Το αρχείο διαρθρώνεται σε τρεις σειρές ως εξής: όπως: α) γνωματεύσεις της Επιτροπής του Εκκλησιαστικού Ταμείου για την εκκλησιαστική και μοναστηριακή περιουσία, β) πρακτικά συνεδριάσεων Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, γ) κτήριο και προσωπικό Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, δ) συντάξεις αμνηστευθέντων κληρικών (θυρίδα 100/3) καθώς επίσης και φάκελοι που αφορούν στην οικονομική λειτουργία του Ταμείου: μισθοί προσωπικού και Επιτρόπου, χρηματικά εντάλματα του Γενικού Ταμείου Εκκλησιαστικού, εγγυητές και χρέη προς το Ταμείο κά. (θυρίδα 100/4). Περιλαμβάνονται ακόμα φάκελοι "διοικητικών ταμείων" Μήλου, Σκιάθου, Σκοπέλου, και διάφορα ποικίλα του Υπουργείου Εκκλησιαστικών.
Στην Β΄ σειρά της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως περιλαμβάνονται έγγραφα που αφορούν: Δημοτικά σχολεία αρρένων, Δημοτικά σχολεία κορασίων, Νηπιακά σχολεία, Δημοδασκάλους και δημοτικά σχολεία του κράτους γενικά, το Προσωπικό δημοτικών σχολείων και τα βοηθήματά τους, το Αρχιτεκτονικό Σχολείο, τα Ιδιωτικά Σχολεία, των Καθολικών Σχολεία, τα Ναυτικά Σχολεία, την Μουσική Εκκλησιαστική Σχολή, το Πανεπιστήμιο, το Πολυτεχνικόν Σχολείον, το Σχολείον Πυροβολιστών, τη Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή, τη Σχολή κορασίων Ρόμπερτσον, τα Σχολεία της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας, το Χειρουργικόν Σχολείον, τη Σχολή Χίλλ, τη Μαιευτική Σχολή, την Αρχαιολογική Εταιρεία, τις Αρχαιότητες Αιγαίου, Πελοποννήσου και Στερεάς Ελλάδος, το Αστεροσκοπείο, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη: Γενικά-Πώληση και διανομή βιβλίων, τις Ειδικές Βιβλιοθήκες των Ελληνικών Σχολείων, το Βιβλιοπωλείο της Βασιλικής Τυπογραφίας και Βιβλία διδακτικά, Βιβλιοπώλες και απαγόρευση βιβλίων, Εφημερίδες, την Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, Κληροδοσίες, Προσφορές, τις Οικοδομές, τους Καθυστερούμενους μισθούς διδασκάλων του κράτους, τα Μουσεία, τη Νομισματική Συλλογή, τις Συνδρομές συγγραμμάτων, το Βασιλικόν Τυπογραφείον, τα Καταστήματα Κωφών, την Ιατρική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Σχολή, τη Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία, τη Φιλολογική Λέσχη, τη Φυσικοϊστορική Εταιρεία, την Εταιρεία Ωραίων Τεχνών και την Παιδεία γενικά. Η Γ΄ σειρά των Χρηματικών Ενταλμάτων δημιουργήθηκε για λόγους πρακτικούς και περιλαμβάνει στελέχη χρηματικών ενταλμάτων που σχετίζονται με τις δαπάνες της Γραμματείας/Υπουργείου Εκκλησιαστικών και Δημοσίου Εκπαιδεύσεως, επιμεριζόμενες σε δύο τμήματα που αντιστοιχούν στις σειρές Α΄ και Β΄.

Έγγραφα της Γραμματείας των Μητροπολιτών Κερκύρας. (Εκκλησιαστικές διαδικασίες σχετικές με βαπτίσεις και γάμους, χειροτονίες, αργίες, συνελεύσεις ιερέων, αφορισμοί, αλληλογραφία, εφέσεις σε αποφάσεις επισκόπων των άλλων νησιών καθώς και διαχειριστικά οικονομικά στοιχεία της Μητρόπολης).

• Διοικητικά έγγραφα σχετικά με την εσωτερική λειτουργία και την ακίνητη περιουσία των νομικών προσώπων (καταστατικός χάρτης, αποφάσεις διοικητικών οργάνων, αποφάσεις διορισμών θρησκευτικών λειτουργών, αλληλογραφία κ.λπ.)
• Οικονομικά στοιχεία (αποδείξεις πληρωμών κ.λπ.)
• Ληξιαρχικά αρχεία (τελέσεων γάμων, πιστοποιητικά βαπτίσεων, διαζευκτήρια) καθώς και πιστοποιητικά αγαμίας και βεβαιώσεις Χριστιανισμού
• Γραπτά κείμενα και συγγράματα θρησκευτικού, ιστορικού και άλλου περιεχομένου.

Αλληλογραφία, Πρακτικά Συνεδριάσεων της Δημογεροντίας, του Μικτού Εκκλησιαστικού Δικαστηρίου, του Πνευματικού Δικαστηρίου και της Εκπαιδευτικής Εφορίας, Βιβλία Ταμείου και Καθολικά της Μητρόπολης και της Δημογεροντίας, κατάστιχα του Κοινοτικού Κηροποιείου.

1) Επτά βιβλία καθολικά εσόδων και πόρων (1949-1983). 2) 22 γραμμάτια εισπράξεως (1995-2005). 3) 20 εντάλματα πληρωμής (1995-2005).

Κώδιξ Ιερού Ναού Αγίου Αθανασίου 1890 (1818-1924) και κατάλογος των κινητών πραγμάτων και ακινήτων κτημάτων του ναού (1886-1917). Βιβλίον εισπρακτέων εσόδων της ενορίας της Αχειροποιήτου Εκκλησίας Θεσσαλονίκης (1939-1941), Κατάστιχο εσόδων-εξόδων "του Κοινού της Πολιτείας Θεσσαλονίκης και το χρέος της Πολιτείας Θεσσαλονίκης" (1792-1797).

Το αρχείο περιλαμβάνει βιβλίο πράξεων, βιβλίο εσόδων, πρωτόκολλα αλληλογραφίας, αλληλογραφία και οικονομικά στοιχεία.

Βιβλία πρακτικών ενοριακού συμβουλίου και πρωτόκολλου παράδοσης - παραλαβής εκκλησιαστικής περιουσίας.

Τμήμα αρχείου του τμήματος Εκκλησιαστικών και περιλαμβάνει έγγραφα που αφορούν:
Υπηρεσιακές μεταβολές ηγουμένων, μοναχών, αρχιεπισκόπων, μητροπολιτών, επισκόπων, βοηθών επισκόπων, εξάρχων, αρχιερατικών επιτρόπων και άλλου προσωπικού μονών (επιστάτες κ.λ.π.), πειθαρχικά μοναχών, ιερομόναχων, ιερέων, εφημερίων, αρχιμανδριτών, ενορίες, εφημέριους, εξωκκλήσια, νεκροταφεία, διαχείριση μοναστηριακής περιουσίας, ενοικιάσεις πολυετείς και μονοετείς καθώς και εκποιήσεις μοναστηριακών και εκκλησιαστικών κτημάτων, κατασκευές και επισκευές ναών και μονών, οικονομικά και δικαστικά θέματα ναών και μονών, μονές, επισκοπές, εκκλησίες εντός και εκτός του κράτους, κληροδοσίες, υποτροφίες κληρικών, γάμους, αποβιώσεις, στρατεύσιμους ιερείς, αλληλογραφία με Γενικό Εκκλησιαστικό Ταμείο, Ιερατικές Σχολές, Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή κ.λπ.

Διαχειριστικά έγγραφα που αφορούν στην εκμετάλλευση της κτηματικής περιουσίας των εκκλησιών (ειδοποιήσεις εκτιμήσεως και ενοικιάσεως του ελαιοκάρπου, συμβόλαια ενοικιάσεως, αιτήσεις, αποφάσεις του Εισπράκτορα των Δημοσίων Εισοδημάτων). Πράξεις, αποφάσεις και πρακτικά των συνελεύσεων των συναδελφικών εκκλησιών, εκλογές Κυβερνητών και Εφημερίων καθώς και διαταγές προς αυτούς. Κλήσεις σε οφειλέτες των εκκλησιών, άδειες ενταφιασμού, κατάλογοι περιουσιακών στοιχείων, εγγράφων και συναδελφών των εκκλησιών, αντίγραφα πλειστηριασμών, ληξιαρχικών πράξεων γεννήσεων, γάμων και θανάτου καθώς και λογοδοσίες εκκλησιών.

Αλληλογραφία Αρχείου Θρησκείας με τον Έπαρχο, εκλογές επιτρόπων εκκλησιών, κατάλογοι μελών αδελφοτήτων, αιτήσεις επιτρόπων, οικονομική διαχείριση εκκλησιών, κατάλογοι εκκλησιών πόλεως και υπαίθρου (1755), σχέδια οικοδομής οικημάτων σε χώρους εκκλησιών, εκμισθώσεις ελαιοκάρπου εκκλησιών, λογοδοσίες εκκλησιών, πίνακες ετησίων προσόδων εκκλησιών, εκτιμήσεις και προσφορές ελευθέρου ελαιοκάρπου εκκλησιών, αναφορές επιτρόπων εκκλησιών προς το Αρχείο Θρησκείας, αντίγραφα πιστοποιητικών, περιουσιακά στοιχεία εκκλησιών.

Τέσσερεις (4) κώδικες μητροπολιτικοί με προικοσύμφωνα και προικοτιμήσεις, Διαθήκες, Συμβολαιογραφικές πράξεις, θεωρήσεις λογαριασμών εκκλησιών (χρ. 1812-1915)

Βιβλίο ταμείου (libro cassa) («Βιβλίον λεγόμενον Κάσσα») του Ι.Ν. Αγίου Αρσενίου Σπαρτίλλα.

Η συλλογή περιλαμβάνει 224 έγγραφα, κατά κύριο λόγο των ετών 1820‐1830. Πρόκειται στην πλειοψηφία τους για απαντητικές επιστολές του Πατριάρχου Αντιοχείας Μεθοδίου (1823‐1850) στον Χατζή Πανανό Θεοδοσίου (καπουκεχαγιά της Άνδρου) ο οποίος, εγκατεστημένος στην Κωνσταντινούπολη, φρόντιζε για οικονομικές κυρίως υποθέσεις του πατριαρχείου (χρέη κ.α.) ιδίως έναντι του πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως. Οι επιστολές είναι συνταγμένες στην ελληνική γλώσσα, αρκετές όμως από αυτές και στην καραμανλίδικη. Εκτός του ανωτέρω κεντρικού πυρήνα, στη συλλογή συγκαταλέγονται και άλλα, περιφερειακά, έγγραφα, προγενέστερα και μεταγενέστερα (και σε τουρκική γλώσσα με αραβική γραφή καθώς επίσης και στην ιταλική, γαλλική και αγγλική γλώσσα). Ανάμεσα σε αυτά ξεχωρίζουν δύο μεγάλων διαστάσεων επιστολές, των αρχών του 19ου αιώνα, προς τις οθωμανικές αρχές με τις πρωτότυπες υπογραφές όλων των προεστών της νήσου Άνδρου.