Το αρχείο διαρθρώνεται σε τρεις σειρές ως εξής: όπως: α) γνωματεύσεις της Επιτροπής του Εκκλησιαστικού Ταμείου για την εκκλησιαστική και μοναστηριακή περιουσία, β) πρακτικά συνεδριάσεων Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, γ) κτήριο και προσωπικό Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, δ) συντάξεις αμνηστευθέντων κληρικών (θυρίδα 100/3) καθώς επίσης και φάκελοι που αφορούν στην οικονομική λειτουργία του Ταμείου: μισθοί προσωπικού και Επιτρόπου, χρηματικά εντάλματα του Γενικού Ταμείου Εκκλησιαστικού, εγγυητές και χρέη προς το Ταμείο κά. (θυρίδα 100/4). Περιλαμβάνονται ακόμα φάκελοι "διοικητικών ταμείων" Μήλου, Σκιάθου, Σκοπέλου, και διάφορα ποικίλα του Υπουργείου Εκκλησιαστικών.
Στην Β΄ σειρά της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως περιλαμβάνονται έγγραφα που αφορούν: Δημοτικά σχολεία αρρένων, Δημοτικά σχολεία κορασίων, Νηπιακά σχολεία, Δημοδασκάλους και δημοτικά σχολεία του κράτους γενικά, το Προσωπικό δημοτικών σχολείων και τα βοηθήματά τους, το Αρχιτεκτονικό Σχολείο, τα Ιδιωτικά Σχολεία, των Καθολικών Σχολεία, τα Ναυτικά Σχολεία, την Μουσική Εκκλησιαστική Σχολή, το Πανεπιστήμιο, το Πολυτεχνικόν Σχολείον, το Σχολείον Πυροβολιστών, τη Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή, τη Σχολή κορασίων Ρόμπερτσον, τα Σχολεία της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας, το Χειρουργικόν Σχολείον, τη Σχολή Χίλλ, τη Μαιευτική Σχολή, την Αρχαιολογική Εταιρεία, τις Αρχαιότητες Αιγαίου, Πελοποννήσου και Στερεάς Ελλάδος, το Αστεροσκοπείο, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη: Γενικά-Πώληση και διανομή βιβλίων, τις Ειδικές Βιβλιοθήκες των Ελληνικών Σχολείων, το Βιβλιοπωλείο της Βασιλικής Τυπογραφίας και Βιβλία διδακτικά, Βιβλιοπώλες και απαγόρευση βιβλίων, Εφημερίδες, την Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, Κληροδοσίες, Προσφορές, τις Οικοδομές, τους Καθυστερούμενους μισθούς διδασκάλων του κράτους, τα Μουσεία, τη Νομισματική Συλλογή, τις Συνδρομές συγγραμμάτων, το Βασιλικόν Τυπογραφείον, τα Καταστήματα Κωφών, την Ιατρική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Σχολή, τη Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία, τη Φιλολογική Λέσχη, τη Φυσικοϊστορική Εταιρεία, την Εταιρεία Ωραίων Τεχνών και την Παιδεία γενικά. Η Γ΄ σειρά των Χρηματικών Ενταλμάτων δημιουργήθηκε για λόγους πρακτικούς και περιλαμβάνει στελέχη χρηματικών ενταλμάτων που σχετίζονται με τις δαπάνες της Γραμματείας/Υπουργείου Εκκλησιαστικών και Δημοσίου Εκπαιδεύσεως, επιμεριζόμενες σε δύο τμήματα που αντιστοιχούν στις σειρές Α΄ και Β΄.

Αρχείο Μητροπολίτη Ιγνάτιου Ουγγροβλαχίας:

1. Τέσσερις (4) επιστολές: επιστολή του Εμ. Παπαδόπουλου από τη Ρωσία στις 15 Μαρτίου 1807 προς τους Καπεταναίους της Ελλάδας και Ηπείρου, επιστολή του κόμητος Γ. Μοτσενίγου από την Κέρκυρα στις 19 Μαρτίου 1807 προς τους Καπεταναίους της Ελλάδας και Ηπείρου, επιστολή του ίδιου από την Κέρκυρα στις 19 Μαρτίου 1807 προς τον Μητροπολίτη Ιγνάτιο, επιστολή καπεταναίων από την Αγία Μαύρα (Λευκάδα) στις 3 Απριλίου 1807 προς τον Ιγνάτιο.
2. Συνθήκη Επτανησίων και Αλή Πασά στην Κέρκυρα στις 9 Νοεμβρίου 1803.
3. Έγγραφα της Φιλομούσου Εταιρείας των ετών 1813, 1815, 1817 και 1820 και της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας του 1836.
4. Εξήντα εννιά (69) επιστολές προς τον Ιγνάτιο των ετών 1799, 1807, 1816 έως 1827.
5. Ογδόντα πέντε (85) επιστολές προς τον Ιγνάτιο στη γαλλική γλώσσα των ετών 1809-1827.
6. Είκοσι μία (21) επιστολές και έγγραφα προς τον Ιγνάτιο σχετικά με την Επανάσταση των ετών 1819-1827
7. Διάφορα:
   -Τεύχος με αντίγραφο των Πρακτικών της Β' Εθνικής των Ελλήνων Συνελεύσεως, ήτοι του υπ΄αριθμ. 12 του Κώδικα των Νόμων περί Οργανισμού των Ελληνικών Επαρχιών.
   -Αντίγραφο του υπ' αριθμ. 12 του Κώδικα των Νόμων.
   -"Πρακτικά της Β΄ Εθνικής των Ελλήνων Συνελεύσεως".
   -"Πρόσκαιρος γενικός Οργανισμός της Πελοποννήσου και των άλλων μερών της Ελλάδος μέχρι της αποκαταστάσεως του Έθνους",
   -"Διαταγή της Ημέρας" Αλέξανδρου Υψηλάντη εν Ριμνίκω (Μολδοβλαχίας) τη 8η Ιουνίου 1821,
   • Δίφυλλο που συντάχθηκε στο Λιβόρνο στις 30 Νοεμβρίου 1827 και περιέχει συμφωνητικό των ομογενών του Λιβόρνο περί βοηθείας των αιχμαλώτων Ελλήνων.
     -"Grece, cause de sa Resolution et son Etat Actuel. Le 1/13 Octobre 1822. Pise (Πίζα)",
     -"La Grece en 1823". Pise (Πίζα) le 18/30 Avril 1824,
     -Το Σύνταγμα της Α' Εθνικής Συνελεύσεως,
     -Ίσον (αντίγραφο) από το μπουγιουρντί του Βεζίρ Η(Ο)μέρ Πασιά Εφεντός μας, Νεχώρι 8 Απριλίου 1823.
     -"Traduction de la Lettre de Lord Thomas Erskine au Comte de Liverpool au sujet des Grecs".
     -"Copie de la lettre de M. Eynard au Gouvernt grec. Geneve 27 Fevrier (1826?)".
     -Αντίγραφο επιστολής του Eynard στα γαλλικά προς την Ελληνική Κυβέρνηση εκ Beaulieu στις 27 Νοεμβρίου 1826.
     -"Declaration aux Puissances Chretiens" εκ Κορίνθου τη 15 Απριλίου 1822 εκδοθέν υπό του Εκτελεστικού.
     -Αντίγραφο των πρακτικών της Συνελεύσεως της Δυτικής Χέρσου Ελλάδος, Μεσολόγγι 4 Νοεμβρίου 1821.
     -"Το εκφωνηθέν λογίδριο παρά του Σχολαρχούντος διδασκάλου Κων. Βαρδαλάχου της εν Βουκουρεστίω Αυθεντικής Σχολής κατά την επισήμως γενομένη έναρξιν των μαθημάτων τη α' Σεπτ. 1820" και
     -¨Λογίδριον εκφωνηθέν παρά του εκλαμπροτάτου Πεηζαδέ Νικολάου Σούτζου κατά την επισήμως γενομένην έναρξιν των μαθημάτων εν τη Αυθεντική Σχολή τη εν Βουκουρεστίω τη α' Σεπτ. 1820".