησιαστικών προσώπων, κυρίως των νεοτέρων χρόνων της Δύσης και της Ανατολής. Επίσης ποιήματα νεοελληνικά, γαλλικά, λατινικά και ιταλικά και παλαιά μυθιστορήματα, κυρίως γαλλικά. Κάποια υστεροβυζαντινά κείμενα, τετράδια ή μεμονωμένα κείμενα που αφορούν σε τόπους, όπως η Κρήτη και η Κύπρος. Τα περισσότερα κείμενα συνοδεύονται από σχόλια ή σημειώσεις στο περιθώριο ή στο τέλος τους.