Περιέχει εκθέσεις, κανονισμούς, έγγραφα της Κεντρικής Υπηρεσίας, οικονομικά, περί του πολεμικού στόλου (σκάφη, πληρώματα, άδειες, οικονομικά, λογιστικά, ταμειακά, Ναύσταθμο, εκπαίδευση, δικαιοσύνη, υγειονομία, ιματισμό, τροφοδοσία), τη λιμενική υπηρεσία, την εμπορική ναυτιλία, τους ναυτικούς αγωνιστές και ποικίλα έγγραφα.

Το αρχείο αποτελείται από έγγραφα της Ελληνικής Πολιτείας για θέματα διορισμών, οικονομικά ζητήματα και επιστολές τοποτηρητών (1830-1832). Κατά τα χρόνια του Όθωνα και Γεωργίου Α΄ (1833-1915) η Γραμματεία/Υπουργείο αλληλογραφεί με τον βασιλέα, τα Υπουργεία Οικονομικών, Στρατιωτικών και Εσωτερικών, τα λιμεναρχεία, τους κυβερνήτες πλοίων, τη Θωρηκτή Μοίρα καθώς και με το προσωπικό των πολεμικών πλοίων και ιδιώτες. Μεγάλο μέρος του αρχείου καλύπτουν οι υπηρεσιακές μεταβολές προσωπικού (άδειες, διορισμοί κ.λπ.), τα θέματα απονομής δικαιοσύνης, η ναυτική εκπαίδευση, οι κατασκευές και οι επισκευές πλοίων, οι υποθέσεις προσωπικού (παράπονα υπαλλήλων κατά υπαλλήλων και υποθέσεις μεταξύ Γραμματείας και ιδιωτών), τα λιμενικά ζητήματα (ενοίκια λιμενικών καταστημάτων, λιμενικά δικαιώματα). Σημαντικό αρχειακό υλικό αποτελούν τα διπλώματα της Κυβερνήσεως σε πλοία και παρατάσεις διπλωμάτων που δόθηκαν από διοικητικούς τοποτηρητές, νομάρχες και έπαρχους (1832-1834). Για τα έτη 1837-1866 συμπεριλαμβάνεται υλικό το οποίο αποτελείται από επιστολές-αιτήσεις για έκδοση διπλωμάτων πλοιαρχίας με τα συνημμένα πιστοποιητικά και την αλληλογραφία των αρμοδίων αρχών. Τέλος, το αρχείο περιλαμβάνει την αλληλογραφία του Υπουργείου προς την «εξεταστική επί των αριστείων επιτροπή» για θέματα απονομής αριστείων. Τα έγγραφα αυτά είναι αιτήσεις- επιστολές αγωνιστών όπως και συνοδευτικά σημειώματα ως πιστοποιητικά εκδουλεύσεων κατά τη διάρκεια του Αγώνα (1821-1841). Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (88 θυρίδες) ενώ στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως ευρετήρια και πρωτόκολλα).

Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).

Αρχείο του Γραφείου Γενικής Επιστασίας-Κίνησης-Οπλονομείου: Στατιστικά στοιχεία, επιμόρφωση εκπαιδευτικών, εξοπλισμό παραρτήματος Σκαραμαγκά, μεταφορές σπουδαστών, μεταβολές-παρουσίες προσωπικού Λιμενικού Σώματος, εορταστικές εκδηλώσεις, ναυτολογήσεις αποναυτολογήσεις σπουδαστών.

Το υλικό αφορά τη λειτουργία της Ανώτερης Δημόσιας Σχολής Εμπορικού Ναυτικού Μηχανικών Ελευσίνας (ΑΔΣΕΝ/Μ/Ε). Περιέχει υπηρεσιακή αλληλογραφία με τις Διευθύνσεις του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας που εμπλέκονται στην εκπαίδευση Ναυτικών: τη Διεύθυνση Εκπαίδευσης Εμπορικού Ναυτικού / Διεύθυνση Ναυτικής Εκπαίδευσης (ΔΕΚ ΔΝΕΚ), τη Διεύθυνση Οργάνωσης και Λειτουργίας Σχολών Εμπορικού Ναυτικού (ΔΟΛΣ), την Υπηρεσία Ναυτικών Μητρώων (ΥΝΜ), την Διεύθυνση Διοικήσεως (ΔΔ), την ΑΣΔΕΝ Πλοιάρχων Ασπροπύργου σχετικά με τη λειτουργία της Σχολής. Περιλαμβάνονται έγγραφα σχετικά με:

α) Διοίκηση: ανάρτηση ημερησίων διαταγών, οικονομικά, την εγγραφή των τέκνων του προσωπικού σε κατασκηνώσεις της Χριστιανικής Αδελφότητας Νέων (ΧΑΝ), κατάθεση δικαιολογητικών εγγραφής υποψηφίων, μαθήματα ξένων γλωσσών (κυρίως χωρών της ΕΟΚ), συντήρηση κτηριακών εγκαταστάσεων, λειτουργία Γνωμοδοτικού Συμβουλίου ΔΣΕΝ κ.ά

β) Φοίτηση: κανονισμούς εκπαίδευσης, προγράμματα σπουδών, πίνακες μετεξεταστέων και αποφοίτων, σχέσεις με ιδιωτικές ναυτικές σχολές, μέριμνα για την έκδοση ναυτικών φυλλαδίων των αποφοίτων (ΥΝΜ), διεξαγωγή διαλέξεων από ιδιωτικές εταιρείες (Motor Oil) κ.ά.

γ) Διδακτικό προσωπικό: θέματα επιμόρφωσης, διορισμών, συμμετοχή σε συνέδρια / σεμινάρια, μελέτες και σχολιασμό διδακτικών βιβλίων εκδόσεων κ.ά.

Φύλλα ελέγχου προσόντων και ατομικοί φάκελοι ναυτικών ειδικοτήτων όπως: αρχιμάγειροι, ατμομηχανικοί , ατμομηχανικοί Α΄ τάξεως , ατμομηχανικοί Β΄τάξεως, Ατμομηχανικοί Γ΄ τάξεως, εφαρμοστές μηχανών εσωτερικής καύσης Β΄ και Γ΄ τάξεως, θαλαμηπόλοι, αρχιθαλαμηπόλοι, θερμαστές, λιπαντές, μάγειροι Α΄ τάξεως, Μάγειροι Β΄ τάξεως, μηχανικοί δόκιμοι, ναύτες, πλοίαρχοι (Διεύθυνση Εκπαίδευσης Ναυτικών Δ΄), φάκελοι Δορυφορικού Συστήματος Παρακολούθησης EMSA (European Maritime Safety Agency - Ευρωπαϊκή Υπηρεσία Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας), φάκελοι σχετικά με ασκήσεις καταπολέμησης της ρύπανσης με συνημμένο φωτογραφικό ή/και οπτικοακουστικό υλικό, φάκελοι γενικού αρχείου (Διεύθυνση Εκπαίδευσης Ναυτικών Γ΄) με την πρωτότυπη αλληλογραφία της υπηρεσίας.

Στατιστικά στοιχεία.