Η Γραμματεία επί των Εκκλησιαστικών & της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως ήταν η τέταρτη από τις επτά Γραμματείες του κράτους (υπουργεία) που ιδρύθηκαν με το διάταγμα «περί σχηματισμού των Γραμματειών» (Die Bildung der Ministerien betr.) της 3ης /15ης Απριλίου 1833, άρθρο 1. Οι προϊστάμενοι των υπουργείων, Γραμματείς της Επικρατείας σύμφωνα με τον καθιερωμένο όρο κατά τη διάρκεια της απόλυτης μοναρχίας του Όθωνα. , οι αρμοδιότητες και η θέση τους στην ιεραρχία (ισόβαθμοι), ο τρόπος διεύθυνσης των Γραμματειών, καθώς και η συγκρότηση, οι αρμοδιότητες και η λειτουργία του υπουργικού συμβουλίου καθορίζονται στα υπόλοιπα δώδεκα άρθρα του διατάγματος.

Ιδιαίτερο διάταγμα (ιδρυτικό), με ημερομηνία 3/15 Απριλίου 1833, «περί του σχηματισμού και της αρμοδιότητος της επί των Εκκλησιαστικών & Δημοσίου εκπαιδεύσεως Γραμματείας» (Die Formation und den Wirkungskreis des Ministeriums des Kirchen und Schulwescns betreffend) ορίζει τα σχετικά με τις αρμοδιότητες, δηλαδή την «επιτήρησιν και διεύθυνσιν» των σχετικών με την εκκλησία και την εκπαίδευση υποθέσεων, καθώς και το προσωπικό της Γραμματείας. Ρητή διαίρεση της εσωτερικής υπηρεσίας της Γραμματείας σε τμήματα δεν αναφέρεται στο διάταγμα. Σε σχέδιο, ωστόσο, ενημερωτικού εγγράφου που αποστέλλεται στη Γραμματεία επί του Βασιλικού Οίκου και των Εξωτερικών (No 1710, Ναύπλιον 28 Φεβρ./12 Μαρτ. 1833) η ευθύνη της διαχείρισης των καθορισμένων με το διάταγμα αντικειμένων φαίνεται ότι ανήκει σε δύο «κλάδους», ισοδύναμους με οργανικά τμήματα: Α΄: Εκκλησιαστικών, Β΄: Δημοσίου Εκπαιδεύσεως. Στην αρμοδιότητα του Α΄ κλάδου – σύμφωνα με το διάταγμα - ανήκουν: (1) Η ακριβής τήρηση των νόμων που ρυθμίζουν τις πολιτικές και αστικές σχέσεις των διαφόρων χριστιανικών εκκλησιών και άλλων θρησκευτικών κοινοτήτων• (2) η διατήρηση των νομίμων ορίων μεταξύ της πολιτικής Αρχής και των θρησκευτικών Αρχών και η διαφύλαξη των δικαιωμάτων του δημοσίου σε διενέξεις που αφορούν εκκλησιαστικά κτήματα και καταστήματα• (3) η εξέταση όλων των διαταγμάτων των εκκλησιαστικών Αρχών, κυρίως των αυτογράφων, βουλών (Bulles) και πιτακίων του Πάπα της Ρώμης, και η εξασφάλιση βασιλικής αδείας πριν αυτά δημοσιοποιηθούν• (4) ο διορισμός των συνοδικών Αρχών, η επιτήρηση των πράξεών τους και η έκδοση των σχετικών αποφάσεων• (5) η επιτήρηση της θείας λατρείας και ο περιορισμός ή η ακύρωση μη ουσιωδών εκκλησιαστικών πανηγύρεων και σχετικών εορτών• (6) η εξασφάλιση του βασιλικού δικαιώματος στον διορισμό σε εκκλησιαστικά υπουργήματα και στην άδεια χειροτονίας ιερέων και διακόνων• (7) η άδεια σύστασης θρησκευτικών εταιρειών και καταστημάτων και η καθαίρεση αυτών, αν υπάρχουν εύλογες αιτίες• (8) η σύσταση και ανακαίνιση ιερατικών καταστημάτων για την εκπαίδευση, τη συντήρηση και βελτίωση του κλήρου, καθώς και οι εξετάσεις των υποψηφίων για θέσεις της εκκλησιαστικής ιεραρχίας• (9) η διαίρεση των επαρχιών των διαφόρων εκκλησιαστικών Αρχών• (10) η φροντίδα για την ανέγερση και διατήρηση των αναγκαίων για εκκλησίες και κατοικία των εφημερίων οικοδομημάτων• (11) η επιτήρηση στη διοίκηση και διαχείριση της αφιερωμένης σε θρησκευτικές ανάγκες περιουσίας.

Στον Β΄ κλάδο, εξάλλου, ανήκουν τα εξής καθήκοντα: (1) Η επιτήρηση και διεύθυνση ζητημάτων που αφορούν τα σχολεία και την εκπαίδευση εν γένει, η φροντίδα για σύσταση αρμόδιου για τη στοιχειώδη εκπαίδευση οργανισμού, Πανεπιστημίου και Ακαδημίας των επιστημών• (2) η φροντίδα για εξοπλισμό σχολείων και διδακτικών καταστημάτων και η επιτήρηση στη διοίκηση της σχολικής περιουσίας• (3) η φροντίδα για μόρφωση αξίων δασκάλων και καθηγητών και η ανέγερση των απαιτουμένων καταστημάτων• (4) η εξασφάλιση υποτροφιών για μαθητές εξαιρετικής ευφυίας• (5) η σύσταση και επιτήρηση δημοσίων βιβλιοθηκών, Αστεροσκοπείου και άλλων σχετικών καταστημάτων• (6) η διεύθυνση της Βασιλικής Τυπογραφίας και η επίσπευση της μετάφρασης στην ελληνική γλώσσα των πλέον αξιόλογων ξένων συγγραμμάτων• (7) η ενίσχυση της προόδου των τεχνών, η σύσταση «τεχνοδιδακτικών» σχολείων και συλλογών, η ανέγερση Ακαδημίας των «πλασματογραφικών» τεχνών, η ενίσχυση της ανασκαφής και ανακάλυψης των απολεσθέντων καλλιτεχνικών αριστουργημάτων, η φροντίδα για τη διαφύλαξη των ήδη υπαρχόντων και η επαγρύπνηση ώστε να μην εξάγονται εκτός του κράτους• (8) η εμψύχωση της επιστημονικής έρευνας και η δημοσίευση των χειρογράφων των μοναστηριών, με σκοπό την επέκταση των ανθρωπίνων γνώσεων και την πρόοδο των επιστημών• (9) προτάσεις για την κατάληψη όλων των διδακτικών θέσεων και των θέσεων σε δημόσια καταστήματα που έχουν σχέση με τις επιστήμες και τις τέχνες. Ο Γραμματέας επί των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως έχει την ευθύνη για τη διατήρηση της πειθαρχίας του υπό την εποπτεία του προσωπικού, καθώς και για την επιβολή πειθαρχικών ποινών• (10) η επιτήρηση στη διοίκηση και διαχείριση περιουσίας και δημοσίων εισοδημάτων αφιερωμένων στην εκπαίδευση και η φροντίδα για την ανέγερση και διατήρηση δημοσίων διδακτικών καταστημάτων για την εκπαίδευση του λαού και την ανάπτυξη των τεχνών.

Κρίσιμο ήταν το ζήτημα των αρμοδιοτήτων και της ευθύνης των Γραμματειών (και Γραμματέων) της Επικρατείας. Σύμφωνα με το διάταγμα «Περί σχηματισμού των Γραμματειών» (άρθρα 8-13), ο ρόλος που ανατίθεται σε κάθε Γραμματέα της Επικρατείας είναι αυτός του άμεσου οργάνου του βασιλέως για την εκτέλεση όλων των κυβερνητικών πράξεων και του ανώτατου διευθυντή των υποθέσεων της Γραμματείας που διοικεί. Προσυπογράφει αποφάσεις, διατάγματα και νόμους και εισηγείται σχετικά με τη θέσπιση νέων ή τη βελτίωση των υπαρχόντων• διατάζει τα δέοντα για την εκτέλεση και επαγρυπνεί για την ακριβή τήρηση νόμων και διαταγμάτων• είναι προσωπικώς υπεύθυνος για την ακριβή τήρηση του προϋπολογισμού και τη διάθεση των προσδιορισμένων από τον ετήσιο οικονομικό νόμο ποσοτήτων• προσέχει την ηθική και επαγγελματική διαγωγή των υπαλλήλων της Γραμματείας και ασκεί την προβλεπόμενη πειθαρχική εξουσία απέναντί τους. Ωστόσο, η εξουσία του σε ζητήματα διορισμού, προαγωγής, μετάθεσης και απόλυσης μελών του προσωπικού της Γραμματείας περιοριζόταν στην απλή υποβολή προτάσεων, καθώς η βασιλική έγκριση ήταν απαραίτητη για τη λήψη σχετικών αποφάσεων. Νέο διάταγμα «Αφορών την υπηρεσίαν εις τας Γραμματείας της Επικρατείας», το οποίο εκδόθηκε την ίδια ημερομηνία με το προηγούμενο, διέκρινε τις τρέχουσες υποθέσεις που αποτελούσαν αντικείμενο χειρισμού του Γραμματέως της Επικρατείας από αυτές που απαιτούσαν απόφαση του βασιλέως. Στην πράξη, η διάκριση αυτή φαίνεται ότι δεν λειτούργησε. Έτσι, το διάταγμα της 11ης/23ης Μαρτίου 1837 «Περί της αρμοδιότητος των Γραμματειών» έδινε μεγαλύτερη αυτονομία ενεργειών στους Γραμματείς της Επικρατείας και καθιστούσε περιττές αιτήσεις εγκρίσεως και αναφορές σχετικά με ζητήματα για τα οποία η αποκλειστική αρμοδιότητα χειρισμού και λήψης αποφάσεων ανήκε στους ίδιους. Τέτοια ήταν η διαχείριση του προϋπολογισμού της Γραμματείας, η χορήγηση αδειών απουσίας μέχρι τριών μηνών σε υπαλλήλους, ο διορισμός, η μετάθεση και η απόλυση των κλητήρων των γραμματειών, του Πανεπιστημίου και των γυμνασίων. Το νομοθέτημα, πάντως, φαίνεται ότι δεν εξάλειψε την ασάφεια που περιέκλειε η έννοια των αρμοδιοτήτων και της ευθύνης των Γραμματέων της Επικρατείας στην τρέχουσα διοικητική πράξη, γεγονός που προκάλεσε την έκδοση νεότερης διαταγής (αρ. 2403, 1/13-9-1841) με στόχο τη διευκρίνιση του σχετικού ζητήματος. Η εκτέλεση της διαταγής από την επί των Εκκλησιαστικών και Δημοσίας Εκπαιδεύσεως Γραμματεία αφορούσε τη λεπτομερή καταγραφή υποθέσεων τριών κατηγοριών: (1) Υποθέσεων που απαιτούσαν βασιλική έγκριση για τη λήψη σχετικών αποφάσεων• (2) υποθέσεων των οποίων ο χειρισμός προϋπέθετε αυτονομία ενεργειών της Γραμματείας• (3) υποθέσεων των οποίων ο χειρισμός απαιτούσε σύμπραξη με την επί των Εσωτερικών Γραμματεία.
Εξίσου σοβαρό ήταν και το ζήτημα της υπαλληλίας των υπουργείων, ο ορθός χειρισμός του οποίου μπορούσε να εξασφαλίσει επαρκή αντιμετώπιση των γραφειοκρατικών αναγκών, αλλά και ισορροπία στον προϋπολογισμό του κράτους. Καταρχήν, το διάταγμα «Περί σχηματισμού των Γραμματειών» προέβλεπε τον διορισμό του απαιτούμενου προσωπικού σύμφωνα με τις ανάγκες κάθε Γραμματείας, ενώ οι σχετικές λεπτομέρειες περιέχονταν στα ιδιαίτερα ιδρυτικά διατάγματα. Έτσι, το προσωπικό της επί των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως Γραμματείας, σύμφωνα με σχετική πρόβλεψη του διατάγματος του 1833, «Περί του σχηματισμού και της αρμοδιότητος της επί των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως Γραμματείας», καθορίσθηκε σε δύο συμβούλους, τρεις γραμματείς, δύο γραφείς και έναν κλητήρα (άρθρο 1). Με ιδιαίτερα διατάγματα ρυθμίσθηκε η οργάνωση και λειτουργία των δημοσίων υπηρεσιών, καθώς και υπηρεσιακά ζητήματα των υπαλλήλων. Το 1836 στην υπαλληλία του υπουργείου προστέθηκαν δύο πάρεδροι Α΄και Β΄τάξεως και δύο υπουργικοί γραμματείς Β΄τάξεως. Λόγω της διάλυσης της Επιτροπής του Εκκλησιαστικού Ταμείου το 1838 (διάταγμα της 1ης /13ης Ιουλίου 1838), το προσωπικό αυξήθηκε κατά έναν γραμματέα Β΄τάξεως και έναν γραφέα, ενώ με τη μεταβίβαση της διαχείρισης των εκκλησιαστικών κτημάτων στην επί των Οικονομικών Γραμματεία το 1843 (Νόμος της 29ης Απριλίου 1843) μειώθηκε κατά έναν υπουργικό γραμματέα. Η αύξηση, πάντως, του προσωπικού των υπουργείων, η οποία υπερέβαινε κατά πολύ τις προβλέψεις των σχετικών διαταγμάτων, προκάλεσε την παρέμβαση του βασιλέως. Σύμφωνα με τη διαταγή της 31ης Μαρτίου/12ης Απριλίου 1842, οι Γραμματείς της Επικρατείας ήταν υποχρεωμένοι να υποβάλλουν προς συζήτηση στο υπουργικό συμβούλιο σχέδιο διατάγματος σχετικό με την οργάνωση της υπηρεσίας των υπουργείων, η οποία έπρεπε να στελεχωθεί με ανώτερο και κατώτερο προσωπικό περιορισμένο «εις τα στενά όρια της αποδεδειγμένης ανάγκης και της αυστηράς οικονομίας». Έτσι, μετά το 1843 το σύνολο των υπαλλήλων περιορίσθηκε σε δύο υπουργικούς συμβούλους, δύο παρέδρους Α΄και Β΄τάξεως, δύο γραμματείς Α΄τάξεως, τρεις γραμματείς Β΄τάξεως και τρεις γραφείς Α΄τάξεως. Στο προσωπικό του υπουργείου ανήκαν, επίσης, έκτακτοι αντιγραφείς, ο ένας από τους οποίους παρείχε υπηρεσία βοηθού στο Λογιστικό Γραφείο.

Επικεφαλής του Α΄τμήματος ήταν, από το 1836, ο υπουργικός σύμβουλος Ανδρέας Μάμουκας. Στο Β΄τμήμα, την ευθύνη υποθέσεων της Ανωτέρας Εκπαιδεύσεως είχε ο υπουργικός σύμβουλος Ι. Ν. Λειβαδεύς, ενώ μετα το 1855 ο Δ. Μαυροκορδάτος. Την ευθύνη υποθέσεων της Δημοτικής Εκπαιδεύσεως είχε ο διευθυντής του Βασιλικού Διδασκαλείου Ιωάννης Κοκκώνης. Εισηγητής επί των αρχαιολογικών υποθέσεων ήταν, εξάλλου, ο γενικός έφορος Aρχαιοτήτων Ludwig Ross. Οι δύο τελευταίοι εργάζονταν στη Γραμματεία – αντί προσθέτων ανωτέρων υπαλλήλων – με βαθμό και μισθό υπουργικού συμβούλου, εισηγούμενοι απευθείας στον Γραμματέα επί των Εκκλησιαστικών & της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως (υπουργό) τα σχέδια αναφορών και διαταγμάτων. Μετά την παραίτηση του Ross το 1843, οι αρχαιολογικές υποθέσεις περιήλθαν για κάποιο διάστημα στην αρμοδιότητα του υπευθύνου για την ανώτερη εκπαίδευση υπουργικού συμβούλου, μέχρι την ανάληψη των ίδιων καθηκόντων από τον νέο έφορο Αρχαιοτήτων, Κυριάκο Πιττάκη. Από το 1852, εισηγητής επί ζητημάτων δημοτικής εκπαίδευσης ήταν ο Σκαρλάτος Δ. Βυζάντιος, διευθυντής του επί των Δημοτικών Σχολείων Διευθυντηρίου, αντί του Ιωάννη Κοκκώνη.

Ως αποτέλεσμα της πολιτειακής μεταβολής του 1844, η Γραμματεία επί των Εκκλησιαστικών & της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως μετονομάσθηκε σε Υπουργείο, σύμφωνα με τον νόμο ΛΓ΄της 4ης Ιουνίου 1846 «Περί διοργανισμού των Υπουργείων». Ο νόμος ερχόταν να καλύψει την ανάγκη νέας οργάνωσης των υπουργείων, ελάττωσης του υφιστάμενου προσωπικού. και στελέχωσης της γραφειοκρατίας με υπαλλήλους «αποδεδειγμένης ικανότητος και ζήλου διά την υπηρεσίαν». Ο αριθμός των υπουργείων παρέμεινε ο ίδιος, καθώς και η τάξη αυτών, όπως ίσχυε στην προηγούμενη περίοδο, ενώ οι αντιβαίνουσες διατάξεις προηγούμενων διαταγμάτων καταργούνταν. Ο νόμος καθιέρωνε, επίσης, για πρώτη φορά τη διαίρεση της εσωτερικής υπηρεσίας των υπουργείων σε τμήματα, εισήγαγε τον θεσμό του γενικού γραμματέα και προέβλεπε τη σύσταση του προσωπικού κάθε υπουργείου. Ειδικότερα, το άρθρο 11 του νόμου καθόριζε το προσωπικό του Υπουργείου Εκκλησιαστικών & Δημοσίου Εκπαιδεύσεως σε δύο τμηματάρχες, τρεις γραμματείς Α΄ και Β΄ τάξεως, τρεις γραφείς Α΄, Β΄και Γ΄τάξεως και δύο κλητήρες. Έξι χρόνια αργότερα, στην υπηρεσία του υπουργείου προστέθηκαν δύο γραμματείς και ένας γραφέας Α΄τάξεως, επειδή το υπάρχον προσωπικό ήταν δυσανάλογο προς τις πραγματικές ανάγκες της υπηρεσίας (Νόμος ΣΙΕ΄της 16ης Δεκεμβρίου 1852). Για τον ίδιο λόγο, το προσωπικό του υπουργείου αυξήθηκε κατά έναν γραμματέα Α΄τάξεως το 1856 (Νόμος ΤΟΣΤ΄της 12ης Οκτωβρίου 1856).

Εφαρμογή της πρόβλεψης του νόμου ΛΓ΄σχετικά με τη διαίρεση της εσωτερικής υπηρεσίας των υπουργείων και τα καθήκοντα των υπαλλήλων (άρθρο 17) αποτέλεσε το διάταγμα της 17ης Φεβρουαρίου 1855 «Περί διοργανισμού της εσωτερικής υπηρεσίας του επί των Εκκλησιαστικών κτλ Υπουργείου και των χρεών του παρ’αυτώ Γενικού Γραμματέως». Σύμφωνα με το διάταγμα, η εσωτερική υπηρεσία του υπουργείου διαιρείται σε δύο τμήματα: Α΄: Εκκλησιαστικόν, Β΄: Εκπαιδευτικόν. Σε αυτά ανήκουν οι υπαγόμενες στην αρμοδιότητα του υπουργείου υποθέσεις, οι οποίες περιγράφονται στο διάταγμα της 3ης /15ης Απριλίου 1833: Στο Α΄ οι σχετικές με την εκκλησία και τον κλήρο, ενώ στο Β΄οι σχετικές με την εκπαίδευση υποθέσεις. Το Β΄τμήμα διαιρείται σε τρία γραφεία: Ανωτέρας Εκπαιδεύσεως, Δημοτικής Εκπαιδεύσεως και Αρχαιολογικής Υπηρεσίας. Προβλέπεται, επίσης, η λειτουργία τριών επιπλέον γραφείων: Πρωτοκόλλου & Διεκπεραιώσεως, Καταχωρίσεως και Λογιστικόν. Η εποπτεία του Α΄τμήματος και η διενέργεια των υπαγομένων σε αυτό υποθέσεων ανατίθεται σε τμηματάρχη• η διεύθυνση του Β΄τμήματος ανατίθεται στον γενικό γραμματέα, ο οποίος αναλαμβάνει και τη διενέργεια των υποθέσεων του Γραφείου της Ανωτέρας Εκπαιδεύσεως. Ο διευθυντής του Διδασκαλείου & των Δημοτικών Σχολείων και ο γενικός έφορος των Αρχαιοτήτων προβλέπεται να διεξάγουν τις σχετικές με τη δημοτική εκπαίδευση και τις αρχαιότητες υποθέσεις εργαζόμενοι στο υπουργείο ως επικουρικοί εισηγητές στους σχετικούς τομείς. Προϊστάμενοι των υπολοίπων γραφείων ορίζονται γραμματείς Α΄ή Β΄τάξεως υπό την εποπτεία του γενικού γραμματέα. Ο τελευταίος προπαρασκευάζει νομοσχέδια, σχέδια γενικών διαταγμάτων και οδηγιών σε συνεργασία με τους αρμόδιους τμηματάρχες και εισηγητές και προσυπογράφει κάθε σχέδιο εγγράφου πριν υποβληθεί στην έγκριση του υπουργού. Επιπροσθέτως, έχει δικαίωμα υπογραφής εγγράφων «κατ’εντολήν του υπουργού». Στα καθήκοντά του ανήκουν, επίσης, η επίβλεψη της διεκπεραίωσης των διαφόρων υποθέσεων τμημάτων και γραφείων, καθώς και της κατά τον νόμο προσέλευσης και εργασίας των υπαλλήλων στο υπουργείο.

Με το διάταγμα της 24ης Αυγούστου 1859 ο Ανδρέας Μάμουκας προβιβάσθηκε σε γενικό γραμματέα του υπουργείου. Επειδή, όμως, από τη θέση του επί είκοσι τρία έτη προϊσταμένου του Α΄τμήματος είχε αποκτήσει αξιόλογη εμπειρία στη διαχείριση των εκκλησιαστικών υποθέσεων, θεωρήθηκε σκόπιμο να συνεχίσει να διευθύνει το Α΄και όχι το Β΄τμήμα, όπως όριζε το διάταγμα της 17ης Φεβρουαρίου 1855. Έτσι, με σχετική τροπολογία (διάταγμα της 12ης Οκτωβρίου 1859) ο Ανδρέας Μάμουκας ως γενικός γραμματέας διατήρησε τη διεύθυνση του Α΄τμήματος, ενώ η διεύθυνση του Β΄τμήματος ανατέθηκε σε τμηματάρχη με ιδιαίτερη ευθύνη επί των υποθέσεων του Γραφείου Ανωτέρας Εκπαιδεύσεως.

Με υπουργική διαταγή της 15ης Οκτωβρίου 1859 η εσωτερική υπηρεσία του υπουργείου καθορίσθηκε ως εξής: (1) Πέτρος Κλάδος, γραμματέας Α΄τάξεως: Μετατίθεται από το Γραφείον Αρχειοφυλακείου στο Α΄τμήμα ως βοηθός του γενικού γραμματέα• (2) Αλέξανδρος Βλάχος, γραμματέας Α΄τάξεως: Διατηρείται στη θέση του βοηθού του Β΄τμήματος• (3) Δημήτριος Πανταζής, διδάσκαλος των Ελληνικών: Βοηθός του Β΄τμήματος με υποχρέωση διόρθωσης των δοκιμίων βασιλικών διαταγμάτων και υπουργικών εγκυκλίων• (4) Μιχαήλ Καλλιφρονάς, γραμματέας Α΄τάξεως στο Γραφείον Διεκπεραιώσεως με υποχρέωση καταχώρισης στο πρωτόκολλο των εισερχομένων στο υπουργείο εγγράφων και παράδοσής τους στον επί του αρχείου γραμματέα, ο οποίος τα σημειώνει στο ευρετήριο αυθημερόν και τα διανέμει στους αρμόδιους εισηγητές• (5) Άγγελος Κυπριάδης, γραμματέας Α΄τάξεως επί του Λογιστικού: Αρμόδιος για τη διεύθυνση του Ειδικού Λογιστηρίου του υπουργείου, με επιπλέον υποχρέωση να επιτηρεί τις λογιστικές εργασίες του Αποθετικού Ταμείου των δημοδιδασκάλων, την εγγραφή στα αρμόδια βιβλία όλων των σχετικών με τα κληροδοτήματα πράξεων και την εξέλεγξη των λογαριασμών του υπουργείου με την Εθνική Τράπεζα• (6) Νικόλαος Μπάρμπανος, γραμματέας Β΄τάξεως: Μετατίθεται από το Γραφείον Λογιστηρίου στο Γραφείον Καταχωρίσεως (Αρχειοφυλακείον) • (7) Ανδρέας Μερτρούδ, γραφέας Β΄τάξεως: Αναλαμβάνει έργο βοηθού στο Γραφείον Λογιστηρίου• (8) Φ. Λιανοσταφίδας, λογιστής του Αποθετικού Ταμείου των δημοδιδασκάλων: Αναλαμβάνει έργο βοηθού στο Γραφείον Λογιστηρίου• (9) Παναγιώτης Παρθένιος, γραφέας Γ΄τάξεως: Επιφορτίζεται με την καθημερινή καταχώριση των εξερχομένων εγγράφων του υπουργείου στο πρωτόκολλο, με επιπλέον υποχρέωση να συνεπικουρεί τον επί της καταχωρίσεως γραμματέα και την αντιγραφή των εγγράφων• (10) Κωνσταντίνος Φρειδερίκος, γραφέας Β΄τάξεως (βοηθός του Διευθυντηρίου των Δημοτικών Σχολείων): Επιφορτίζεται με την αντιγραφή των προς τον βασιλέα εκθέσεων και προσαρτημένων σχεδίων διαταγμάτων, νομοσχεδίων και εκθέσεων προς τις Βουλές• (11) Γεώργιος Καρυτινός, γραφέας Γ΄τάξεως στο Γραφείον Αρχαιολογικής Υπηρεσίας (βοηθός του εισηγητού επί των Αρχαιοτήτων): Επιφορτίζεται με τις αντιγραφές του Γραφείου Διεκπεραιώσεως• (12) Ιάκωβος Δραγάτσης: Γραφέας Α΄τάξεως• (13) Ιωάννης Κάλκος: Γραφέας Α΄τάξεως• (14) Δημήτριος Μουρούζης, κλητήρας Α΄τάξεως: Επιφορτίζεται με την αυθημερόν διανομή όλων των εξερχομένων εγγράφων• (15) Γ. Γεωργακόπουλος, κλητήρας Β΄τάξεως: Επιφορτίζεται με υπηρεσία στο γραφείο του υπουργού και επιτήρηση της υπηρεσίας όλων των γραφείων• (16) Αναστάσιος Αγγελής και Αθανάσιος Τσιμαγκόπουλος, απόμαχοι: Επιφορτίζονται με τον καθαρισμό του καταστήματος του υπουργείου.

Μετά την έξωση του Όθωνα και κατά τη διάρκεια της λεγόμενης «Μεσοβασιλείας», μέχρι την άφιξη του Γεωργίου Α΄στην Ελλάδα, το υπουργείο λειτούργησε διαιρεμένο σε δύο διακεκριμένα υπουργεία: Α΄των Εκκλησιαστικών και Β΄της Δημοσίας Εκπαιδεύσεως, σύμφωνα με το ψήφισμα αρ. 5/ 11 Οκτωβρίου 1862 της Προσωρινής Κυβερνήσεως. Με δύο επιπλέον ψηφίσματα σχετικά με το προσωπικό των υπουργείων, το πρώτο της 23ης Οκτωβρίου και το δεύτερο της 15ης Δεκεμβρίου 1862, προστέθηκαν δύο γραφείς Α΄και Β΄τάξεως στο επί των Εκκλησιαστικών και ένας γραμματέας Α΄τάξεως στο επί της Δημοσίας Εκπαιδεύσεως υπουργείο, αντιστοίχως. Η ενότητα του υπουργείου αποκαταστάθηκε με το ψήφισμα ΜΖ΄της 21ης Ιουνίου 1863, «Περί σχηματισμού νέου Υπουργείου», σύμφωνα με το οποίο το έκτο υπουργείο της νέας κυβέρνησης αποτελεί εκ νέου το Υπουργείον Εκκλησιαστικών και Δημοσίας Εκπαιδεύσεως.