Η Γραμματεία «Επί των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίας Εκπαιδεύσεως» ιδρύθηκε με το Διάταγμα της 3/15ης Απριλίου του 1833. Σε αυτήν ενσωματώθηκε η Γενική Εφορεία των Αρχαιοτήτων, η οποία ιδρύθηκε με Νόμο της Αντιβασιλείας (10ης/22ης-5-1834).

Με το Σύνταγμα του 1844 οι Γραμματείς της επικράτειας μετονομάστηκαν σε Υπουργούς. Η ονομασία «Υπουργείο των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίας Εκπαιδεύσεως» καθιερώθηκε νομοθετικά με τον Νόμο ΛΓ’ της 3/7ης-6-1846. Για πρώτη φορά τότε προβλέφθηκε η εσωτερική διαίρεση του Υπουργείου, και η δημιουργία ειδικού τμήματος για τις αρχαιότητες και τα μουσεία, που ονομάστηκε Τμήμα (Β’) Αρχαιολογικό. Αρχικά, επί Όθωνος η επικράτεια ήταν διαιρεμένη σε 3 αρχαιολογικές περιφέρειες (Αττικής και Στερεάς, Πελοποννήσου και Νήσων), ενώ το 1886 οι αρχαιολογικές περιφέρειες ανήλθαν σε 11 (ΦΕΚ Α΄, 15). Το αρχείο του 19ου αιώνα, διασώζεται ως τις μέρες μας αρχειοθετημένο ανά αρχαιολογική περιφέρεια.

Στις αρχές του 20ού αιώνα, οι αρχαιολογικές περιφέρειες το 1910 ήταν 7 (Ν. 3730, ΦΕΚ Α΄, 178), ενώ το 1915 η επικράτεια διαιρέθηκε σε 12 αρχαιολογικές περιφέρειες (ΦΕΚ Α’, 80).

Το Υπουργείο των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίας Εκπαιδεύσεως μετονομάστηκε το 1926, σε Υπουργείο Θρησκευμάτων και Παιδείας (ΦΕΚ Α΄, 140). Οι αρχαιότητες και η διαχείρισή τους εξακολούθησε να βρίσκεται στην αρμοδιότητα του ανεξάρτητου Τμήματος Β’ (Αρχαιολογικό).

Το 1937 το Υπουργείο μετονομάστηκε εκ νέου σε Υπουργείο Θρησκευμάτων και Εθνικής Παιδείας (ΦΕΚ Α’, 267). Δημιουργήθηκε η Γενική Διεύθυνση Αρχαιοτήτων, Γραμμάτων και Καλών Τεχνών, στην οποία υπαγόταν η Διεύθυνση Αρχαιοτήτων και Ιστορικών μνημείων. Η τελευταία αποτελείτο από δύο τμήματα: το Τμήμα Α’ Αρχαιοτήτων και Ιστορικών Μνημείων και το Τμήμα Β’ Αναστηλώσεως Αρχαίων Μνημείων.

Με τον Α.Ν. 1158/1938 (ΦΕΚ Α΄, 121) το Τμήμα Αναστηλώσεων Αρχαίων Μνημείων αναβαθμίστηκε σε ανεξάρτητη Διεύθυνση Αναστηλώσεως Αρχαίων και Ιστορικών Μνημείων.

Με τον Α.Ν. 1491/1941 (ΦΕΚ Α΄, 455) καταργήθηκε η Γενική Διεύθυνση Αρχαιοτήτων, Γραμμάτων και Καλών Τεχνών. Στην υφιστάμενη Διεύθυνση Αρχαιοτήτων και Ιστορικών Μνημείων συμπεριελήφθη και η Υπηρεσία Αναστηλώσεως.

Με το Ν.Δ. 1521/1942 (ΦΕΚ Α΄, 182) προστέθηκαν στις αρμοδιότητες της Διευθύνσεως Αρχαιοτήτων και Ιστορικών Μνημείων το Τμήμα (Α’) Διοικητικόν, Απαλλοτριώσεων και Αρχαιολογικών Πόρων και το Τμήμα (Β’) Προσωπικού, Διεκπεραιώσεως και Αρχείων.

Με το Β.Δ. 634/1960 (ΦΕΚ Α΄, 143) η Υπηρεσία Αρχαιοτήτων και Αναστηλώσεως υπαγόταν στο Υπουργείο Προεδρίας της Κυβερνήσεως. Αποτελούνταν από: (Α) τη Διεύθυνση Αρχαιοτήτων (Τμήμα Αρχαιολογικών Χώρων και Ανασκαφών, Τμήμα Μουσείων, Τμήμα Απαλλοτριώσεων), (Β) τη Διεύθυνση Αναστηλώσεως (Τμήμα Μελετών, Τμήμα Εκτελέσεως) και (Γ) το Τμήμα Διοικητικού.

Το 1966 η Υπηρεσία μετονομάστηκε σε Γενική Διεύθυνση Αρχαιοτήτων και Αναστηλώσεως (ΓΔΑΑ) (ΦΕΚ Α΄, 184) και διαρθρώθηκε στις ακόλουθες τρεις Διευθύνσεις: (1) Διεύθυνση Αρχαιοτήτων (Τμήμα Α΄ Αρχαιολογικών χώρων και διώξεως της αρχαιοκαπηλείας, Τμήμα Β’ Μουσείων και Ιδιωτικών Συλλογών, Τμήμα Γ’ Απαλλοτριώσεων και Τμήμα Δ’ Καλλιτεχνικής, τεχνικής και εκπαιδευτικής οργανώσεως). (2) Διεύθυνση Αναστηλώσεως (Τμήμα Α’ Μελετών και έργων μνημείων, Τμήμα Β’ Μελετών και Έργων Μουσείων). (3) Διεύθυνση Ξένων Σχολών, Ανωτάτων Ιδρυμάτων και Πολιτιστικών Σχέσεων (Τμήμα Α’ Συντονισμού, Τμήμα Β’ Δημοσιευμάτων και Πνευματικής δραστηριότητος). Η τήρηση του αρχείου ανατέθηκε στο Τμήμα Γραμματείας.

Από το 1910 μέχρι το 1966 το αρχειακό υλικό διασώζεται αρχειοθετημένο θεματικά ανά έτος. Η δημιουργία της ΓΔΑΑ σηματοδοτεί ένα ορόσημο ως προς τη διαχείριση του παραγόμενου αρχειακού υλικού καθώς διακόπτεται οριστικά η ταξινόμησή του ανά θεματικές κατηγορίες. Έκτοτε αρχίζει να εφαρμόζεται η χωροχρονική ταξινόμησή του, δηλαδή, η ανά εφορεία και ανά έτος αρχειοθέτηση της διοικητικής αλληλογραφίας.

Με το Ν.Δ. 957/1971 (ΦΕΚ Α, 166) ιδρύθηκε το Υπουργείο Πολιτισμού και Επιστημών (ΥΠΠΕ).

Με την αριθμ. ΥΠ.Π.Ε./ΔΙΟΙΚ/Γ/7857/16-2-1973 Μόνιμη Οδηγία Διοικήσεως καθιερώθηκε στη ΓΔΑΑ προσωρινό Θεματολόγιο ως βασικό υπηρεσιακό μέτρο διαχείρισης της ολοένα διογκούμενης διοικητικής αλληλογραφίας. Η εν λόγω μέθοδος, που εξασφάλιζε την ομοιομορφία ως προς την αρχειοθέτηση της παραγόμενης αλληλογραφίας, διαμόρφωσε τη δομή του σωζόμενου αρχειακού υλικού και είναι σε χρήση μέχρι τις μέρες μας. Η αρίθμηση των φακέλων (φ.) των υποθέσεων που διαχειριζόταν η κεντρική Υπηρεσία έγινε ανά περιφερειακή υπηρεσία αρχαιοτήτων (εφορεία).

Με το Π.Δ. 941/1977 (ΦΕΚ Α΄, 320) η ΓΔΑΑ αποκτά τη διάρθρωση που με μικρές διαφοροποιήσεις ισχύει μέχρι τις μέρες μας. Απαρτίζεται από: (α) την Υπηρεσία Αναστήλωσης, (β) τη Διεύθυνση Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων (Δ.Π.Κ.Α.), (γ) τη Διεύθυνση Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων (Δ.Β.Μ.Μ.), (δ) τη Διεύθυνση Αρχείου Μνημείων και Δημοσιευμάτων (Δ.Α.Μ.Δ.), (ε) τη Διεύθυνση Συντήρησης Αρχαιοτήτων, (στ) το Τμήμα Απαλλοτριώσεων και (ζ) τη Γραμματεία του Αρχαιολογικού Συμβουλίου.

Η Δ.Π.Κ.Α.. διαρθρώθηκε σε Τμήμα Αρχαιολογικών Χώρων και Φυσικών Τοπίων (Α1), σε Τμήμα Μουσείων (Α2) και σε Τμήμα Ξένων Σχολών (Α3). Αντίστοιχη διάρθρωση ακολουθήθηκε και για τη Δ.Β.Μ.Μ (Τμήμα Β1, Β2). Η Δ.Α.Μ.Δ. απαρτίστηκε από το Τμήμα Αρχείου Μνημείων και το Τμήμα Δημοσιευμάτων. Μεταξύ των κυριότερων αρμοδιοτήτων της τελευταίας ήταν η τήρηση του Αρχείου της Κεντρικής Υπηρεσίας (ΓΔΑΑ).

Με τον Ν. 1558/1985 (ΦΕΚ Α΄, 137) το Υπουργείο μετονομάστηκε σε Υπουργείο Πολιτισμού.

Με το Π.Δ. 426 (ΦΕΚ Α΄, 163/30-11-1990) τόσο η Διεύθυνση Αρχαιοτήτων όσο και η Διεύθυνση Αναστήλωσης μετατράπηκαν σε Γενικές Διευθύνσεις. Η Γενική Διεύθυνση Αρχαιοτήτων είχε την ακόλουθη διάρθρωση:
(Α) Διεύθυνση Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων
(Β) Διεύθυνση Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Μνημείων
(Γ) Αρχείο Μνημείων και Δημοσιευμάτων
(Δ) Διεύθυνση Συντήρησης
-Τμήμα Απαλλοτριώσεων
-Γραμματεία Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου

Με το Π.Δ. 191/2003 (ΦΕΚ Α΄, 146) η Κεντρική Υπηρεσία διαιρέθηκε σε τέσσερις Γενικές Διευθύνσεις. Στην αρμοδιότητα της Γενικής Διεύθυνσης Αρχαιοτήτων και Πολιτιστικής Κληρονομιάς (Γ.Δ.Α.Π.Κ.) βρίσκονταν επτά Διευθύνσεις και δύο Τμήματα. Η Διεύθυνση Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων (Δ.Π.Κ.Α.) συγκροτήθηκε από το Τμήμα Αρχαιολογικών Χώρων, Μνημείων και Αρχαιογνωστικής Έρευνας (Α1), το Τμήμα Ελληνικών και Ξένων Επιστημονικών Ιδρυμάτων, Οργανισμών και Διεθνών Θεμάτων (Α2) και το Τμήμα Γραμματειακής και Οικονομικής Υποστήριξης (Α3). Αντίστοιχα η Διεύθυνση Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Αρχαιοτήτων (Δ.Β.Μ.Α.) συγκροτήθηκε από τα Τμήματα Β1,Β2 και Β3. Η Δ.Α.Μ.Δ. μετονομάστηκε σε Διεύθυνση Εθνικού Αρχείου Μνημείων (Δ.Ε.Α.Μ.).

Με το Π.Δ. 186/2009 (ΦΕΚ Α’, 213) το Υπουργείο Πολιτισμού συγχωνεύτηκε με το Υπουργείο Τουριστικής Ανάπτυξης (ΥΠ.ΠΟ.Τ.).

Με το Π.Δ. 85/2012 (ΦΕΚ Α΄, 141) συγκροτήθηκε το Υπουργείο Παιδείας και Θρησκευμάτων, Πολιτισμού και Αθλητισμού (Υ.ΠΑΙ.Θ.Π.Α.).

Με το Π.Δ. 118/2013 (ΦΕΚ Α’, 152) το Υπουργείο μετονομάστηκε σε Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού (ΥΠ.ΠΟ.Α.).

Με το Π.Δ. 24 (ΦΕΚ Α’, 20, 27-1-2015) το Υπουργείο μετονομάστηκε σε Υπουργείο Πολιτισμού, Παιδείας και Θρησκευμάτων (Υ.ΠΟ.ΠΑΙ.Θ.).

Με το Π.Δ. 70 (ΦΕΚ Α’ 114, 22-9-2015) το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού ανασυστάθηκε (ΥΠ.ΠΟ.Α.).

Το Ι.Α.Α.Α. διασώζει το αρχειακό υλικό, που παράχθηκε από την Κεντρική Υπηρεσία Αρχαιοτήτων από το 1834 μέχρι το τέλος του 20ού αιώνα. Το μεγαλύτερο μέρος του αποτελείται από τη διοικητική αλληλογραφία, που παράχθηκε από τα Τμήματα Α1-Α2 της Δ.Π.Κ.Α., και Β1-Β2 της Δ.Β.Μ.Α.

Στο Ι.Α.Α.Α. φυλάσσεται ακόμη και τμήμα του ενεργού Αρχείου της Δ.Π.Κ.Α και της Δ.Β.Μ.Α. των ετών 2000-2010 που παράχθηκε από τα Τμήματα Α1 της Δ.Π.Κ.Α. και Β1 της Δ.Β.Μ.Α. και αποτελείται από διοικητική αλληλογραφία.