Φάκελοι:
(α) Γραφείου Ναυτολογίας (διαγωνισμοί, πιστοποιητικά ναυτικής ικανότητας, λιμενικά τέλη, απογραφή ναυτικών κ.λπ.),
(β) Γραφείου Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος (μέτρα κατά της ρύπανσης των ακτών, έλεγχος εγκαταστάσεων πετρελαιοειδών, θαλάσσιες λουτρικές εγκαταστάσεις, σχετικά δημοσιεύματα Τύπου),
(γ) Γραφείου Απογραφής (ναυτικά φυλλάδια-σχετικά δικαιολογητικά), Βιβλία κατάπλου και απόπλου, Πρωτόκολλα εισερχόμενων σημάτων, Ημερολόγιο κίνησης αστυνομικού οχήματος Λιμενικού Σώματος (ΛΣ)

Φάκελοι Γραφείου Λιμενικής Αστυνομίας (στατιστικά στοιχεία θαλάσσιων συγκοινωνιών, αποφάσεις επιτροπών)

Φάκελοι με δελτία ναυτιλιακής κίνησης, δελτία ελέγχου απόπλου και κατάπλου τουριστικών σκαφών, δελτία ναυτιλιακής κίνησης, ναυλοσύμφωνα, δελτία ελέγχου επαγγελματικών σκαφών αναψυχής, φύλλα αστυνομικού ελέγχου (ΦΑΕ) επικίνδυνων φορτίων, αναφορές για διακομιδές ασθενών, τραπεζοκαθίσματα, παραβάσεις περί απαγόρευσης καπνίσματος, έκδοση αδειών λειτουργίας καταστημάτων υγειονομικού ενδιαφέροντος, δρομολόγια πλοίων, συγκροτήσεις επιτροπών, ποινές, αποζημιώσεις, επιμορφωτικά προγράμματα, γενική αλληλογραφία

Φάκελοι Γραφείου Ασφαλείας (πειθαρχικά, κατασχέσεις ναυτικών φυλλαδίων, προβλήματα θαλάσσιων συγκοινωνιών, στατιστικά στοιχεία υπηρεσίας), Βιβλίο αδειών μικροεπισκευών πλοίων