Το αρχείο διαρθρώνεται σε τρεις σειρές ως εξής: όπως: α) γνωματεύσεις της Επιτροπής του Εκκλησιαστικού Ταμείου για την εκκλησιαστική και μοναστηριακή περιουσία, β) πρακτικά συνεδριάσεων Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, γ) κτήριο και προσωπικό Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, δ) συντάξεις αμνηστευθέντων κληρικών (θυρίδα 100/3) καθώς επίσης και φάκελοι που αφορούν στην οικονομική λειτουργία του Ταμείου: μισθοί προσωπικού και Επιτρόπου, χρηματικά εντάλματα του Γενικού Ταμείου Εκκλησιαστικού, εγγυητές και χρέη προς το Ταμείο κά. (θυρίδα 100/4). Περιλαμβάνονται ακόμα φάκελοι "διοικητικών ταμείων" Μήλου, Σκιάθου, Σκοπέλου, και διάφορα ποικίλα του Υπουργείου Εκκλησιαστικών.
Στην Β΄ σειρά της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως περιλαμβάνονται έγγραφα που αφορούν: Δημοτικά σχολεία αρρένων, Δημοτικά σχολεία κορασίων, Νηπιακά σχολεία, Δημοδασκάλους και δημοτικά σχολεία του κράτους γενικά, το Προσωπικό δημοτικών σχολείων και τα βοηθήματά τους, το Αρχιτεκτονικό Σχολείο, τα Ιδιωτικά Σχολεία, των Καθολικών Σχολεία, τα Ναυτικά Σχολεία, την Μουσική Εκκλησιαστική Σχολή, το Πανεπιστήμιο, το Πολυτεχνικόν Σχολείον, το Σχολείον Πυροβολιστών, τη Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή, τη Σχολή κορασίων Ρόμπερτσον, τα Σχολεία της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας, το Χειρουργικόν Σχολείον, τη Σχολή Χίλλ, τη Μαιευτική Σχολή, την Αρχαιολογική Εταιρεία, τις Αρχαιότητες Αιγαίου, Πελοποννήσου και Στερεάς Ελλάδος, το Αστεροσκοπείο, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη: Γενικά-Πώληση και διανομή βιβλίων, τις Ειδικές Βιβλιοθήκες των Ελληνικών Σχολείων, το Βιβλιοπωλείο της Βασιλικής Τυπογραφίας και Βιβλία διδακτικά, Βιβλιοπώλες και απαγόρευση βιβλίων, Εφημερίδες, την Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, Κληροδοσίες, Προσφορές, τις Οικοδομές, τους Καθυστερούμενους μισθούς διδασκάλων του κράτους, τα Μουσεία, τη Νομισματική Συλλογή, τις Συνδρομές συγγραμμάτων, το Βασιλικόν Τυπογραφείον, τα Καταστήματα Κωφών, την Ιατρική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Σχολή, τη Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία, τη Φιλολογική Λέσχη, τη Φυσικοϊστορική Εταιρεία, την Εταιρεία Ωραίων Τεχνών και την Παιδεία γενικά. Η Γ΄ σειρά των Χρηματικών Ενταλμάτων δημιουργήθηκε για λόγους πρακτικούς και περιλαμβάνει στελέχη χρηματικών ενταλμάτων που σχετίζονται με τις δαπάνες της Γραμματείας/Υπουργείου Εκκλησιαστικών και Δημοσίου Εκπαιδεύσεως, επιμεριζόμενες σε δύο τμήματα που αντιστοιχούν στις σειρές Α΄ και Β΄.

Το αρχείο αποτελεί τμήμα του αρχείου της Κεντρικής Υπηρεσίας του Υπουργείου Οικονομικών και περιλαμβάνει τεκμήρια της διαχείρισης των εθνικών (δημόσιων) κτημάτων από το ελληνικό κράτος, σχετικά με παραχωρήσεις, εκποιήσεις και ενοικιάσεις των εθνικών (δημόσιων) αγαθών. Οι φάκελοι περιλαμβάνουν αιτήσεις ιδιωτών, αναφορές τοπικών διοικητικών και οικονομικών αρχών, πρακτικά καταμετρήσεων και δημοπρασιών εθνικών γαιών, πρωτόκολλα ένορκων εξομολογήσεων και πιστοποιητικά ταυτοπροσωπίας, στατιστικούς πίνακες παραχωρούμενων εθνικών γαιών, παραχωρητήρια, δικόγραφα, αποδεικτικά πληρωμών κ.α.

Πρόκειται για συμπληρωματικό αρχείο της αντίστοιχης ενότητας του Υπουργείου Οικονομικών και περιλαμβάνει τεκμήρια της διαχείρισης των εθνικών (δημόσιων) κτημάτων από το ελληνικό κράτος, σχετικά με παραχωρήσεις, εκποιήσεις και ενοικιάσεις των εθνικών (δημόσιων) αγαθών.

Το αρχείο διαρθρώνεται σε υποαρχεία των επιμέρους Τμημάτων του με τις αρχειακές σειρές να διαμορφώνονται ως ακολούθως: Τμήμα Α' Διοικητικό: Αλλαγές επωνύμων, Αλλοδαποί-ειδήσεις μεθορίου, χορηγούμενες άδειες περιήγησης της Ελλάδας, Αστυνομία, Δημαιρεσιακά έξοδα, Δημόσια ασφάλεια, Εκδουλεύσεις αγωνιστών, Εκλογικά, Επικουρίες και αμοιβές, Καθυστερούντες και καθ' υπέρβαση μισθοί και έξοδα, Μισθοί και έξοδα διοικητικών υπαλλήλων, Μισθοί και έξοδα ποινικών υπαλλήλων, Πολιτογραφήσεις, Προσωπικό υπουργείων και νομαρχιών, Στρατός, Συντάξεις απομάχων χηρών και ορφανών, Τελετές και πανηγύρεις, Φυλακές. Τμήμα Β' Δημοτικό: Αγαθοεργίες και αγαθοεργά καταστήματα, Αναθήματα-κληροδοτήματα, Δημοτικά διοικήσεων και νομών, Δημοτικές αρμοδιότητες, Δημοτικοί κανονισμοί, Εκθετα τέκνα, Επαρχιακά διοικήσεων και νομών, Επαρχιακά Συμβούλια, Ερανοι, Καθυστερούντες και καθ' υπέρβαση μισθοί και έξοδα, Φορολογία. Τμήμα Γ' Υγειονομικό: Εμβολιασμοί, Ιατρική εκπαίδευση, Μεταβολές ιατρικού προσωπικού, Μεταβολές υγειονομικών υπαλλήλων, Μισθοί και έξοδα υγειονομικών υπαλλήλων και ιατρών, Νόσοι εσωτερικοί-εξωτερικοί, Σύσταση και υπηρεσία λοιμοκαθαρτηρίων, Σύσταση και υπηρεσία υγειονομείων, Υγειονομικαί εισπράξεις, Υγειονομικές καθάρσεις, Υγειονομικές παραβάσεις, Υγειονομικοί κανονισμοί, Υπηρεσία ιατρών, Φάρμακα και φαρμακεία, Φωτισμός-καθαριότητα και νεκροταφεία πόλεων. Τμήμα Δ' Δημόσιας Οικονομίας: Αποικίες-μετοικεσίες-συνοικισμοί, Αρχαιότητες, Ασφαλιστικά καταστήματα, Ατμοπλοΐα, Βιομηχανία-θέατρα-παγκόσμιες εκθέσεις, Γεωργία, Γραφείο Δημόσιας Οικονομίας, Δασονομία-αγρονομία-αγροφυλακή-Γεωργική Σχολή Τίρυνθας , Δενδροκομεία, Δημητριακοί καρποί, Δημόσιοι πρόσοδοι, Εθνικά- ιδιωτικά-διαφιλονικούμενα-εκκλησιαστικά κτήματα και προικοδοτήσεις, Εθνικά-διαφιλονικούμενα-εκκλησιαστικά κτήματα και προικοδοτήσεις, Εκπαιδευτικά καταστήματα-υπότροφοι, Εμπόριο, Επιστημονικές συλλογές, Εφημερίδες και περιοδικά συγγράμματα, Ιπποφορβείο, Κατάπλοι και απόπλοι, Κτηνοτροφία, Λατομεία, Λαχεία, Μεταθέσεις πρωτευουσών, Μέταλλα-μεταλλεία, Μέτρα και σταθμά, Μνημεία, Ναυτιλία, Οροθεσίες δήμων και χωριών, Παράσημα, Σιδηρόδρομοι, Στατιστικά, Συγχωνεύσεις και μετασχηματισμοί δήμων, Σχέδια πόλεων, Ταχυδρομικά, Ταχυδρομικά τέλη, Ταχυδρομικές συμβάσεις, Τηλεγραφικά, Τοπογραφικοί χάρτες, Υλοτομία, Χρηματικές προκαταβολές, Χρηματικές τράπεζες, Χρηματικές τράπεζες-χρηματικές προκαταβολές-τοπογραφικοί χάρτες. Τμήμα Ε' Δημοσίων Έργων: Oδοποιΐα, Γεφυροποΐα, Δημόσια κτίρια, Ιερά καταστήματα, Λιμενικά έργα: φάροι-προκυμαίες, Μηχανικό: υπηρεσία γεωμετρών και αρχιτεκτόνων, Μισθοί και έξοδα προσωπικού δημοσίων έργων, Υδραυλικά έργα: φρέατα-διώρυγες-οχετοί-αποξηράνσεις λιμνών και ελών.

Τοπογραφικά σχέδια διαφόρων περιοχών (Αττική, Θεσσαλονίκη, Μεσολόγγι, Σπάρτη), συλλογή συμβολαίων (μεταξύ των οποίων και του κόμιτος Abudio Botzari ή Μποτσάρι), υλικό σχετικό με εκκλησιαστικά κτήματα, την Αεροπορική Άμυνα, Υπουργείο Οικονομικών και Μικτή Οθωμανική Επιτροπή. Επίσης, στοιχεία σχετικά με την ιδιοκτησία της Μονής Πετράκη.