Η συλλογή περιέχει πρωτότυπα έγγραφα και χειρόγραφα που αφορούν, κυρίως, στην εκκλησιαστική, πολιτική και εσωτερική ιστορία των νησιών του Αιγαίου Πελάγους και άλλων ελληνικών χωρών τους χρόνους της Φραγκοκρατίας και της Τουρκοκρατίας, αντίγραφα και φωτογραφίες εγγράφων και χειρογράφων από αρχεία της Ευρώπης, της Ελλάδας και της Ανατολής, διάφορα χειρόγραφα και σημειώματα του ιστοριοδίφη καθώς και την αλληλογραφία του με διαπρεπείς Έλληνες και ξένους επιστήμονες.
Επίσης, περιλαμβάνει διάφορα φιρμάνια, μπουγιουρντί, ακτιναμέδες (ahitname) και άλλα έγγραφα, που αφορούν ποικίλες υποθέσεις των νησιών του Αιγαίου Πελάγους, όπως φορολογικές υποθέσεις, απόδοση ιλτιζάμ (iltizam) νήσων και εκμίσθωση δεκάτης, διενέξεις Φράγκων και Ρωμαίων, αποστολή ανδρών και υλικών για τις ανάγκες του αυτοκρατορικού στόλου, περί προστασίας ρωσικών εμπορικών πλοίων, περί μη καταπίεσης ραγιάδων, περί επίλυσης διαφορών ραγιάδων, κ.ά.

Ο κατάλογος της συλλογής διαιρείται σε εννιά (9) κεφάλαια:

1. Εκκλησιαστικά και μοναστηριακά (Πατριαρχεία Κωνσταντινουπόλεως, Ιεροσολύμων, Μητροπόλεις Αγαθοπόλεως, Αθηνών, Άρτης, Βάρνας, Ευρίπου, Εφέσου, Ηρακλείας, Ιωαννίνων, Καισαρείας, Μονεμβασίας, Σάμου, Τυρνόβου, Επισκοπές, Μονές, Μονύδρια, Ναοί)
2. Λατινική Εκκλησία των Νήσων,
3. Σχολικά (Κάσος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Φολέγανδρος),
4. Κοινοτικά (Κέα, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Πάτμος, Σύρος, Φολέγανδρος),
5. Διοικητικά και Φορολογικά (Λατίνοι δυνάστες, Τουρκοκρατία-Νήσοι Αιγαίου, Άνδρος, Μύκονος, Νάξος, Πάρος, Σίκινος, Σύρος, Φολέγανδρος),
6. Ελληνικές Παροικίες του Εξωτερικού (Ανκόνα & Λιβόρνο),
7. Ιδιωτικά,
8. Διάφορα,
9. Χειρόγραφα
   και εντός των κεφαλαίων έγιναν μικρότερες υποδιαιρέσεις κατά γεωγραφικές ενότητες.

Αναλυτικότερα:
Κ36_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: χειρόγραφα 1-6
Κ37_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 1-43
Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 44-59,
Κ38_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 60-90
Κ39_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 91-110
Κ40_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 111-135
Κ41_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 136-155
Κ42_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 156-172
Κ43_Συλλογή Περικλέους Ζερλέντη: φ. 173-185

Συλλογή εγγράφων διαφόρων Μονών της Αιτωλίας (πωλητήρια, διαθήκες, ψυχοχάρτια, αφιερωτικά, ομολογίες, επιστολές, οθωμανικά ταπιά (tapu), χοτζέτια (huccet), φετφάδες (fetva), μπουγιουρντί (buyuruldu), τεζκερέδες (tezkere), κ.ά.) που αφορούν, κυρίως, στην κτηματική περιουσία των Μονών.

Διοριστήριο έγγραφο του ταγματάρχη Δημητρίου Βότζαρη (1855).
Κοινοποίηση του Υπουργείου επί του Βασικλικού Οίκου και των Εξωτερικών Σχέσεων προς τον ταγματάρχη Ιωάννη Δράκο με συνημμένο έγγραφο του Υπουργείου Στρατιωτικών (1860).
Απόσπασμα Αυτοκρατορικού Κτηματολογίου Καλλιπόλεως με ελληνική μετάφραση (1886).
Λαχείο Εθνικού Στόλου και Αρχαιοτήτων της Ελλάδος (1913).
Δίπλωμα απονομής μεταλλίου στον συνταγματάρχη Νικόλαο Δράκο (1914) για τη συμμετοχή του στη μάχη του Λαχανά.
Έγγραφο της Singer Sewing Machine Company.
Έγγραφο του Βασιλικού Αυλαρχείου προς το Γενικό Επιτελείου Ναυτικού (1958).

Συλλογή αρχιμανδρίτη και ιεροκήρυκα Ιωάσαφ (Χρήστου Νίφωνα του Διονυσίου) (1923 - 1960). Περιλαμβάνει αλληλογραφία με μοναχούς του Αγίου Όρους, κυρίως της Ιεράς Μονής Μεγίστης Λαύρας, επιστολές μητροπολιτών, ιερωμένων, Αρχιεπισκοπής Αθηνών, Υπουργείου Παιδείας και Στρατιωτικών σχετικά με τα κηρύγματα του Ιωάσαφ και άλλα θέματα. Έγγραφο των γερμανικών αρχών της Πάτρας (1943) και του 2ου Συντάγματος Πελοποννήσου (Ιούλιος 1944) για ελευθέρα κυκλοφορία και είσοδο στις φυλακές του Ιωάσαφ. Κοινοποίηση από Δήμο Αθηναίων προς τον πρόεδρο του εκκλησιαστικού συμβουλίου Ιερού Ναού Αγίας Τριάδας ευχαριστήριας επιστολής του πρωθυπουργού της Νέας Ζηλανδίας για τη βοήθεια των κατοίκων των Αμπελοκήπων σε Νεοζηλανδούς στρατιώτες. Φωτογραφίες και καρτ ποστάλ Μονών του Αγίου Όρους και άλλων μοναστηριών (Καστοριά, Άργος, Θεσσαλονίκη) Δημοτικού Νοσοκομείου Ξάνθης, εκδηλώσεων στην Ξάνθη και στον Άραξο κατά την υποδοχή του βασιλιά Παύλου, εγκαινίων ισραηλιτικού σχολείου στο Ψυχικό κ.ά.

"Ημερολόγιο του τρίτου τάγματος του Αγίου Αυγουστίνου" των Ασσομψιονιστών μοναχών με χειρόγραφες σημειώσεις της περιόδου 1945 - 1949.

Εικοσιένα (21) έγγραφα αναφερόμενα σε κτηματικά ζητήματα μεταξύ Mονής Ήλιας Αγίου Γεωργίου Ξηροχωρίου Ευβοίας και οικογενειών Ρούκη, Μπαλάνου και Μπότσαρη.

Έγγραφα της Μονής Αγίου Βησσαρίωνος Δουσίκου Τρικάλων [μεταξύ των οποίων και σιγίλλιο του Πατριάρχη Ιερεμία και μια (1) επιστολή του Ιωάννη Μπογδάνου βοεβόδα πάσης Ουγγροβλαχίας].

Έγγραφα πατριαρχικά, επισκοπικά & νομικού χαρακτήρα της Ιεράς Μονής Αγίου Αντωνίου Μάρπησσας Πάρου.

Συλλογή που περιλαμβάνει:
Α. Έγγραφα Ιεράς Μονής Κοιμήσεως της Θεοτόκου στην Αίγινα:

1. Γράμμα πωλητήριο της Ι. Μ. Κοιμήσεως της Θεοτόκου στη θέση Ξένου Ράχις στην Αίγινα (24 Απριλίου 1808).
2. Επίσημο πωλητήριο έγγραφο της ίδιας Μονής τη (11 Νοεμβρίου 1846)
3. Αποδεικτικό επίδοσης δικαστικού κλητήρα σχετικά με αγρό της ίδιας Μονής (17 Ιουνίου 1939).
4. Συμβόλαιο πώλησης αγρού στο χωριό της Αίγινας Άγιος Αντώνιος (13 Οκτωβρίου 1873).

Β. Αρχείο Βλαντή από την Λευκάδα:

1. Πέντε (5) διπλώματα ελευθέρων τεκτόνων των ετών 1894, 1896, 1901 και 1908.
2. Διάφορα δικαστικά και οικογενειακά έγγραφα του Ιωάννη Βλαντή της περιόδου 1845 - 1883 (33 έγγρ.).

Συλλογή πατριαρχικών και εκκλησιαστικών εγγράφων και σιγιλλίων: σιγίλλιο του Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Κυρίλλου Α΄ (Λουκάρεως) (1620), του Πατριάρχη Διονυσίου Δ΄ σχετικά με τη Μονή Ευαγγελιστρίας Ζαγαρά (1679), του Κυρίλλου Ε΄ για τη Μονή της Υπεραγίας Θεοτόκου της Ζωοδόχου Πηγής στη νήσο Πιπέρι Αλοννήσου (1753), του Γρηγορίου του Ε΄σχετικά με τη Μονή Ευαγγελιστρίας Ζαγαρά (1798), κ.ά.

Βιβλίο με αντίγραφα νοταριακών πράξεων του Πρωτονοταρίου και Καντζελλαρίου Μυκόνου Ιερομονάχου Γερασίμου του Βίδου. Καλύπτει την περίοδο από 28 Δεκεμβρίου 1663 έως 10 Απριλίου 1689.

Χαρακτικό με τέσσερα θέματα. Οι τρεις πρώτες απεικονίσεις παρουσιάζουν διαφόρους τύπους ιεραρχών και ιερέων με αρίθμηση στους τίτλους, ενώ στην τελευταία απεικονίζεται νεαρή αρραβιωνιασμένη Ελληνίδα.

Ο πλήρης τίτλος (και των τεσσάρων θεμάτων) του χαρακτικού έχει ως εξής:

Évêque benissant les eaux. 1. Papas, ou Prêtre Grec en ses Habits Pontificaux. 2. Cloche des Caloyers [Ο επίσκοπος ευλογεί τα ύδατα. 1. Παπάς ή Έλληνας ιερέας με επίσημα άμφια. 2. Καλογερικό σήμαντρο] [Bishop blessing the water. 1. Papas or Greek Priest in his Pontifical Clothes. 2. Monastery bells of caloyers] Patriarche de Constantinople [Πατριάρχης της Κωνσταντινούπολης] [Patriarch of Constantinople] a. Archiprêtre, ou Protopapas. b. Papas en robe fourrée [a. Αρχιερέας ή Πρωτόπαπας. b. Παπάς με γούνινο ένδυμα] [a. Archpriest or Protopapas b. Papas in fur coat] / Fiancée Grecque sur un Sopha [Μνηστευμένη Ελληνίδα σε καναπέ] [Greek fiancée on a sofa]

Σχεδιαστής: [Picart, Βernard]
Χαράκτης: Picart, Βernard
Εκδότης: [Chez J. F. Bernard]

Απεικόνιση του Αγίου Νικολάου και της Μονής Γρηγορίου στο Άγιο Όρος, στην οποία γίνεται αφιέρωση. Η εικόνα του Αγίου περιβάλλεται από εικονίδια με σκηνές και θαύματα από τον Βίο του.
Σχεδιαστής: Θεοφύλακτος, Μ(οναχός)

Σχέδιο της Μονής Χιλανδαρίου. Στο βάθος διακρίνεται η σκήτη της Αγίας Τριάδος.

Χαρακτικό που απεικονίζει τη Μεταμόρφωση του Σωτήρος και την Ιερά Μονή Παντοκράτορος στο Άγιο Όρος, η οποία είναι αφιερωμένη στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος.

Χαρακτικό που απεικονίζει την Ιερά Μονή Εσφιγμένου στο Άγιο Όρος και την Ανάληψη του Χριστού, στην οποία είναι αφιερωμένη η Μονή. Απεικονίζονται επίσης η Αυτοκράτειρα Πουλχερία και ο Θεοδόσιος ο Μικρός, ως κτήτορες της Μονής, μνημονεύονται δε και επτά μάρτυρες-άγιοι που έδρασαν σε αυτήν.
Τόπος έκδοσης χαρακτικού: Κωνσταντινούπολη
Τόπος έκδοσης χαρακτικού: [Constantinople]

Απεικόνιση του Αγίου Γεωργίου με το γνωστό θέμα της θανάτωσης του δράκου. Ο άγιος εμφανίζεται, ως έφιππος προστάτης, πάνω από την Ιερά Μονή Ξενόφου ή Ξενοφώντος του Αγίου Όρους η οποία τιμάται την ημέρα εορτασμού του ονόματός του. Το χαρακτικό κοσμείται και από μικρότερες ένθετες εικόνες αγίων.

Σχέδιο που απεικονίζει τη μονή Καισαριανής το 1745.

Στο κάτω μέρος του χαρακτικού γίνεται υπομνηματισμός των αριθμημένων σημείων που εντοπίζονται στην απεικόνιση:

1. Η Εκκλησία των Αγίων Πάντων, 2. Ο υδρόμυλος, 3. Το Παλάτιον, 4. Η πύλη του Μοναστηρίου, 5. Νάρθηξ της εκκλησίας, 6. Οι τρεις φαινόμενοι αυτόγλυφοι σταυροί, 7. Ο μικρός πύργος, 8. Ο μεγάλος πύργος, 9. Το Κανονοστάσιον, 10. Σχοινοποιούν, 11.Ο χορτών, 12. Το ιπποστάσιον, 13. Το χαλκείον, 14. Η Εκκλησία του Αγ. Νικολάου, 15. Ο μοτίλιθος γνώμων της εαρινής ισημερίας, 16. Το λιθάριον της Παναγίας.

Χάρτης, στον οποίο απεικονίζεται το Άγιο Όρος στη χερσόνησο του Άθω στη Χαλκιδική. Στο πάνω και στο κάτω τμήμα του χάρτη αποτυπώνονται αντίστοιχα η βορειοανατολική και η δυτική άποψη της χερσονήσου, ενώ στην κάτω αριστερή γωνία υπάρχει μικρότερος χάρτης της Χαλκιδικής. Σε υπόμνημα του χάρτη καταγράφονται όλα τα μοναστικά ιδρύματα του Αγίου Όρους: Ιερές Μονές (κοινόβιες και ιδιόρρυθμες), σκήτες, κελιά και καλύβες, καθώς επίσης το οδικό δίκτυο, οι χείμαρροι και οι χαράδρες της χερσονήσου.

Χαράκτης: Εργίνος, Μ.
Τόπος έκδοσης χαρακτικού: Αθήναι
Τόπος έκδοσης χαρακτικού: [Athens]

Αντίγραφο πλαστού Χρυσόβουλου του Αυτοκράτορα Αλέξιου του Κομνηνού υπέρ της Μονής της Μεταμόρφωσης του Σωτήρος στη Βοιωτία.

Γράμματα του Αλή πασά Τεπελενλή, του Βελή πασά, Βελή μπέη κ.λπ. απευθυνόμενα προς διάφορες οθωμανικές αρχές σχετικά με την Πόρτα των Αγράφων, προς τον Δερβέναγα Τρικάλων, τον ηγούμενο της Μονής Δουσίκου κ.λπ. καθώς και ένα αντίγραφο επιστολής του Επισκόπου Σταγών.

Το αρχείο της Νομαρχίας Αττικής περιλαμβάνει έγγραφα που αφορούν τη δημόσια ασφάλεια (ζητήματα αστυνομικά, δικαστικά, κλοπών, ληστείας κ.ά), τις αρχαιότητες, ζητήματα εκλογικά, εκπαιδευτικά, εκκλησιαστικά, ιατρικά, δημοτικά, δημοσίων και δημοτικών έργων, στρατολογικά καθώς και ζητήματα σωματείων και εταιρειών.
Το αρχείο ως προς τη θεματολογία προσομοιάζει με τη θεματολογία των εγγράφων του Υπουργείου Εσωτερικών. Οι φάκελοι του αρχείου λειτουργούν συμπληρωματικά με τους φακέλους του αρχείου του Υπουργείου Εσωτερικών. Άλλωστε τα θέματα της δημόσιας ασφάλειας, των δημοτικών έργων και της δημόσιας υγείας εμπίπτουν στις αρμοδιότητες των νομαρχών και των επάρχων .